JAL-2835 spike updated with latest
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 1d2367d..9cf1044 100755 (executable)
 </head>
 <body>
   <p>
-    <strong>What's new ?</strong>
+    <strong>What's new in Jalview 2.10.3 ?</strong>
   </p>
   <p>
-    Jalview 2.10 is the next major release in the Jalview 2 series. Full
-    details are in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.0">Jalview
-      2.10 Release Notes</a>, but the highlights are below.
+    Version 2.10.3 was released in November 2017. The full list of
+    bug fixes and new features can be found in the <a
+      href="releases.html#Jalview.2.10.3"> 2.10.3 Release Notes</a>, but
+    the highlights are below.
   </p>
+  <ul>
+    <li>Faster import and more responsive UI when working with wide alignments and handling hundreds and thousands of sequence features</li>
+    <li> 
+    <li>Improved usability with <a href="features/pdbsequencefetcher.html">PDB</a> and 
+    <a href="features/uniprotsequencefetcher.html">UniProt</a> Free Text Search
+      dialog, and new tab for retrieval of sequences for lists of IDs.</li>
+  </ul>
   <p>
-    <strong>Highlights in Jalview 2.10</strong>
+    <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
+  </p>
+  <p>
+    This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
+    option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
+    to try out features that are still in development. To access the
+    experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
+      Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
+  </p>
   <ul>
-    <li><strong>Ensembl sequence fetcher.</strong> Annotated Genes,
-      transcripts and proteins can be retrieved via Jalview's new <a
-      href="features/ensemblsequencefetcher.html">Ensembl REST
-        client</a>. Support for import of Ensembl data also allows:
-      <ul>
-        <li><strong>Sequence variant data.</strong> Jalview
-          propagates variant annotation imported via Ensembl onto
-          protein products, complete with associated metadata such as
-          clinical significance.</li>
-        <li><strong>Aligned locus view.</strong> Transcripts
-          retrieved for a gene identifier via the Ensembl or
-          EnsemblGenomes sequence databases are automatically aligned to
-          their reference genome.</li>
-      </ul></li>
-    <li><strong>Working with structures.</strong>
-      <ul>
-        <li><strong>More accurate structure mappings.</strong>
-          Jalview now utilises the PDBe's SIFTS database (at EMBL-EBI)
-          to <a href="features/siftsmapping.html">match structures
-            to UniProt sequences</a>, even for structures containing
-          multiple copies of a sequence.</li>
-        <li><strong>Import structures as mmCIF</strong>. Jalview
-          now downloads data from the EMBL-EBI's PDBe site as mmCIF.
-          mmCIF files allow Jalview to handle very large structures,
-          such as the HIV virus capsid assembly.</li>
-      </ul></li>
-    <li><strong>UniProt Free Text Search</strong>. The new search
-      dialog for UniProt allows you to browse and retrieve sequences
-      from UniProt with free-text search and more structured queries</li>
-    <li><strong>Reference sequence based alignment
-        visualisation.</strong>. When a reference sequence is defined for the
-      alignment, the alignment column ruler is now numbered according to
-      the reference sequence. The reference sequence for alignment views
-      can also be saved and restored from Jalview projects.</li>
-    <li></li>
+    <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
+      <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
+        the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
+      be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
   </ul>
 
 </body>