JAL-1517 update copyright to version 2.8.2
[jalview.git] / help / html / whatsNew.html
index 79cf7c9..fe70fb4 100755 (executable)
@@ -1,6 +1,6 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
 </head>
 <body>
        <p>
-               <strong>What's new ?</strong><br /> Jalview 2.8.0b1 is a bugfix
-               release for Jalview version 2.8. <br /> As usual you can find the
-               highlights below, and the comprehensive list is given in the <a
-                       href="releases.html#Jalview2.8.0b1">Jalview 2.8.0b1 Release Notes</a>.
+               <strong>What's new ?</strong></p>
+       <p>
+               Jalview 2.8.1 includes new features for group creation, RNA secondary
+               structure prediction and a host bug fixes. It also includes support
+               for <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/JABAWS">version 2.1
+                       of JABA</a> and includes a Spanish translation of its user interface.<br />
+               The highlights are detailed below, and the full list is given in the <a
+                       href="releases.html#Jalview2.8.1">Jalview 2.8.1 Release Notes</a>.
+       </p>
+       <p>The Desktop and web based applet include new keystrokes for
+               defining and undefining groups, and PAM250 has been added to the range
+               of score models available for use by the tree and PCA calculations.
+               The Jalview project file format has also been extended for handling
+               RNA and protein secondary structure annotation, in anticipation for
+               new structure based secondary structure support in Jalview 2.8.2.</p>
+       <p><strong>Internationalisation</strong></p>
+       <p>Jalview 2.8.1 is the first release to include support for
+               displaying Jalview's user interface in different languages. In August
+               2013, David Rold&aacute;n-Martinez took on the task of
+               internationalising Jalview's user interface. He also recruited Sara
+               Hern&aacute;ndez D&iacute;az and Laura Ferrandis Martinez who created
+               Jalview's first spanish user interface translation.</p>
+       <p>
+               If you notice any problems, or would like to help translate Jalview's
+               user interface into other languages, head over to <a
+                       href="http://issues.jalview.org">issues.jalview.org</a> and put in a
+               feature request describing the translations you can provide to the <a
+                       href="http://issues.jalview.org/browse/JAL/component/10682">i18n
+                       component</a>. David has also <a
+                       href="https://wiki.jalview.org/index.php/Development:i18n">documented
+                       the process of creating i18n translations</a> to help you get started.
+       </p>
+       <p><strong>RNA Secondary Structure Prediction with JABA 2.1</strong></p>
+       <p>
+               This version of Jalview includes a client to access the new services available in <a
+                       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/">JABA v2.1</a> , which
+               provides services for RNA consensus secondary structure prediction and
+               two new alignment programs (<a
+                       href="http://sourceforge.net/projects/glprobs/">GLProbs</a> and <a
+                       href="http://sourceforge.net/projects/msaprobs/">MSAProbs</a>).</p>
+       <p>
+               To see how to perform RNA secondary structure predictions like the one below, take a look at the <a href="webServices/RNAalifold.html">RNAAliFold
+                       client documentation</a>. 
        </p>
-  <p>
-    This bug fix release includes numerous minor enhancements made over
-    the last 12 months. Importantly, it is also the first release that
-    provides Jalview as a trusted application, signed with a certificate
-    donated to us by <a href="certum.eu">Certum</a>.
-  </p>
-  <strong>Enhancements and new features</strong>
-       <ul>
-               <li>Allow disorder predictions to be made on the current
-                       selection (or visible selection) in the same way that JPred works</li>
-               <li>allow import of data from gzipped files</li>
-    <li>Improved per-sequence 'colour-by-annotation' performance</li>
-               <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick files</li>
-               <li>group options for JABAWS service by command line name</li>
-               <li>Select primary source when selecting authority in database
-                       fetcher GUI</li>
-    <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and GROUP_REF
-      scope to group annotation rows</li>
-               <li>add .mfa to FASTA file extensions recognised by Jalview</li>
-               <li>groovy scripting for headless jalview operation</li>
-               <li>Output in Stockholm format</li>
-       </ul>
-       <strong>Bug fixes</strong>
-       <ul>
-               <li>Uniprot and PDB database cross-reference fetching works
-                       properly</li>
-               <li>'View all structures' in the desktop is more reliable</li>
-               <li>Web services parameter dialog box shows the options enabled
-                       for different presets</li>
-               <li>Interactive creation of RNA secondary structure works more
-                       smoothly</li>
-               <li>Keyboard mode 'P' command jumps to the right place</li>
-               <li>Improved support for parsing database cross-references via
-                       Stockholm and Rfam database</li>
-               <li>Improved semantics in annotation files for grouping
-                       annotation rows associated with particular sequences and groups</li>
-               <li>More robust DNA->Amino acid translation</li>
-               <li>Improved Headless-mode operation for DAS annotation
-                       retrieval, groovy script execution and alignment figure generation</li>
-    <li>annotation label tooltip text needs to be wrapped</li>
-       </ul>
+  <div align="center">
+    <img src="webServices/RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216"> <br> <em>The RNAalifold client was implemented by Jalview's 2013
+                       summer student, Dan Barton.</em>
+       </div>
 </body>
 </html>