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JAL-3438 spotless for 2.11.2.0
[jalview.git] / test / jalview / gui / AnnotationChooserTest.java
diff --git a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java
index cf97711..f3c0dee 100644 (file)
--- a/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java
+++ b/test/jalview/gui/AnnotationChooserTest.java
@@ -60,11 +60,6 @@ import org.testng.annotations.Test;
  */
 public class AnnotationChooserTest
 {
-  /*
-   * number of automatically computed annotation rows
-   * (Conservation, Quality, Consensus, Occupancy)
-   */
-  private static final int AUTOCALCD = 4;
 
   @BeforeClass(alwaysRun = true)
   public void setUpJvOptionPane()
@@ -96,8 +91,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
             SequenceAnnotationOrder.NONE.name());
     final String TRUE = Boolean.TRUE.toString();
-    Cache.applicationProperties.setProperty(
-            Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, TRUE);
+    Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
+            TRUE);
     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", TRUE);
     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", TRUE);
     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", TRUE);
@@ -113,11 +108,9 @@ public class AnnotationChooserTest
    * Add 4 annotations, 3 of them sequence-specific.
    * 
    * <PRE>
-   * ann1 - for sequence 0 - label 'IUPRED' 
-   * ann2 - not sequence related - label 'Beauty' 
-   * ann3 - for sequence 3 - label 'JMol'
-   * ann4 - for sequence 2 - label 'IUPRED'
-   * ann5 - for sequence 1 - label 'JMol'
+   * ann1 - for sequence 0 - label 'IUPRED' ann2 - not sequence related - label
+   * 'Beauty' ann3 - for sequence 3 - label 'JMol' ann4 - for sequence 2 - label
+   * 'IUPRED' ann5 - for sequence 1 - label 'JMol'
    */
   private void addAnnotations()
   {
@@ -189,8 +182,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     assertTrue("Not enabled", cb1.isEnabled());
     assertTrue("Not enabled", cb2.isEnabled());
     assertTrue("Not enabled", cb3.isEnabled());
-    assertEquals("Option not selected", cb2, cb2.getCheckboxGroup()
-            .getSelectedCheckbox());
+    assertEquals("Option not selected", cb2,
+            cb2.getCheckboxGroup().getSelectedCheckbox());
 
     // check state variables match checkbox selection
     assertTrue(testee.isApplyToSelectedSequences());
@@ -240,15 +233,16 @@ public class AnnotationChooserTest
     assertTrue("Not enabled", cb1.isEnabled());
     assertFalse("Enabled", cb2.isEnabled());
     assertFalse("Enabled", cb3.isEnabled());
-    assertEquals("Not selected", cb1, cb1.getCheckboxGroup()
-            .getSelectedCheckbox());
+    assertEquals("Not selected", cb1,
+            cb1.getCheckboxGroup().getSelectedCheckbox());
 
     // check state variables match checkbox selection
     assertTrue(testee.isApplyToSelectedSequences());
     assertTrue(testee.isApplyToUnselectedSequences());
 
     assertEquals("Wrong text",
-            MessageManager.getString("label.all_sequences"), cb1.getLabel());
+            MessageManager.getString("label.all_sequences"),
+            cb1.getLabel());
     assertEquals("Wrong text",
             MessageManager.getString("label.selected_sequences"),
             cb2.getLabel());
@@ -282,8 +276,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     assertTrue("Hide not enabled", cb2.isEnabled());
 
     // Hide (button 2) selected; note this may change to none (null)
-    assertEquals("Not selected", cb2, cb2.getCheckboxGroup()
-            .getSelectedCheckbox());
+    assertEquals("Not selected", cb2,
+            cb2.getCheckboxGroup().getSelectedCheckbox());
 
     assertTrue("Show is flagged", !testee.isShowSelected());
 
@@ -323,14 +317,14 @@ public class AnnotationChooserTest
     // selection group should make no difference to the result
     // as all annotation types for the alignment are considered
 
-    List<String> types = AnnotationChooser.getAnnotationTypes(
-            parentPanel.getAlignment(), true);
+    List<String> types = AnnotationChooser
+            .getAnnotationTypes(parentPanel.getAlignment(), true);
     assertEquals("Not two annotation types", 2, types.size());
     assertTrue("IUPRED missing", types.contains("IUPRED"));
     assertTrue("JMol missing", types.contains("JMol"));
 
-    types = AnnotationChooser.getAnnotationTypes(
-            parentPanel.getAlignment(), false);
+    types = AnnotationChooser.getAnnotationTypes(parentPanel.getAlignment(),
+            false);
     assertEquals("Not six annotation types", 7, types.size());
     assertTrue("IUPRED missing", types.contains("IUPRED"));
     assertTrue("JMol missing", types.contains("JMol"));
@@ -356,15 +350,16 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1);
     setSelected(hideCheckbox, true);
 
-    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee,
-            1, 1, 0);
+    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1,
+            1, 0);
     setSelected(allSequencesCheckbox, true);
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
             .getAlignmentAnnotation();
 
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertTrue(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
 
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);
     assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
@@ -402,7 +397,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
             .getAlignmentAnnotation();
 
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
 
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);
     assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
@@ -432,8 +428,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1);
     setSelected(hideCheckbox, true);
 
-    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee,
-            1, 1, 0);
+    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1,
+            1, 0);
     setSelected(allSequencesCheckbox, true);
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
@@ -443,20 +439,35 @@ public class AnnotationChooserTest
 
     // select JMol - all hidden
     setSelected(typeCheckbox, true);
-    assertFalse(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertFalse(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertFalse(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertFalse(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
 
     // deselect JMol - all unhidden
     setSelected(typeCheckbox, false);
-    assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
-    assertTrue(anns[1].visible); // Quality
-    assertTrue(anns[2].visible); // Consensus
-    assertTrue(anns[3].visible); // Occupancy
-    assertTrue(anns[4].visible); // IUPred for seq0
-    assertTrue(anns[5].visible); // Beauty
-    assertTrue(anns[6].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[7].visible); // IUPRED for seq2
-    assertTrue(anns[8].visible); // JMol for seq1
+    for (AlignmentAnnotation ann : anns)
+    {
+      assertTrue(ann.visible);
+    }
+  }
+
+  /**
+   * Returns a count of autocalculated annotations in the set provided
+   * 
+   * @param anns
+   * @return
+   */
+  private int countAutocalc(AlignmentAnnotation[] anns)
+  {
+    int count = 0;
+    for (AlignmentAnnotation ann : anns)
+    {
+      if (ann.autoCalculated)
+      {
+        count++;
+      }
+    }
+    return count;
   }
 
   /**
@@ -509,8 +520,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox showCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 0);
     final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1);
 
-    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee,
-            1, 1, 0);
+    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1,
+            1, 0);
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
             .getAlignmentAnnotation();
@@ -519,19 +530,15 @@ public class AnnotationChooserTest
     setSelected(allSequencesCheckbox, true);
     setSelected(hideCheckbox, true);
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);
-    assertFalse(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertFalse(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertFalse(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertFalse(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
     // ...now show them...
     setSelected(showCheckbox, true);
-    assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
-    assertTrue(anns[1].visible); // Quality
-    assertTrue(anns[2].visible); // Consensus
-    assertTrue(anns[3].visible); // Occupancy
-    assertTrue(anns[4].visible); // IUPred for seq0
-    assertTrue(anns[5].visible); // Beauty
-    assertTrue(anns[6].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[7].visible); // IUPRED for seq2
-    assertTrue(anns[8].visible); // JMol for seq1
+    for (AlignmentAnnotation ann : anns)
+    {
+      assertTrue(ann.visible);
+    }
   }
 
   /**
@@ -561,20 +568,16 @@ public class AnnotationChooserTest
     setSelected(hideCheckbox, true);
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);
 
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertFalse(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertFalse(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
     // ...now show them...
     setSelected(showCheckbox, true);
 
-    assertTrue(anns[0].visible); // Conservation
-    assertTrue(anns[1].visible); // Quality
-    assertTrue(anns[2].visible); // Consensus
-    assertTrue(anns[3].visible); // Occupancy
-    assertTrue(anns[4].visible); // IUPred for seq0
-    assertTrue(anns[5].visible); // Beauty
-    assertTrue(anns[6].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[7].visible); // IUPRED for seq2
-    assertTrue(anns[8].visible); // JMol for seq1
+    for (AlignmentAnnotation ann : anns)
+    {
+      assertTrue(ann.visible);
+    }
   }
 
   /**
@@ -593,8 +596,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox showCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 0);
     setSelected(showCheckbox, true);
 
-    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee,
-            1, 1, 0);
+    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1,
+            1, 0);
     setSelected(allSequencesCheckbox, true);
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
@@ -603,8 +606,9 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox typeCheckbox = getTypeCheckbox("JMol");
     // select JMol - all shown
     setSelected(typeCheckbox, true);
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertTrue(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
 
     // deselect JMol - all hidden
     setSelected(typeCheckbox, false);
@@ -645,8 +649,9 @@ public class AnnotationChooserTest
 
     // select JMol - should remain visible
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 2].visible); // JMol for seq3
-    assertTrue(anns[AUTOCALCD + 4].visible); // JMol for seq1
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(anns[autocalc + 2].visible); // JMol for seq3
+    assertTrue(anns[autocalc + 4].visible); // JMol for seq1
 
     // deselect JMol - should be hidden for selected sequences only
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), false);
@@ -691,9 +696,9 @@ public class AnnotationChooserTest
     // TODO refactor to a test utility class
     cb.setState(select);
     // have to manually fire the action listener
-    cb.getItemListeners()[0].itemStateChanged(new ItemEvent(cb,
-            ItemEvent.ITEM_STATE_CHANGED, cb, select ? ItemEvent.SELECTED
-                    : ItemEvent.DESELECTED));
+    cb.getItemListeners()[0].itemStateChanged(
+            new ItemEvent(cb, ItemEvent.ITEM_STATE_CHANGED, cb,
+                    select ? ItemEvent.SELECTED : ItemEvent.DESELECTED));
   }
 
   /**
@@ -734,11 +739,12 @@ public class AnnotationChooserTest
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
             .getAlignmentAnnotation();
-    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD]));
-    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 1]));
-    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 2]));
-    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 3]));
-    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 4]));
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[autocalc]));
+    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 1]));
+    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 2]));
+    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 3]));
+    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 4]));
   }
 
   /**
@@ -759,11 +765,12 @@ public class AnnotationChooserTest
 
     AlignmentAnnotation[] anns = parentPanel.getAlignment()
             .getAlignmentAnnotation();
-    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD]));
-    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 1]));
-    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 2]));
-    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 3]));
-    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[AUTOCALCD + 4]));
+    int autocalc = countAutocalc(anns);
+    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[autocalc]));
+    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 1]));
+    assertTrue(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 2]));
+    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 3]));
+    assertFalse(testee.isInActionScope(anns[autocalc + 4]));
   }
 
   /**
@@ -788,8 +795,8 @@ public class AnnotationChooserTest
     final Checkbox hideCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1, 0, 1);
     setSelected(hideCheckbox, true);
 
-    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee,
-            1, 1, 0);
+    final Checkbox allSequencesCheckbox = (Checkbox) getComponent(testee, 1,
+            1, 0);
     setSelected(allSequencesCheckbox, true);
 
     setSelected(getTypeCheckbox("JMol"), true);