JAL-3692 EMBL flatfile fetcher / parser (todo: CDS dbrefs and mappings)
[jalview.git] / test / jalview / util / StringUtilsTest.java
index 0b776d1..37506c0 100644 (file)
@@ -24,16 +24,25 @@ import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
 
+import jalview.gui.JvOptionPane;
+
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.Arrays;
 import java.util.List;
-import java.util.Map;
 
+import org.testng.annotations.BeforeClass;
 import org.testng.annotations.Test;
 
 public class StringUtilsTest
 {
 
+  @BeforeClass(alwaysRun = true)
+  public void setUpJvOptionPane()
+  {
+    JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
+    JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
+  }
+
   @Test(groups = { "Functional" })
   public void testInsertCharAt()
   {
@@ -132,51 +141,11 @@ public class StringUtilsTest
     { "a", "b*c", "cde" }, "*"));
   }
 
-  /**
-   * Test the method that parses lines like <br>
-   * ID=2345;Name=Something;
-   */
-  @Test(groups = { "Functional" })
-  public void testParseNameValuePairs()
-  {
-    char[] separators = new char[] { ' ' };
-    assertTrue(StringUtils.parseNameValuePairs(null, ";", separators)
-            .isEmpty());
-    assertTrue(StringUtils.parseNameValuePairs("", ";", separators)
-            .isEmpty());
-    assertTrue(StringUtils.parseNameValuePairs("hello=world", ";",
-            separators).isEmpty());
-
-    Map<String, List<String>> map = StringUtils.parseNameValuePairs(
-            "hello world", ";", separators);
-    assertEquals(1, map.size());
-    assertEquals(1, map.get("hello").size());
-    assertEquals("world", map.get("hello").get(0));
-
-    separators = new char[] { ' ', '=' };
-    map = StringUtils
-            .parseNameValuePairs(
-                    "Method= manual curation ;nothing; Notes F2=S ; Notes=Metal; Type=",
-                    ";", separators);
-
-    // Type is ignored as no value was supplied
-    assertEquals(2, map.size());
-
-    // equals separator used ahead of space separator:
-    assertEquals(1, map.get("Method").size());
-    assertEquals("manual curation", map.get("Method").get(0)); // trimmed
-
-    assertEquals(2, map.get("Notes").size());
-    // space separator used ahead of equals separator
-    assertEquals("F2=S", map.get("Notes").get(0));
-    assertEquals("Metal", map.get("Notes").get(1));
-  }
-
   @Test(groups = { "Functional" })
   public void testListToDelimitedString()
   {
     assertEquals("", StringUtils.listToDelimitedString(null, ";"));
-    List<String> list = new ArrayList<String>();
+    List<String> list = new ArrayList<>();
     assertEquals("", StringUtils.listToDelimitedString(list, ";"));
     list.add("now");
     assertEquals("now", StringUtils.listToDelimitedString(list, ";"));
@@ -206,4 +175,145 @@ public class StringUtilsTest
     assertEquals(0,
             StringUtils.parseInt(String.valueOf(Integer.MAX_VALUE) + "1"));
   }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testCompareVersions()
+  {
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions(null, null));
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8.3", null));
+
+    /*
+     * same version returns 0
+     */
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8", "2.8"));
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.8.3"));
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8.3b1", "2.8.3b1", "b"));
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8.3B1", "2.8.3b1", "b"));
+    assertEquals(0, StringUtils.compareVersions("2.8.3b1", "2.8.3B1", "b"));
+
+    /*
+     * v1 < v2 returns -1
+     */
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.8.4"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.9"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.9.2"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8", "2.8.3"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.8.3b1", "b"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8.3b1", "2.8.3b2", "b"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2.8", "2.8.0", "b"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("2", "12"));
+    assertEquals(-1, StringUtils.compareVersions("3.2.4", "3.12.11"));
+
+    /*
+     * v1 > v2 returns +1
+     */
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.8"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.0", "2.8"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.4", "2.8.3"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.3b1", "2.8.3", "b"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.3", "2.8.2b1", "b"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("2.8.0b2", "2.8.0b1", "b"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("12", "2"));
+    assertEquals(1, StringUtils.compareVersions("3.12.11", "3.2.4"));
+  }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testToSentenceCase()
+  {
+    assertEquals("John", StringUtils.toSentenceCase("john"));
+    assertEquals("John", StringUtils.toSentenceCase("JOHN"));
+    assertEquals("John and james",
+            StringUtils.toSentenceCase("JOHN and JAMES"));
+    assertEquals("J", StringUtils.toSentenceCase("j"));
+    assertEquals("", StringUtils.toSentenceCase(""));
+    assertNull(StringUtils.toSentenceCase(null));
+  }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testStripHtmlTags()
+  {
+    assertNull(StringUtils.stripHtmlTags(null));
+    assertEquals("", StringUtils.stripHtmlTags(""));
+    assertEquals(
+            "<a href=\"something\">label</href>",
+            StringUtils
+                    .stripHtmlTags("<html><a href=\"something\">label</href></html>"));
+
+    // if no "<html>" tag, < and > get html-encoded (not sure why)
+    assertEquals("&lt;a href=\"something\"&gt;label&lt;/href&gt;",
+            StringUtils.stripHtmlTags("<a href=\"something\">label</href>"));
+
+    // </body> gets removed but not <body> (is this intentional?)
+    assertEquals("<body><p>hello",
+            StringUtils.stripHtmlTags("<html><body><p>hello</body></html>"));
+
+    assertEquals("kdHydro &lt; 12.53",
+            StringUtils.stripHtmlTags("kdHydro < 12.53"));
+  }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testUrlEncode()
+  {
+    // degenerate cases
+    assertNull(StringUtils.urlEncode(null, ";,"));
+    assertEquals("", StringUtils.urlEncode("", ""));
+    assertEquals("", StringUtils.urlEncode("", ";,"));
+
+    // sanity checks, see
+    // https://en.wikipedia.org/wiki/Percent-encoding#Percent-encoding_reserved_characters
+    assertEquals("+", StringUtils.urlEncode(" ", " "));
+    assertEquals("%25", StringUtils.urlEncode("%", "%"));
+    assertEquals(".", StringUtils.urlEncode(".", ".")); // note . is not encoded
+    assertEquals("%3A", StringUtils.urlEncode(":", ":"));
+    assertEquals("%3B", StringUtils.urlEncode(";", ";"));
+    assertEquals("%3D", StringUtils.urlEncode("=", "="));
+    assertEquals("%2C", StringUtils.urlEncode(",", ","));
+
+    // check % does not get recursively encoded!
+    assertEquals("a%25b%3Dc%3Bd%3Ae%2C%2C",
+            StringUtils.urlEncode("a%b=c;d:e,,", "=,;:%"));
+
+    // = not in the list for encoding
+    assertEquals("a=b", StringUtils.urlEncode("a=b", ";,"));
+
+    // encode = (as %3B) and ; (as %3D)
+    assertEquals("a%3Db.c%3B", StringUtils.urlEncode("a=b.c;", ";=,"));
+
+    // . and space not in the list for encoding
+    assertEquals("a%3Db.c d", StringUtils.urlEncode("a=b.c d", ";=,"));
+
+    // encode space also (as +)
+    assertEquals("a%3Db.c+d", StringUtils.urlEncode("a=b.c d", ";=, "));
+
+    // . does not get encoded even if requested - behaviour of URLEncoder
+    assertEquals("a%3Db.c+d.e%3Df",
+            StringUtils.urlEncode("a=b.c d.e=f", ";=,. "));
+  }
+
+  @Test(groups = { "Functional" })
+  public void testUrlDecode()
+  {
+    // degenerate cases
+    assertNull(StringUtils.urlDecode(null, ";,"));
+    assertEquals("", StringUtils.urlDecode("", ""));
+    assertEquals("", StringUtils.urlDecode("", ";,"));
+
+    // = not in the list for encoding
+    assertEquals("a%3Db", StringUtils.urlDecode("a%3Db", ";,"));
+
+    // decode = and ; but not .
+    assertEquals("a=b%3Ec; d",
+            StringUtils.urlDecode("a%3Db%3Ec; d", ";=,"));
+
+    // space not in the list for decoding
+    assertEquals("a=b;c+d", StringUtils.urlDecode("a%3Db%3Bc+d", ";=,"));
+
+    // decode space also; %3E is not decoded to .
+    assertEquals("a=b%3Ec d=,",
+            StringUtils.urlDecode("a%3Db%3Ec+d%3D%2C", ";=, "));
+
+    // decode encoded % (%25)
+    assertEquals("a,=;\t%z",
+            StringUtils.urlDecode("a%2C%3D%3B%09%25z", ";=,\t%"));
+  }
 }