+ public static MainFrame createInstanceFromUrl()
+ {
+
+ return null;
+ // void readPhylogeniesFromURL() {
+ // URL url = null;
+ // Phylogeny[] phys = null;
+ // final String message = "Please enter a complete URL, for example
+ // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
+ // final String url_string = JOptionPane
+ // .showInputDialog( this,
+ // message,
+ // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
+ // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
+ // boolean nhx_or_nexus = false;
+ // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
+ // try {
+ // url = new URL( url_string );
+ // PhylogenyParser parser = null;
+ // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
+ // parser = new TolParser();
+ // }
+ // else {
+ // parser = ParserUtils
+ // .createParserDependingOnUrlContents( url,
+ // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
+ // }
+ // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
+ // nhx_or_nexus = true;
+ // }
+ // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
+ // nhx_or_nexus = true;
+ // }
+ // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
+ // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
+ // }
+ // else {
+ // _mainpanel.setWaitCursor();
+ // }
+ // final PhylogenyFactory factory =
+ // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
+ // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
+ // }
+ // catch ( final MalformedURLException e ) {
+ // JOptionPane.showMessageDialog( this,
+ // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
+ // "Malformed URL",
+ // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
+ // }
+ // catch ( final IOException e ) {
+ // JOptionPane.showMessageDialog( this,
+ // "Could not read from " + url + "\n"
+ // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
+ // "Failed to read URL",
+ // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
+ // }
+ // catch ( final Exception e ) {
+ // JOptionPane.showMessageDialog( this,
+ // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
+ // "Unexpected Exception",
+ // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
+ // }
+ // finally {
+ // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
+ // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
+ // }
+ // else {
+ // _mainpanel.setArrowCursor();
+ // }
+ // }
+ // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
+ // if ( nhx_or_nexus &&
+ // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
+ // for( final Phylogeny phy : phys ) {
+ // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
+ // }
+ // }
+ // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
+ // new File( url.getFile() ).getName(),
+ // new File( url.getFile() ).toString(),
+ // getConfiguration(),
+ // getMainPanel() );
+ // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
+ // }
+ // }
+ // activateSaveAllIfNeeded();
+ // System.gc();
+ // }
+
+ }
+