src/jalview/ext/archaeopteryx/AptxInit.java

   1 package jalview.ext.archaeopteryx;
   2
   3 import jalview.analysis.TreeBuilder;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeBuilderI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeViewerBindingI;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   9
  10 import java.awt.Dimension;
  11 import java.util.Map;
  12
  13 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  14 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  15 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  16 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  17
  18 /**
  19  * Static class for creating Archaeopteryx tree viewer instances from calculated
  20  * trees and letting them be bound to Jalview.
  21  *
  22  * @author kjvanderheide
  23  *
  24  */
  25 public final class AptxInit
  26 {
  27   /**
  28    * Test method, should generally not be used as it does not bind the tree to
  29    * its alignment
  30    *
  31    * @param aptxTrees
  32    * @return
  33    */
  34   public static MainFrame createUnboundInstance(final Phylogeny aptxTree)
  35   {
  36     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree };
  37     return createAptxFrame(aptxTrees);
  38   }
  39
  40   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny[] aptxTrees,
  41   // AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  42   // {
  43   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  44   //
  45   // }
  46   //
  47   // public static MainFrame createInstance(final Phylogeny aptxTree,
  48   // final AlignmentViewport jalviewAlignmentView)
  49   // {
  50   // Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  51   // // several trees simultaneously
  52   // return createAptxFrameInJalview(aptxTrees);
  53   //
  54   // }
  55
  56   public static MainFrame createInstance(
  57           final TreeBuilder calculatedTree) // very dense method, to be split up
  58   {
  59     ExternalTreeBuilderI<Phylogeny, PhylogenyNode> aptxTreeBuilder = new AptxTreeBuilder(
  60             calculatedTree);
  61
  62     Phylogeny aptxTree = aptxTreeBuilder.buildTree();
  63     Phylogeny[] aptxTrees = { aptxTree }; // future possibility to load in
  64                                           // several trees simultaneously
  65
  66     MainFrame aptxApp = createAptxFrame(aptxTrees);
  67
  68     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, calculatedTree.getAvport(),
  69             aptxTreeBuilder.getAlignmentBoundNodes(),
  70             aptxTreeBuilder.getNodesBoundAlignment());
  71
  72     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  73
  74   }
  75
  76   public static MainFrame createInstanceFromFile(String filePath,
  77           AlignmentViewport viewport)
  78   {
  79     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  80         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  81     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  82
  83     LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  84             viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  85             aptxApp.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  86
  87     bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  88
  89     bindNodesToJalviewSequences(aptxApp, viewport,
  90             bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  91             bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  92
  93     return bindFrameToJalview(aptxApp);
  94   }
  95
  96   public static MainFrame createInstanceFromUrl()
  97   {
  98
  99     return null;
 100     // void readPhylogeniesFromURL() {
 101     // URL url = null;
 102     // Phylogeny[] phys = null;
 103     // final String message = "Please enter a complete URL, for example
 104     // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
 105     // final String url_string = JOptionPane
 106     // .showInputDialog( this,
 107     // message,
 108     // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
 109     // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
 110     // boolean nhx_or_nexus = false;
 111     // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 112     // try {
 113     // url = new URL( url_string );
 114     // PhylogenyParser parser = null;
 115     // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 116     // parser = new TolParser();
 117     // }
 118     // else {
 119     // parser = ParserUtils
 120     // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 121     // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 122     // }
 123     // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 124     // nhx_or_nexus = true;
 125     // }
 126     // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 127     // nhx_or_nexus = true;
 128     // }
 129     // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 130     // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 131     // }
 132     // else {
 133     // _mainpanel.setWaitCursor();
 134     // }
 135     // final PhylogenyFactory factory =
 136     // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 137     // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 138     // }
 139     // catch ( final MalformedURLException e ) {
 140     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 141     // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 142     // "Malformed URL",
 143     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 144     // }
 145     // catch ( final IOException e ) {
 146     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 147     // "Could not read from " + url + "\n"
 148     // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 149     // "Failed to read URL",
 150     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 151     // }
 152     // catch ( final Exception e ) {
 153     // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 154     // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 155     // "Unexpected Exception",
 156     // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 157     // }
 158     // finally {
 159     // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 160     // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 161     // }
 162     // else {
 163     // _mainpanel.setArrowCursor();
 164     // }
 165     // }
 166     // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 167     // if ( nhx_or_nexus &&
 168     // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 169     // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 170     // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 171     // }
 172     // }
 173     // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 174     // new File( url.getFile() ).getName(),
 175     // new File( url.getFile() ).toString(),
 176     // getConfiguration(),
 177     // getMainPanel() );
 178     // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 179     // }
 180     // }
 181     // activateSaveAllIfNeeded();
 182     // System.gc();
 183     // }
 184
 185   }
 186
 187
 188
 189   public static MainFrame createAptxFrame(
 190           final Phylogeny[] aptxTrees)
 191   {
 192     MainFrame aptxApp = Archaeopteryx.createApplication(aptxTrees,
 193             "_aptx_jalview_configuration_file", null);
 194     return aptxApp;
 195   }
 196
 197
 198   public static ExternalTreeViewerBindingI<?> bindNodesToJalviewSequences(
 199           final MainFrame aptxApp,
 200           final AlignmentViewport jalviewAlignViewport,
 201           final Map<SequenceI, PhylogenyNode> alignMappedToNodes,
 202           final Map<PhylogenyNode, SequenceI> nodesMappedToAlign)
 203   {
 204     return new JalviewBinding(aptxApp, jalviewAlignViewport,
 205             alignMappedToNodes, nodesMappedToAlign);
 206   }
 207
 208
 209   public static MainFrame bindFrameToJalview(final MainFrame aptxApp)
 210   {
 211     int width = 400;
 212     int height = 550;
 213     aptxApp.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 214     // aptxApp.setFont(Desktop.instance.getFont());
 215     // aptxApp.getMainPanel().setFont(Desktop.instance.getFont());
 216
 217     Desktop.addInternalFrame(aptxApp, "Archaeopteryx Tree View", true,
 218             width, height, true, true);
 219
 220     return aptxApp;
 221
 222   }
 223
 224
 225 }