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Fri, 12 Nov 2010 16:33:10 +0000 (16:33 +0000)

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Fri, 12 Nov 2010 16:33:10 +0000 (16:33 +0000)
committer jprocter <Jim Procter>
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diff --git a/.externalToolBuilders/Jalview Release indices [Builder].launch b/.externalToolBuilders/Jalview Release indices [Builder].launch

index 57994d7..2677888 100644 (file)
--- a/.externalToolBuilders/Jalview Release indices [Builder].launch
+++ b/.externalToolBuilders/Jalview Release indices [Builder].launch
@@ -4,6 +4,7 @@
  <stringAttribute key="org.eclipse.ant.ui.ATTR_ANT_MANUAL_TARGETS" value="buildindices,"/>
  <booleanAttribute key="org.eclipse.ant.ui.ATTR_TARGETS_UPDATED" value="true"/>
  <booleanAttribute key="org.eclipse.ant.ui.DEFAULT_VM_INSTALL" value="false"/>
+<stringAttribute key="org.eclipse.debug.core.ATTR_REFRESH_SCOPE" value="${project}"/>
  <listAttribute key="org.eclipse.debug.core.MAPPED_RESOURCE_PATHS">
  <listEntry value="/jalview/build.xml"/>
  </listAttribute>
diff --git a/RELEASE b/RELEASE

index d1c71c2..8bd893d 100644 (file)
--- a/RELEASE
+++ b/RELEASE
@@ -1,3 +1,3 @@
  jalview.release=-r Release_2_6_Branch\r
-jalview.version=2.6\r
+jalview.version=2.6.1\r
  \r
diff --git a/build.xml b/build.xml

index 60c442f..04fd2c6 100755 (executable)
--- a/build.xml
+++ b/build.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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diff --git a/doc/AddingGroovySupport.html b/doc/AddingGroovySupport.html

index 1487b1c..d698849 100644 (file)
--- a/doc/AddingGroovySupport.html
+++ b/doc/AddingGroovySupport.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/doc/building.html b/doc/building.html

index fd09167..6803c7e 100755 (executable)
--- a/doc/building.html
+++ b/doc/building.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/doc/developing.html b/doc/developing.html

index dcda08c..ca3264d 100644 (file)
--- a/doc/developing.html
+++ b/doc/developing.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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   * \r
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diff --git a/doc/index.html b/doc/index.html

index 12824eb..4706ffc 100644 (file)
--- a/doc/index.html
+++ b/doc/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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   * \r
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diff --git a/doc/newdmobj.html b/doc/newdmobj.html

index 1c0fdd4..4d2d6d6 100644 (file)
--- a/doc/newdmobj.html
+++ b/doc/newdmobj.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>\r
  <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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   * \r
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diff --git a/help/helpTOC.xml b/help/helpTOC.xml

index d416dfa..3e41ba3 100755 (executable)
--- a/help/helpTOC.xml
+++ b/help/helpTOC.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"  ?>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html

index 9af3f7d..6a22aef 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/conservation.html b/help/html/calculations/conservation.html

index bfae345..ab2310f 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/conservation.html
+++ b/help/html/calculations/conservation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html

index 26a47b6..627dccf 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ b/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/pca.html b/help/html/calculations/pca.html

index ce188bd..9ec1fe8 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pca.html
+++ b/help/html/calculations/pca.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/quality.html b/help/html/calculations/quality.html

index 03c5b39..3350733 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/quality.html
+++ b/help/html/calculations/quality.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/recoverInputdata.html b/help/html/calculations/recoverInputdata.html

index 1d36e29..6781e77 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/recoverInputdata.html
+++ b/help/html/calculations/recoverInputdata.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/redundancy.html b/help/html/calculations/redundancy.html

index 7effbe5..4b8fe7b 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/redundancy.html
+++ b/help/html/calculations/redundancy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/sorting.html b/help/html/calculations/sorting.html

index 13c3ff9..29aaa12 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/sorting.html
+++ b/help/html/calculations/sorting.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/calculations/tree.html b/help/html/calculations/tree.html

index 0e9ba3e..26a24c7 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/tree.html
+++ b/help/html/calculations/tree.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/calculations/treeviewer.html b/help/html/calculations/treeviewer.html

index 67a92c4..32db2ce 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/treeviewer.html
+++ b/help/html/calculations/treeviewer.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/abovePID.html b/help/html/colourSchemes/abovePID.html

index fb4e878..75ae927 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/abovePID.html
+++ b/help/html/colourSchemes/abovePID.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

index 360ec41..3db00dd 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
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diff --git a/help/html/colourSchemes/blosum.html b/help/html/colourSchemes/blosum.html

index ec38cd8..5f4231e 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/blosum.html
+++ b/help/html/colourSchemes/blosum.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/buried.html b/help/html/colourSchemes/buried.html

index 176b7fe..2a91baf 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/buried.html
+++ b/help/html/colourSchemes/buried.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/clustal.html b/help/html/colourSchemes/clustal.html

index ecca772..0e57626 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/clustal.html
+++ b/help/html/colourSchemes/clustal.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/conservation.html b/help/html/colourSchemes/conservation.html

index 95d9f83..1affe45 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/conservation.html
+++ b/help/html/colourSchemes/conservation.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/helix.html b/help/html/colourSchemes/helix.html

index 111eac4..9013253 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/helix.html
+++ b/help/html/colourSchemes/helix.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html

index 619bc4b..75ccc6f 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
+++ b/help/html/colourSchemes/hydrophobic.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/index.html b/help/html/colourSchemes/index.html

index 7aecc23..79a6012 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/index.html
+++ b/help/html/colourSchemes/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html

index 4735bc4..8e2aa8b 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
+++ b/help/html/colourSchemes/nucleotide.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/html/colourSchemes/pid.html

index 05b464c..c2a7b9f 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/pid.html
+++ b/help/html/colourSchemes/pid.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/strand.html b/help/html/colourSchemes/strand.html

index a5842d8..79704ba 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/strand.html
+++ b/help/html/colourSchemes/strand.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/taylor.html b/help/html/colourSchemes/taylor.html

index 605e25b..9202c85 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/taylor.html
+++ b/help/html/colourSchemes/taylor.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/colourSchemes/textcolour.html b/help/html/colourSchemes/textcolour.html

index a56d8e6..dc2b5ec 100644 (file)
--- a/help/html/colourSchemes/textcolour.html
+++ b/help/html/colourSchemes/textcolour.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/turn.html b/help/html/colourSchemes/turn.html

index 3bacbc9..98a25aa 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/turn.html
+++ b/help/html/colourSchemes/turn.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/colourSchemes/user.html b/help/html/colourSchemes/user.html

index 2fc26e3..9617bee 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/user.html
+++ b/help/html/colourSchemes/user.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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diff --git a/help/html/colourSchemes/zappo.html b/help/html/colourSchemes/zappo.html

index 0b27f85..743ccb2 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/zappo.html
+++ b/help/html/colourSchemes/zappo.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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index 70776af..dc6164e 100755 (executable)
--- a/help/html/editing/index.html
+++ b/help/html/editing/index.html
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index 8d272af..7e0d23b 100755 (executable)
--- a/help/html/features/annotation.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 9beaa7c..38d17e2 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index c8a594a..9ca64a6 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 4de4f0c..b71404a 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index f99e20c..b8f215b 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/creatinFeatures.html b/help/html/features/creatinFeatures.html

index b91e354..52d4399 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/cursorMode.html b/help/html/features/cursorMode.html

index 67e88df..b98bf50 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html

index 0d865b2..7b59a3d 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index d8e7087..82aec55 100644 (file)
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index 92aa214..f829df6 100644 (file)
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diff --git a/help/html/features/featuresFormat.html b/help/html/features/featuresFormat.html

index 5641d90..b322e20 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 546c426..76bc154 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 19006e5..6a2d157 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/features/groovy.html b/help/html/features/groovy.html

index 2b7a303..d9aa13f 100644 (file)
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index 015b5b1..046a326 100644 (file)
--- a/help/html/features/hiddenRegions.html
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diff --git a/help/html/features/jalarchive.html b/help/html/features/jalarchive.html

index c501ed9..c26393f 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/features/jmol.html b/help/html/features/jmol.html

index fb93bea..6aa2eaf 100644 (file)
--- a/help/html/features/jmol.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>\r
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diff --git a/help/html/features/multipleViews.html b/help/html/features/multipleViews.html

index 17b6fce..106cf4b 100644 (file)
--- a/help/html/features/multipleViews.html
+++ b/help/html/features/multipleViews.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/newkeystrokes.html b/help/html/features/newkeystrokes.html

index 69e175f..af2750c 100644 (file)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/overview.html b/help/html/features/overview.html

index 471b7be..a0aa3af 100755 (executable)
--- a/help/html/features/overview.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/pdbviewer.html b/help/html/features/pdbviewer.html

index 67dbc43..5c81f40 100755 (executable)
--- a/help/html/features/pdbviewer.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/features/preferences.html b/help/html/features/preferences.html

index cc45784..03b4993 100755 (executable)
--- a/help/html/features/preferences.html
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diff --git a/help/html/features/search.html b/help/html/features/search.html

index 956ab12..8173f32 100755 (executable)
--- a/help/html/features/search.html
+++ b/help/html/features/search.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/seqfeatures.html b/help/html/features/seqfeatures.html

index d9d51ae..d47a472 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfeatures.html
+++ b/help/html/features/seqfeatures.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html

index a51aa95..c32d8fe 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/seqmappings.html b/help/html/features/seqmappings.html

index 808286c..0137634 100644 (file)
--- a/help/html/features/seqmappings.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html

index 71c2011..ad78549 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/features/wrap.html b/help/html/features/wrap.html

index 201ff06..bbb15bb 100755 (executable)
--- a/help/html/features/wrap.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/index.html b/help/html/index.html

index 676af1a..cedc202 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/io/export.html b/help/html/io/export.html

index 1860b4a..bd0f708 100755 (executable)
--- a/help/html/io/export.html
+++ b/help/html/io/export.html
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diff --git a/help/html/io/fileformats.html b/help/html/io/fileformats.html

index 95a6d71..f701dd0 100755 (executable)
--- a/help/html/io/fileformats.html
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index cf7dbfb..0cadedc 100755 (executable)
--- a/help/html/io/index.html
+++ b/help/html/io/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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index c5839ad..143d2e4 100755 (executable)
--- a/help/html/io/modellerpir.html
+++ b/help/html/io/modellerpir.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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  <!--
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index f821c23..cda57ea 100755 (executable)
--- a/help/html/jalviewjnlp.html
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index 3787710..4404da4 100755 (executable)
--- a/help/html/keys.html
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index ed005bd..b6cca1b 100755 (executable)
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index 06384f6..8156e93 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alignmentMenu.html
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index 89a8286..b604c89 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwannotations.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 451fb09..85ec95c 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcalculate.html
+++ b/help/html/menus/alwcalculate.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/menus/alwcolour.html b/help/html/menus/alwcolour.html

index 7f4f317..10ec9c7 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/alwcolour.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index d010c6c..9710de1 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index c300cfb..fd2ebe5 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/menus/alwformat.html b/help/html/menus/alwformat.html

index 98a1abe..d7e8908 100644 (file)
--- a/help/html/menus/alwformat.html
+++ b/help/html/menus/alwformat.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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index b84733a..31809a2 100644 (file)
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index 46df611..75e3904 100755 (executable)
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@@ -1,6 +1,6 @@
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index 5b06f55..e108ded 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/desktopMenu.html
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index f423b47..fa2b1a5 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/index.html
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index 61063ed..4f66696 100755 (executable)
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diff --git a/help/html/menus/wsmenu.html b/help/html/menus/wsmenu.html

index 8c85b93..bac5a96 100755 (executable)
--- a/help/html/menus/wsmenu.html
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diff --git a/help/html/misc/aaproperties.html b/help/html/misc/aaproperties.html

index 09e0e0a..2a4266a 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aaproperties.html
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@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/misc/aminoAcids.html b/help/html/misc/aminoAcids.html

index 3a4cdf1..7b7e6c4 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/aminoAcids.html
+++ b/help/html/misc/aminoAcids.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/misc/geneticCode.html b/help/html/misc/geneticCode.html

index 07922cf..967b0ed 100755 (executable)
--- a/help/html/misc/geneticCode.html
+++ b/help/html/misc/geneticCode.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/privacy.html b/help/html/privacy.html

index 01ad39c..f46b528 100644 (file)
--- a/help/html/privacy.html
+++ b/help/html/privacy.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/releases.html b/help/html/releases.html

index 6869403..e18c7a5 100755 (executable)
--- a/help/html/releases.html
+++ b/help/html/releases.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/vamsas/index.html b/help/html/vamsas/index.html

index 013e0ca..e91d114 100644 (file)
--- a/help/html/vamsas/index.html
+++ b/help/html/vamsas/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/webServices/JABAWS.html b/help/html/webServices/JABAWS.html

index e54d5dd..867299a 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/JABAWS.html
+++ b/help/html/webServices/JABAWS.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/webServices/clustalw.html b/help/html/webServices/clustalw.html

index 120a186..81ccc4e 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/clustalw.html
+++ b/help/html/webServices/clustalw.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/help/html/webServices/dbreffetcher.html b/help/html/webServices/dbreffetcher.html

index 23d6991..1a03352 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/dbreffetcher.html
+++ b/help/html/webServices/dbreffetcher.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
  <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/help/html/webServices/index.html b/help/html/webServices/index.html

index a12d7b3..939db64 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/index.html
+++ b/help/html/webServices/index.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  
  <!--
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diff --git a/help/html/webServices/jnet.html b/help/html/webServices/jnet.html

index 3537554..79320f0 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/jnet.html
+++ b/help/html/webServices/jnet.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/help/html/webServices/mafft.html b/help/html/webServices/mafft.html

index d3dd142..052e565 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/mafft.html
+++ b/help/html/webServices/mafft.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/webServices/msaclient.html b/help/html/webServices/msaclient.html

index a203849..0d413fc 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/msaclient.html
+++ b/help/html/webServices/msaclient.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/webServices/muscle.html b/help/html/webServices/muscle.html

index 04fe696..1a3de9f 100755 (executable)
--- a/help/html/webServices/muscle.html
+++ b/help/html/webServices/muscle.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
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diff --git a/help/html/webServices/urllinks.html b/help/html/webServices/urllinks.html

index 649cc67..842cc90 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/urllinks.html
+++ b/help/html/webServices/urllinks.html
@@ -1,6 +1,6 @@
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diff --git a/help/html/webServices/webServicesParams.html b/help/html/webServices/webServicesParams.html

index 714dd5c..3bec481 100644 (file)
--- a/help/html/webServices/webServicesParams.html
+++ b/help/html/webServices/webServicesParams.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  
  <!--
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@@ -1,6 +1,6 @@
  
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diff --git a/src/MCview/Atom.java b/src/MCview/Atom.java

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index 80f811b..45a59ed 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1f724e0..2876d4d 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 1e08074..0fe718a 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/Jpred.java b/src/ext/vamsas/Jpred.java

index 8438998..fa93696 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/Jpred.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/JpredService.java b/src/ext/vamsas/JpredService.java

index fec4186..2be65fd 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/JpredServiceLocator.java

index 355595c..f19320c 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/JpredSoapBindingStub.java

index 7c80f57..ce7b1c2 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWS.java b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java

index bf18a1c..e6a0a0b 100755 (executable)
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+++ b/src/ext/vamsas/MuscleWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSService.java

index 2b51392..aede671 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8713ef1..300d0b1 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

index f732060..f1362dd 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java

index 7722d99..5c8c9d9 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/RegistryServiceSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java

index 91d96c8..f28de63 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java

index 0c7bae5..9750834 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java

index 9fe0579..81527ae 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java

index 9b918fd..11b7131 100644 (file)
--- a/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
+++ b/src/ext/vamsas/SeqSearchServiceSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java

index 62a3af5..75db8bf 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandle.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java

index e931d44..221341b 100755 (executable)
--- a/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
+++ b/src/ext/vamsas/ServiceHandles.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 31cb7ad..33ee1ba 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 28c6283..4f8de6c 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 158fe81..b658cc1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index b557c5a..f34bfd5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/Conservation.java
+++ b/src/jalview/analysis/Conservation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/CrossRef.java b/src/jalview/analysis/CrossRef.java

index 8682e8a..555c708 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/CrossRef.java
+++ b/src/jalview/analysis/CrossRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Dna.java b/src/jalview/analysis/Dna.java

index 482c54a..bb72baf 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Dna.java
+++ b/src/jalview/analysis/Dna.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Finder.java b/src/jalview/analysis/Finder.java

index 41d3185..a0680dd 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/Grouping.java b/src/jalview/analysis/Grouping.java

index 2cb4753..16f5076 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/Grouping.java
+++ b/src/jalview/analysis/Grouping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/NJTree.java b/src/jalview/analysis/NJTree.java

index ee782e7..c140237 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/NJTree.java
+++ b/src/jalview/analysis/NJTree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/PCA.java b/src/jalview/analysis/PCA.java

index 9be0e3c..0c02f48 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/PCA.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java b/src/jalview/analysis/ParseProperties.java

index 3af6c24..a97982b 100644 (file)
--- a/src/jalview/analysis/ParseProperties.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java b/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java

index 332f89f..a77669d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SeqsetUtils.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java b/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

index 0046cf5..b8d16f0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java b/src/jalview/api/FeatureRenderer.java

index 14af09b..3909e50 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/FeatureRenderer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java

index 37b43b5..62c8eea 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java

index f4c9345..5f9217d 100644 (file)
--- a/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
+++ b/src/jalview/api/SequenceStructureBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

index 5288fe4..f38b6dc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
+++ b/src/jalview/appletgui/APopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

index 9f77772..414d333 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

index 6d6a3e6..08337c8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

index 6d4c63b..41b80aa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

index 41c20bd..1d0600c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

index ebc4ebb..74eb5de 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

index c3f17f9..6d55b13 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

index 42e6f56..8f4a355 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmol.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java b/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

index 009cefd..d0a69d8 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java

index c09784e..e6de0df 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java

index 2d6ef56..8147266 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
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diff --git a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java

index bfc453a..32e3e76 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
+++ b/src/jalview/appletgui/EmbmenuFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

index d3dad58..69d39e5 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
+++ b/src/jalview/appletgui/ExtJmol.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java

index 69f667a..2de833e 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

index de03c03..210454a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java b/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

index fb8b37c..c38d33b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/Finder.java b/src/jalview/appletgui/Finder.java

index eef4b62..638247a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Finder.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java

index d4563d9..9153e9f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
+++ b/src/jalview/appletgui/FontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

index 38a1310..ece3e94 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java

index a7a20ed..252c76c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java

index a6bbdd3..1dc1f6d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/appletgui/IdwidthAdjuster.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java

index a08e85c..5ef25c3 100644 (file)
--- a/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
+++ b/src/jalview/appletgui/JVDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java b/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

index d740625..6f8fa10 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java b/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

index 5d32373..e7b5a73 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PCAPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java b/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

index ab3325b..b15c569 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

index beec55b..0958375 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

index 634c82e..2ed10df 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java

index 4872aad..67bcf70 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/RotatableCanvas.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java b/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

index 0971882..914ffb7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java b/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

index fd9d768..cee6cdc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

index 24f4786..1bfca9b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java

index 0215e55..0489452 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

index 2326cae..b9ed165 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java

index 4806ba1..840e4b9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
+++ b/src/jalview/appletgui/Tooltip.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

index d40ab73..8c010a5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java

index 268fece..30eb89a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/appletgui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

index 188099a..e54983a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/Cache.java b/src/jalview/bin/Cache.java

index 48837ff..34f53b1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Cache.java
+++ b/src/jalview/bin/Cache.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/Jalview.java b/src/jalview/bin/Jalview.java

index 39daac6..91634af 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/Jalview.java
+++ b/src/jalview/bin/Jalview.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLite.java b/src/jalview/bin/JalviewLite.java

index 6a29ecd..090c46a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLite.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

index be952d4..5b411fb 100644 (file)
--- a/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
+++ b/src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Alignment.java b/src/jalview/binding/Alignment.java

index 6b1efa8..a57f764 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Alignment.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Annotation.java b/src/jalview/binding/Annotation.java

index 87ca721..e1ade0c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Annotation.java
+++ b/src/jalview/binding/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java

index 7814e34..3be3371 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/binding/AnnotationElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/binding/Colour.java b/src/jalview/binding/Colour.java

index b1e7916..7856c85 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Colour.java
+++ b/src/jalview/binding/Colour.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/binding/Feature.java b/src/jalview/binding/Feature.java

index cd0c9bd..bd7aea8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Feature.java
+++ b/src/jalview/binding/Feature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 5a768c4..5269571 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/binding/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 0d65b0c..cbbd311 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Features.java
+++ b/src/jalview/binding/Features.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 02d9229..55bedd0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JGroup.java
+++ b/src/jalview/binding/JGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/JSeq.java b/src/jalview/binding/JSeq.java

index cbc949a..1cea659 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JSeq.java
+++ b/src/jalview/binding/JSeq.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 8f12c0c..3726b37 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModel.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 6b056d3..874da72 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index cf575f5..ff89d0f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
+++ b/src/jalview/binding/JalviewUserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 54c678c..e6b6837 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 7e40e0c..f622982 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/PdbentryItem.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Pdbids.java b/src/jalview/binding/Pdbids.java

index 4857701..453e7c4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/binding/Pdbids.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index b051b0d..adb725c 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index e69fa67..d9826f4 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceSet.java b/src/jalview/binding/SequenceSet.java

index fa6feda..943afe2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/SequenceType.java b/src/jalview/binding/SequenceType.java

index 1b420a0..ffed392 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/SequenceType.java
+++ b/src/jalview/binding/SequenceType.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Setting.java b/src/jalview/binding/Setting.java

index a9717e7..46ac53d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Setting.java
+++ b/src/jalview/binding/Setting.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/Tree.java b/src/jalview/binding/Tree.java

index 2e62e4a..eaedf86 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Tree.java
+++ b/src/jalview/binding/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java

index 915881b..6c0226c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/binding/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/UserColours.java b/src/jalview/binding/UserColours.java

index cf195e7..d91c7f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/UserColours.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/binding/VAMSAS.java b/src/jalview/binding/VAMSAS.java

index d7610d4..ce6d0a1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/binding/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/VamsasModel.java b/src/jalview/binding/VamsasModel.java

index 2b1bc0e..2c8a1c2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/binding/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/binding/Viewport.java b/src/jalview/binding/Viewport.java

index ee663c7..8a4fd8b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/binding/Viewport.java
+++ b/src/jalview/binding/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

index 7ba4027..e6e87ce 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/CommandI.java b/src/jalview/commands/CommandI.java

index 7611728..8460e15 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/CommandI.java
+++ b/src/jalview/commands/CommandI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/EditCommand.java b/src/jalview/commands/EditCommand.java

index 5310838..334f34e 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/EditCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/EditCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/OrderCommand.java b/src/jalview/commands/OrderCommand.java

index bacca28..34a3c64 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/OrderCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/OrderCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

index b4331d7..8404853 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

index 9165225..3bdd674 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

index 60ba93d..3a2bbd3 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

index 2de3539..2ad0872 100644 (file)
--- a/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
+++ b/src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

index 207069a..8a986fe 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/datamodel/Alignment.java b/src/jalview/datamodel/Alignment.java

index 42559c6..c69178c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Alignment.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java

index bd5bfcf..cff393d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

index 8b947eb..09aa4d0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

index 7bf2042..e1ddf81 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java

index 4079c9c..5960407 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
+++ b/src/jalview/datamodel/AlignmentView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 762a62c..9393ed7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Annotation.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index cae0185..673ff69 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/BinaryNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index dd4bb60..6536828 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/BinarySequence.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 626143e..d39da02 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarArray.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 2508717..7dc187c 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarBase.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index fbba60f..11da8da 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/CigarCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index fd20bfe..9bb1327 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/CigarSimple.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

index a36faf7..cc3b62c 100644 (file)
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+++ b/src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java b/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java

index 094628b..5e9648d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/DBRefEntry.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index b9442df..4e0a8f4 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java b/src/jalview/datamodel/FeatureProperties.java

index 6447f1c..fdff3c5 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/GraphLine.java b/src/jalview/datamodel/GraphLine.java

index 92be210..867693b 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java b/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

index ecbe1ec..7244633 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Mapping.java b/src/jalview/datamodel/Mapping.java

index b6b4c96..ae453b2 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/Mapping.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java b/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java

index 4c1e594..2bba75b 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/NodeTransformI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java b/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java

index 2c44a57..5312a99 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/PDBEntry.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Provenance.java b/src/jalview/datamodel/Provenance.java

index d87618e..932bc8b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Provenance.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Provenance.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java

index b206ebf..93e1cbd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/ProvenanceEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java

index 85d44f1..33b15a9 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SearchResults.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java

index b2a1f66..572acb0 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SeqCigar.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/Sequence.java b/src/jalview/datamodel/Sequence.java

index 13f928c..e6738b1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/Sequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

index 012f842..6c2e33b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

index be40bce..428ce5f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java

index a1a7bc2..2c06a95 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

index 622d7b5..48bcb5e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequenceNode.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

index b22229b..d43b617 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
+++ b/src/jalview/datamodel/SequencePoint.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

index 8a78179..7cf4e77 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java

index 5b80d1b..4f0b1fd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java

index dbc93f3..1a80038 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotProteinName.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

index 6eb0de0..7ca1656 100755 (executable)
--- a/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java

index 9f350e5..2680516 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/BasePosition.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java

index 1439a8b..227f11b 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java

index ce46265..2f18b28 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblError.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java

index b727c56..27708fd 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java

index 7021c32..610f14d 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java

index 96f21f9..5219bf0 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFeatureLocations.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java

index 14b78ce..ef6ec68 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java

index b001e70..cb5f252 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblSequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java

index 2fba8dc..fd948c0 100644 (file)
--- a/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
+++ b/src/jalview/datamodel/xdb/embl/Qualifier.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

index 67b688c..06a7826 100644 (file)
--- a/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
+++ b/src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignFrame.java b/src/jalview/gui/AlignFrame.java

index b20314b..692996f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignFrame.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignViewport.java b/src/jalview/gui/AlignViewport.java

index ef7d35c..5975ae0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignViewport.java
+++ b/src/jalview/gui/AlignViewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java b/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

index efefeaf..335f61e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java

index a05ccf1..e911cb5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java

index e50859d..5f1bda1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationExporter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

index b77fab6..06c2d22 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
+++ b/src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java b/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

index 01c933a..2cfd6c8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/AnnotationPanel.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/gui/AppJmol.java b/src/jalview/gui/AppJmol.java

index 19178f2..10e9db7 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmol.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java b/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

index ed56ebb..3483b7e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ConservationThread.java b/src/jalview/gui/ConservationThread.java

index 5ed536c..27455f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ConservationThread.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Console.java b/src/jalview/gui/Console.java

index 823b594..77ff5ce 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/Console.java
+++ b/src/jalview/gui/Console.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

index f608a52..a59927a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

index 8ce0995..2adc40d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
+++ b/src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/Desktop.java b/src/jalview/gui/Desktop.java

index 6912e19..b90ff96 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Desktop.java
+++ b/src/jalview/gui/Desktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EPSOptions.java b/src/jalview/gui/EPSOptions.java

index 9686f18..8fc4958 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/EPSOptions.java
+++ b/src/jalview/gui/EPSOptions.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java

index 4d3e167..4d446a9 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
+++ b/src/jalview/gui/EditNameDialog.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

index e9a88ac..46e27cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

index 021c27e..8da6e3c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java

index 1997dc9..4719e26 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/gui/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Finder.java b/src/jalview/gui/Finder.java

index 1c767a1..1b78f03 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Finder.java
+++ b/src/jalview/gui/Finder.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/FontChooser.java b/src/jalview/gui/FontChooser.java

index 12493eb..a04ebdf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/FontChooser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java

index 6537095..f3f342e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java

index 56be66d..d89656a 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
+++ b/src/jalview/gui/IProgressIndicatorHandler.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/IdCanvas.java b/src/jalview/gui/IdCanvas.java

index b713913..79fe7f7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/IdCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdPanel.java b/src/jalview/gui/IdPanel.java

index 38912fd..3c94fe7 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/IdPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java

index ab4cbad..fc44b56 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
+++ b/src/jalview/gui/IdwidthAdjuster.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java

index a93e84c..11a05fb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java

index 5d1a89b..5f7df72 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
+++ b/src/jalview/gui/Jalview2XML_V1.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java

index 9c70e62..60faf50 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewAppender.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java

index 371beac..8d3a407 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
+++ b/src/jalview/gui/JalviewChangeSupport.java
@@ -1,3 +1,20 @@
+/*
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ */
  package jalview.gui;
  
  import java.beans.PropertyChangeEvent;
@@ -67,4 +84,4 @@ public class JalviewChangeSupport implements PropertyChangeListener
      changeSupport.removePropertyChangeListener(propertyName, listener);
    }
  
-}
\ No newline at end of file
+}
diff --git a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java

index f41e85a..adc8577 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
+++ b/src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
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diff --git a/src/jalview/gui/OOMWarning.java b/src/jalview/gui/OOMWarning.java

index 8bcb29c..0523365 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/OOMWarning.java
+++ b/src/jalview/gui/OOMWarning.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java

index 2426d4d..afd695c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/OverviewPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PCAPanel.java b/src/jalview/gui/PCAPanel.java

index 2171e08..deb80c4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PCAPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java

index f974f0a..41ae9c2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
+++ b/src/jalview/gui/PaintRefresher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

index 0dbb9c2..be654ac 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PopupMenu.java b/src/jalview/gui/PopupMenu.java

index 94d22ef..4597364 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/PopupMenu.java
+++ b/src/jalview/gui/PopupMenu.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/Preferences.java b/src/jalview/gui/Preferences.java

index 70f8f3e..11b4df0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/Preferences.java
+++ b/src/jalview/gui/Preferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java

index ac15f2b..17b865e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
+++ b/src/jalview/gui/PromptUserConfig.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

index adbbfc3..9750222 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/RedundancyPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

index 60cc19c..19fb439 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/RotatableCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScalePanel.java b/src/jalview/gui/ScalePanel.java

index c50330b..b23d5a8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/ScalePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/ScalePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java

index c80248f..fbb99b1 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
+++ b/src/jalview/gui/ScriptWindow.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java

index f625838..f2133b0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java

index 7502812..ab0e8c0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

index b7cccf7..c744432 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

index b15851c..4cce0aa 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
+++ b/src/jalview/gui/SequenceRenderer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SliderPanel.java b/src/jalview/gui/SliderPanel.java

index ed3fc52..6ac8a12 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SliderPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/SplashScreen.java b/src/jalview/gui/SplashScreen.java

index e855057..f2829d8 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/SplashScreen.java
+++ b/src/jalview/gui/SplashScreen.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java

index bec6823..b8501fe 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
+++ b/src/jalview/gui/TextColourChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java

index 9022182..29da2ad 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
+++ b/src/jalview/gui/TreeCanvas.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/TreePanel.java b/src/jalview/gui/TreePanel.java

index ea0b791..6bcfd25 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/TreePanel.java
+++ b/src/jalview/gui/TreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

index f4afe56..f2306fe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/gui/UserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java

index 1c08b9b..4cca2eb 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
+++ b/src/jalview/gui/UserQuestionnaireCheck.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java

index efd94de..617ac83 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
+++ b/src/jalview/gui/VamsasApplication.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

index 4d0c634..cc76409 100755 (executable)
--- a/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/gui/WebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
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diff --git a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java

index 440a714..49e51ee 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
+++ b/src/jalview/gui/WsJobParameters.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

index da42755..1c7c22d 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
+++ b/src/jalview/gui/WsParamSetManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/gui/WsPreferences.java b/src/jalview/gui/WsPreferences.java

index ff149c1..55e8f1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/WsPreferences.java
+++ b/src/jalview/gui/WsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/io/AMSAFile.java b/src/jalview/io/AMSAFile.java

index 0a4624b..34385c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/AMSAFile.java
+++ b/src/jalview/io/AMSAFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/io/AlignFile.java b/src/jalview/io/AlignFile.java

index 1e1b777..032bda5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AlignFile.java
+++ b/src/jalview/io/AlignFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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index ef2673a..a96ff67 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AnnotationFile.java
+++ b/src/jalview/io/AnnotationFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * \r
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index b1952a9..166e4d3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
+++ b/src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/BLCFile.java b/src/jalview/io/BLCFile.java

index d0eb80e..79f0c12 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/BLCFile.java
+++ b/src/jalview/io/BLCFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/ClansFile.java b/src/jalview/io/ClansFile.java

index fafeaa6..02e0b10 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/ClansFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClansFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/ClustalFile.java b/src/jalview/io/ClustalFile.java

index 4c700ed..6f42685 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ClustalFile.java
+++ b/src/jalview/io/ClustalFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/io/DBRefFile.java b/src/jalview/io/DBRefFile.java

index a1a88d9..6b1a3de 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/DBRefFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/io/FastaFile.java b/src/jalview/io/FastaFile.java

index 5a15862..63ea4d3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FastaFile.java
+++ b/src/jalview/io/FastaFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/FeaturesFile.java b/src/jalview/io/FeaturesFile.java

index 7c70b54..0fb555d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FeaturesFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/io/FileLoader.java b/src/jalview/io/FileLoader.java

index fe31a40..0e017e6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileLoader.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/FileParse.java b/src/jalview/io/FileParse.java

index 4670d99..64c87cd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FileParse.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/FormatAdapter.java b/src/jalview/io/FormatAdapter.java

index 79a9190..5117612 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/FormatAdapter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/HTMLOutput.java b/src/jalview/io/HTMLOutput.java

index f131ce6..52b7770 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/HTMLOutput.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/IdentifyFile.java b/src/jalview/io/IdentifyFile.java

index 8a9a121..325f519 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/IdentifyFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JPredFile.java b/src/jalview/io/JPredFile.java

index f41c2c3..5c0e8f5 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JPredFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java

index acd24b3..5b33269 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java

index a9a2d86..6e50f13 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileFilter.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JalviewFileView.java b/src/jalview/io/JalviewFileView.java

index 5e0f588..655739b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JalviewFileView.java
+++ b/src/jalview/io/JalviewFileView.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

index 11f05b7..671e44f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
+++ b/src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MSFfile.java b/src/jalview/io/MSFfile.java

index 1f38ca0..e525ce1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/MSFfile.java
+++ b/src/jalview/io/MSFfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/MatrixFile.java b/src/jalview/io/MatrixFile.java

index aeaee02..edfff75 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/MatrixFile.java
+++ b/src/jalview/io/MatrixFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/io/ModellerDescription.java b/src/jalview/io/ModellerDescription.java

index 3af2f93..aea4559 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/ModellerDescription.java
+++ b/src/jalview/io/ModellerDescription.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/NewickFile.java b/src/jalview/io/NewickFile.java

index b7df38f..06ea915 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/NewickFile.java
+++ b/src/jalview/io/NewickFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PIRFile.java b/src/jalview/io/PIRFile.java

index ef06b0c..b46047e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PIRFile.java
+++ b/src/jalview/io/PIRFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PfamFile.java b/src/jalview/io/PfamFile.java

index 1407ddc..40845d0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PfamFile.java
+++ b/src/jalview/io/PfamFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/PileUpfile.java b/src/jalview/io/PileUpfile.java

index dd28176..8837141 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/PileUpfile.java
+++ b/src/jalview/io/PileUpfile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java

index b407a45..8dcde0c 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
+++ b/src/jalview/io/SimpleBlastFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/StockholmFile.java b/src/jalview/io/StockholmFile.java

index 34ce3bf..e9d0ff5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/StockholmFile.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java b/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java

index 06154c8..1a73d4e 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/VamsasAppDatastore.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

index 8fbf002..820d163 100755 (executable)
--- a/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
+++ b/src/jalview/io/WSWUBlastClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java

index 7af8a7b..c85c5e0 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Datasetsequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

index f2d49e7..b421c98 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java

index 7412f6a..b9f8c61 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/DatastoreRegistry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

index 28ae762..0a5eb7a 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Dbref.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java

index 0dfddf1..2e3b12d 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/LocalDocSyncObject.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java

index c4b817d..5ec00f6 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Rangetype.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java

index 0525cf9..e0951ec 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencefeature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java

index 9263690..74f5bc5 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Sequencemapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java

index 9b76f91..8fc30c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
+++ b/src/jalview/io/vamsas/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

index 9260b23..bb3954f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 0f59792..882bc61 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GAlignmentPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java

index d809098..bb6c45a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GCutAndPasteTransfer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java b/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java

index bb7db14..1fefa31 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDasSourceBrowser.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java

index 5effdbd..0d6423a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GDesktop.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFinder.java b/src/jalview/jbgui/GFinder.java

index 9691455..93c53ad 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFinder.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java

index e0e71bb..5933ea0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GFontChooser.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java

index e4b20a0..317494f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPCAPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java

index a813f6d..b8d8aed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPairwiseAlignPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java

index aaa73a1..f2b417a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java

index d9669c8..5bcc9ea 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSequenceLink.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java

index b3663fe..7cd310b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GSliderPanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java

index 26bdad2..d4a3451 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java

index d3385a5..634a7f1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GTreePanel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java

index 6085b64..8a5a173 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GUserDefinedColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java

index 9fb3710..691b10c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWebserviceInfo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java

index da9322c..fdc2aeb 100644 (file)
--- a/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
+++ b/src/jalview/jbgui/GWsPreferences.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/math/Matrix.java b/src/jalview/math/Matrix.java

index 10a17ab..71443a2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/Matrix.java
+++ b/src/jalview/math/Matrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java

index 674e069..ffb52a1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
+++ b/src/jalview/math/RotatableMatrix.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

index 3b1aa1b..d95ae7c 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java

index 9bd0a7f..92d73fe 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Alcodon.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java

index 8bbe3dd..fc693d3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AlcodonFrame.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java

index ddf63fb..ace0a1b 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Annotation.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java

index 19f92b8..cd777af 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java

index 5f2ab2c..a57d49e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/AnnotationElement.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java

index 7f4a6b1..4015904 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Colour.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java

index 155d162..687e4e7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/DBRef.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java

index ebd7424..6545dbf 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Feature.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java

index 9bacca3..590847a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/FeatureSettings.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java

index 790ecfa..74db5ed 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Features.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index e446cb2..54a6db6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Group.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java b/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java

index ea6f422..0956cd1 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/HiddenColumns.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java

index 4da0f75..1f2cae4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JGroup.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java

index cad210a..5b558e1 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JSeq.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java

index ba483e6..97e71fb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModel.java
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

index 61a74ff..2a53bae 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java

index 36e09f1..5025e86 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/JalviewUserColours.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java

index 34714b6..04fc336 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListFrom.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java

index 5b547ee..1fc2d9f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListTo.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java

index a4097a5..bdf2bc7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MapListType.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java

index 5ae5031..021dbc6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Mapping.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java b/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java

index db41f09..61d2beb 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/MappingChoice.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java

index 85301fa..80f3487 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/OtherData.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java

index 6721c5b..31b4cfb 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbentry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java

index 9cd3c47..4158f5f 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/PdbentryItem.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java

index 944bcfe..6cf2673 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Pdbids.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java

index 13905ec..cea912e 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Property.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java

index 4ec2aaf..d1a18a6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java

index bd5efa9..3d9661d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java

index dca7936..e987a4f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceSetProperties.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java b/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java

index ce75ece..a20e9dd 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/SequenceType.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java

index 9a49315..02af708 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Setting.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java b/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java

index 4ce6aa7..f951678 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/StructureState.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java

index f479c36..66f2d2c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/ThresholdLine.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java

index 498e29f..3a3c8db 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Tree.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java

index 28c415f..a18b305 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java

index 12356b5..cba2150 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/UserColours.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java

index a0b3460..699f47d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VAMSAS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java

index d76cc82..6c45ca3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/VamsasModel.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

index 3cfdb3e..8f694b6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java

index 6c7c211..a119538 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/WebServiceParameterSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java

index 23cf8cb..a81c837 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodMapDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java

index f3b49b8..85319a8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java

index 5c646ca..ca1ca1d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AlcodonFrameDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java

index 5a703c3..441866d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

index c30ef18..40e44e6 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java

index 2c3343b..5fb2594 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationElementDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java

index bd14d09..1d1bb0e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ColourDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java

index 58c088b..0f7bbd8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/DBRefDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java

index e50fc8c..f80b2a7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java

index 8111b37..4dec690 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeatureSettingsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java

index c6d3ee2..f23fa7d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/FeaturesDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java

index a4a74e2..7e4759e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/GroupDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java

index 1b4933b..eed1e62 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/HiddenColumnsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java

index 08b9aea..2260eda 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JGroupDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java

index b33eda7..cee8380 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JSeqDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java

index 4480ea9..9d82d42 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java

index 4ea81bc..9d0a437 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewModelSequenceDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java

index 92537b5..2672784 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/JalviewUserColoursDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java

index d83357c..c19ccee 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListFromDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java

index 70ce324..ee172db 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListToDescriptor.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java

index 858753f..63eeb1f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MapListTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java

index 92aac5e..c524757 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingChoiceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java

index 9c748cf..5f2329e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/MappingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java

index 4e49c36..8b65077 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/OtherDataDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java

index f892f79..3de932a 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java

index 0a043d7..4c17a6d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbentryItemDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java

index cf746cd..b90da29 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PdbidsDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java

index 0e27e21..1ebfb28 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/PropertyDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java

index 07a6181..79802cc 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java

index ab0d2b8..a78d706 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java

index 11a25fb..c9b1fc3 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceSetPropertiesDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java

index 5554046..b42e31f 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SequenceTypeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java

index ca375af..a5149a2 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/SettingDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java

index 09171ea..d0da6e4 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/StructureStateDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java

index c683978..69ea4f0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ThresholdLineDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

index 9d70d62..fa2f2f8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java

index eb93e57..c657db5 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColourSchemeDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java

index e98dffb..fbfa0c8 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/UserColoursDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java

index b46ab62..a0d1089 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VAMSASDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java

index 9b25bae..6f0411d 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/VamsasModelDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java

index 254b785..86b43f7 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/ViewportDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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diff --git a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java

index bf029a2..0ebd03b 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
+++ b/src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/WebServiceParameterSetDescriptor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

index 36c1f95..911f084 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
+++ b/src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

index 0a943bd..0e6ae0c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

index b92b5dd..f590a8a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java

index 8822567..74a87e6 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

index 009ab0b..fb8faab 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

index f50ac0a..3147380 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
+++ b/src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/schemes/Consensus.java b/src/jalview/schemes/Consensus.java

index d3942df..0e746d4 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/Consensus.java
+++ b/src/jalview/schemes/Consensus.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java

index 68b0c1a..8164ff0 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
+++ b/src/jalview/schemes/GraduatedColor.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

index 0fa96e5..3d12999 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java

index 56a00ca..fb8d4ad 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/HydrophobicColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java b/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java

index 27d4ce3..9d4828c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/NucleotideColourScheme.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java

index f088bc5..9831f9d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/PIDColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java

index 788124c..491f571 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java

index 9115681..18c3d32 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
+++ b/src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java

index fd6b9fb..58a523c 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreColourScheme.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index e38b805..82e070e 100644 (file)
--- a/src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java b/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java

index 989093c..d205ee0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/StrandColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java

index 82be5cf..9bad32a 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TaylorColourScheme.java
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diff --git a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java b/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java

index 61342f8..3e825be 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/TurnColourScheme.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java b/src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

index 9b01332..c46393f 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java

index 4d8c03f..a28cebe 100755 (executable)
--- a/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
+++ b/src/jalview/schemes/ZappoColourScheme.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/SelectionListener.java b/src/jalview/structure/SelectionListener.java

index 40a9b59..d739f92 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionListener.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/structure/SelectionSource.java b/src/jalview/structure/SelectionSource.java

index 68c5afa..7cf8a73 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SelectionSource.java
+++ b/src/jalview/structure/SelectionSource.java
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index cba1217..4df554e 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/SequenceListener.java
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index 60357cd..9b45726 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/StructureListener.java
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureMapping.java b/src/jalview/structure/StructureMapping.java

index 14ec229..26f1469 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java b/src/jalview/structure/StructureSelectionManager.java

index e2cf3c9..c4c43db 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/structure/VamsasListener.java b/src/jalview/structure/VamsasListener.java

index fa1f13e..bb6cb98 100644 (file)
--- a/src/jalview/structure/VamsasListener.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/AWTConsole.java b/src/jalview/util/AWTConsole.java

index 14f23a9..381c5c6 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/AWTConsole.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java b/src/jalview/util/BrowserLauncher.java

index 540c521..f85676d 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/BrowserLauncher.java
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index 32e049d..afc6706 100755 (executable)
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diff --git a/src/jalview/util/DBRefUtils.java b/src/jalview/util/DBRefUtils.java

index b772305..5bc1629 100755 (executable)
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/Format.java b/src/jalview/util/Format.java

index 97a97ac..7b309a0 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/Format.java
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java b/src/jalview/util/GroupUrlLink.java

index fccf3a4..1978489 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/GroupUrlLink.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/ImageMaker.java b/src/jalview/util/ImageMaker.java

index 01632c9..45607f3 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/ImageMaker.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/MapList.java b/src/jalview/util/MapList.java

index 4802d8c..99db9bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/MapList.java
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diff --git a/src/jalview/util/Platform.java b/src/jalview/util/Platform.java

index d12560e..bc6eb18 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/Platform.java
+++ b/src/jalview/util/Platform.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/QuickSort.java b/src/jalview/util/QuickSort.java

index 1e3e5c1..f6570b2 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/QuickSort.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/util/ShiftList.java b/src/jalview/util/ShiftList.java

index 7b13045..a8e1a69 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/ShiftList.java
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diff --git a/src/jalview/util/TableSorter.java b/src/jalview/util/TableSorter.java

index 495fb21..2668218 100755 (executable)
--- a/src/jalview/util/TableSorter.java
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diff --git a/src/jalview/util/UrlLink.java b/src/jalview/util/UrlLink.java

index 52a8140..3903b2f 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/UrlLink.java
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diff --git a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java b/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java

index 8357269..91a4165 100644 (file)
--- a/src/jalview/util/jarInputStreamProvider.java
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diff --git a/src/jalview/ws/AWSThread.java b/src/jalview/ws/AWSThread.java

index a40d27a..e537b0a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWSThread.java
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   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/AWsJob.java b/src/jalview/ws/AWsJob.java

index e653539..78a13bf 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/AWsJob.java
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java b/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java

index c1fe276..1fb5606 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DBRefFetcher.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java b/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

index 4262f7e..94e8b19 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java
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diff --git a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java b/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

index 6a9371b..fcd5450 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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--- a/src/jalview/ws/JobStateSummary.java
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index fa58a2c..067212e 100644 (file)
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index d89ab73..27b1ebc 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClient.java
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index f6d0de3..5c8e526 100755 (executable)
--- a/src/jalview/ws/WSClientI.java
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index b7aa0ba..25e6620 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java b/src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

index 007ae52..f578cb7 100644 (file)
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index baffc6d..46b063a 100644 (file)
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index 06e1164..cef126c 100644 (file)
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index a32068b..ba42526 100644 (file)
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index 3e1eced..cb7903d 100644 (file)
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index e599b33..b789a62 100644 (file)
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index a79bcda..5733df7 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java b/src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

index e5c7c38..193a73a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java b/src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

index efb2739..65e008a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

index c8b1cda..854ac19 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java
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index 8fff195..dc9e04e 100644 (file)
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index 98f2645..956fccd 100644 (file)
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index 0d578c6..5777382 100644 (file)
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index 3eca137..6b8781b 100644 (file)
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index c344967..902d44a 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java b/src/jalview/ws/jws1/SeqSearchWSThread.java

index 99a8d03..512ff18 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java b/src/jalview/ws/jws1/WS1Client.java

index f05585d..846a59b 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java b/src/jalview/ws/jws1/WSJob.java

index e542c3f..6ca09af 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java b/src/jalview/ws/jws2/AWS2Thread.java

index a33e90c..959d570 100644 (file)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java

index bbc0604..99d732a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JWs2Job.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java

index 526c5b0..0adae22 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

index c86a790..dd52878 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

index 2799e98..0e1ec72 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java
@@ -1,5 +1,19 @@
-/**
+/*
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+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
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+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
   */
  package jalview.ws.jws2;
  
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java

index a9ca8f0..6557c6c 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Client.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java

index 198f01d..f800801 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/Jws2Discoverer.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java

index 8a352bf..a1d422d 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSClient.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

index bd86bf0..69b4be7 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java

index 1f76462..23fbdb1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/ParameterUtils.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java

index be4912b..ebfb850 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaOption.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java

index 36abdcc..fce016a 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaParameter.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java

index f3e3930..12cf1eb 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaValueConstrain.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

index deede07..2c1c74f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
+++ b/src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java

index 2f42838..682bd6f 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ArgumentI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/OptionI.java b/src/jalview/ws/params/OptionI.java

index f908f4d..9461839 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/OptionI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/OptionI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java

index 77647d4..72f4028 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamDatastoreI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java

index 5de608b..dc5c8c1 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ParamManager.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java b/src/jalview/ws/params/ParameterI.java

index 6e69d56..76427bd 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ParameterI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java

index fa24ba0..3c6fda8 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
+++ b/src/jalview/ws/params/ValueConstrainI.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java b/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java

index 781aa0d..27d9753 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/params/WsParamSetI.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java

index 1baa58b..391aa05 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/ASequenceFetcher.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * \r
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diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java

index 9c5356a..6e9418b 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxy.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   * \r
   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java

index 44de157..8b2dba0 100644 (file)
--- a/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
+++ b/src/jalview/ws/seqfetcher/DbSourceProxyImpl.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java

index 7996f02..d4db577 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java

index 884e190..9e479fa 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/CrossReference_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java

index 5855186..edca2a5 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java

index 3348640..e268bf2 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/picr/model/UPEntry_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
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   * This file is part of Jalview.\r
diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java

index 46d8507..e5270bb 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/Data.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java

index fe546ea..77aecc4 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/InputParams.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java

index b57b04b..3d47cf0 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSFile.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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   * 
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java

index 81ba67b..e321075 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlast.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 8c43600..82071ed 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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index d70121c..669441c 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ab9dabf..8f99c9f 100755 (executable)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/WSWUBlastSoapBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 0091add..cba3110 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperBindingStub.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java

index 3169ac1..d0eadc0 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperInterface.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java

index e415506..35f1e1b 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperService.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java

index 4fac780..ef4fe7a 100644 (file)
--- a/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
+++ b/src/uk/ac/ebi/www/picr/AccessionMappingService/AccessionMapperServiceLocator.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 05a47dd..9c3791e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/IMsaWS.java
+++ b/src/vamsas/IMsaWS.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

index 2bf1a9e..e555ded 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 83122d1..a77f777 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Alignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 715aea6..2742971 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ca89880..1907a2e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/JpredResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java

index 173a2e7..55c9e52 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java

index 54ac889..734611c 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/MsaResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index 2d04275..8873094 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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index ce30397..1aa1611 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Msfalignment_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 4eb8050..8e179b7 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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index 9c933b5..b42c790 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Object_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result.java b/src/vamsas/objects/simple/Result.java

index ff76cd9..a2be372 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result.java
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java

index d7f281e..4dd3b31 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Result_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java

index 42b3a71..55f6637 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java

index 84ddcd2..baf086e 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Secstructpred_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java

index 71b036f..52ec880 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
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   * \r
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java

index a50a304..885e69f 100644 (file)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SeqSearchResult_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*\r
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java

index 77bccf7..5064839 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/Sequence.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

index 826cd6a..f76c0fa 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java

index 6c58dc6..2d4778b 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/SequenceSet_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java

index b310f55..818320d 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/Sequence_Helper.java
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@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java

index 2c72248..6db49ec 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
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diff --git a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java

index 38c831c..aeec78b 100755 (executable)
--- a/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
+++ b/src/vamsas/objects/simple/WsJobId_Helper.java
@@ -1,5 +1,5 @@
  /*
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
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diff --git a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml

index 0122099..2e782d0 100644 (file)
--- a/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
+++ b/utils/InstallAnywhere/jalview_buildinstaller.xml
@@ -1,6 +1,6 @@
  <?xml version="1.0"?>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
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index d45925e..179e7b4 100755 (executable)
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index 5aac458..47076cd 100755 (executable)
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diff --git a/utils/jalopy/docs/usage.html b/utils/jalopy/docs/usage.html

index 75fe0f4..3b08f0e 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/usage.html
+++ b/utils/jalopy/docs/usage.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  
  <!--
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diff --git a/utils/jalopy/docs/whitespace.html b/utils/jalopy/docs/whitespace.html

index 86081a9..e839977 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/whitespace.html
+++ b/utils/jalopy/docs/whitespace.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  
  <!--
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diff --git a/utils/jalopy/docs/wrapping.html b/utils/jalopy/docs/wrapping.html

index 824116f..e625ecb 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/docs/wrapping.html
+++ b/utils/jalopy/docs/wrapping.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  
  <!--
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diff --git a/utils/jalopy/readme.html b/utils/jalopy/readme.html

index 1262ed1..0e24ff8 100755 (executable)
--- a/utils/jalopy/readme.html
+++ b/utils/jalopy/readme.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html><head>
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author	jprocter <Jim Procter>
	Fri, 12 Nov 2010 16:33:10 +0000 (16:33 +0000)
committer	jprocter <Jim Procter>
	Fri, 12 Nov 2010 16:33:10 +0000 (16:33 +0000)