JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project
authorJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Wed, 22 Feb 2023 22:14:15 +0000 (22:14 +0000)
committerJames Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Wed, 22 Feb 2023 22:14:15 +0000 (22:14 +0000)
71 files changed:
schemas/jalview.xsd
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java
src/jalview/xml/binding/embl/EntrySetType.java
src/jalview/xml/binding/embl/EntryType.java
src/jalview/xml/binding/embl/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/embl/ROOT.java
src/jalview/xml/binding/embl/XrefType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationColourScheme.java
src/jalview/xml/binding/jalview/AnnotationElement.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleMatrix.java
src/jalview/xml/binding/jalview/DoubleVector.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcher.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FeatureMatcherSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/FilterBy.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModel.java
src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewUserColours.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MapListType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java
src/jalview/xml/binding/jalview/NoValueColour.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/jalview/PcaDataType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Pdbentry.java
src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/ThresholdType.java
src/jalview/xml/binding/jalview/VAMSAS.java
src/jalview/xml/binding/jalview/WebServiceParameterSet.java
src/jalview/xml/binding/jalview/package-info.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/CitationType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/CofactorType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/CommentType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ConsortiumType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/DbReferenceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/Entry.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/EventType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/EvidenceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/EvidencedStringType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/FeatureType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneLocationType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneNameType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ImportedFromType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/InteractantType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/IsoformType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/KeywordType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/LocationType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/MoleculeType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/NameListType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ObjectFactory.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/OrganismNameType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/OrganismType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/PersonType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/PhysiologicalReactionType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/PositionType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/PropertyType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ProteinExistenceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ProteinType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ReactionType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/ReferenceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/SequenceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/SourceDataType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/SourceType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/StatusType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/SubcellularLocationType.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/Uniprot.java
src/jalview/xml/binding/uniprot/package-info.java

index e7cb580..7a18d59 100755 (executable)
                                                        use="optional" default="true" />
                                                <xs:attribute name="startRes" type="xs:int" />
                                                <xs:attribute name="startSeq" type="xs:int" />
+                                               <xs:attribute name="charWidth" type="xs:int" />
+                                               <xs:attribute name="charHeight" type="xs:int" />
                                                <xs:attribute name="fontName" type="xs:string" />
                                                <xs:attribute name="fontSize" type="xs:int" />
                                                <xs:attribute name="fontStyle" type="xs:int" />
index fea74db..90f627e 100644 (file)
@@ -340,7 +340,7 @@ public class AlignViewport extends AlignmentViewport
     viewStyle.setFontName(font.getName());
     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
-
+    
     validCharWidth = true;
   }
 
index 2b1b687..8142435 100644 (file)
@@ -1555,6 +1555,8 @@ public class Jalview2XML
 
       view.setConservationSelected(av.getConservationSelected());
       view.setPidSelected(av.getAbovePIDThreshold());
+      view.setCharHeight(av.getCharHeight());
+      view.setCharWidth(av.getCharWidth());
       final Font font = av.getFont();
       view.setFontName(font.getName());
       view.setFontSize(font.getSize());
@@ -4880,6 +4882,11 @@ public class Jalview2XML
     viewport.setIncrement(safeInt(view.getConsThreshold()));
     viewport.setShowJVSuffix(safeBoolean(view.isShowFullId()));
     viewport.setRightAlignIds(safeBoolean(view.isRightAlignIds()));
+    if (view.getCharWidth()!=null)
+    {
+      viewport.setCharWidth(view.getCharWidth());
+      viewport.setCharHeight(view.getCharHeight());
+    }
     viewport.setFont(new Font(view.getFontName(),
             safeInt(view.getFontStyle()), safeInt(view.getFontSize())),
             true);
index 492bfab..d72dd8d 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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+// Generated on: 2023.02.22 at 10:08:57 PM GMT 
 //
 
 
index 5faed76..f744eb5 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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index 5d805e2..4a5bf19 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index a4a56ac..6d98c82 100644 (file)
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index 40fdc11..4d34ce2 100644 (file)
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index c4cc54a..5c34abf 100644 (file)
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 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
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 //
 
 
index d1491a0..41771fd 100644 (file)
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 //
 
 
index 5368a64..94c26e0 100644 (file)
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 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 //
 
 
index 7a2a052..ea26bed 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.02.22 at 05:27:55 PM GMT 
+// Generated on: 2023.02.22 at 10:08:57 PM GMT 
 //
 
 
index 57a5796..e13905d 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.02.22 at 05:27:55 PM GMT 
+// Generated on: 2023.02.22 at 10:08:57 PM GMT 
 //
 
 
index 518d8ff..cbe06b4 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a> 
 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
-// Generated on: 2023.02.22 at 05:27:55 PM GMT 
+// Generated on: 2023.02.22 at 10:08:57 PM GMT 
 //
 
 
@@ -210,6 +210,8 @@ import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  *                   &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  *                   &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *                   &lt;attribute name="charWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+ *                   &lt;attribute name="charHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -308,8 +310,8 @@ import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  *                     &lt;/element>
  *                     &lt;element name="pcaData" type="{www.jalview.org}PcaDataType"/>
  *                   &lt;/sequence>
- *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
+ *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
  *                   &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *                   &lt;attribute name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  *                   &lt;attribute name="xDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -3122,8 +3124,8 @@ public class JalviewModel {
      *         &lt;/element>
      *         &lt;element name="pcaData" type="{www.jalview.org}PcaDataType"/>
      *       &lt;/sequence>
-     *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
+     *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
      *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
      *       &lt;attribute name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
      *       &lt;attribute name="xDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -3178,14 +3180,6 @@ public class JalviewModel {
         protected Boolean showLabels;
         @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
         protected Boolean linkToAllViews;
-        @XmlAttribute(name = "includeGaps")
-        protected Boolean includeGaps;
-        @XmlAttribute(name = "matchGaps")
-        protected Boolean matchGaps;
-        @XmlAttribute(name = "includeGappedColumns")
-        protected Boolean includeGappedColumns;
-        @XmlAttribute(name = "denominateByShortestLength")
-        protected Boolean denominateByShortestLength;
         @XmlAttribute(name = "width")
         protected Integer width;
         @XmlAttribute(name = "height")
@@ -3194,6 +3188,14 @@ public class JalviewModel {
         protected Integer xpos;
         @XmlAttribute(name = "ypos")
         protected Integer ypos;
+        @XmlAttribute(name = "includeGaps")
+        protected Boolean includeGaps;
+        @XmlAttribute(name = "matchGaps")
+        protected Boolean matchGaps;
+        @XmlAttribute(name = "includeGappedColumns")
+        protected Boolean includeGappedColumns;
+        @XmlAttribute(name = "denominateByShortestLength")
+        protected Boolean denominateByShortestLength;
 
         /**
          * Gets the value of the sequencePoint property.
@@ -3542,195 +3544,195 @@ public class JalviewModel {
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the includeGaps property.
+         * Gets the value of the width property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public Boolean isIncludeGaps() {
-            return includeGaps;
+        public Integer getWidth() {
+            return width;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the includeGaps property.
+         * Sets the value of the width property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public void setIncludeGaps(Boolean value) {
-            this.includeGaps = value;
+        public void setWidth(Integer value) {
+            this.width = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the matchGaps property.
+         * Gets the value of the height property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public Boolean isMatchGaps() {
-            return matchGaps;
+        public Integer getHeight() {
+            return height;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the matchGaps property.
+         * Sets the value of the height property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public void setMatchGaps(Boolean value) {
-            this.matchGaps = value;
+        public void setHeight(Integer value) {
+            this.height = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the includeGappedColumns property.
+         * Gets the value of the xpos property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public Boolean isIncludeGappedColumns() {
-            return includeGappedColumns;
+        public Integer getXpos() {
+            return xpos;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the includeGappedColumns property.
+         * Sets the value of the xpos property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public void setIncludeGappedColumns(Boolean value) {
-            this.includeGappedColumns = value;
+        public void setXpos(Integer value) {
+            this.xpos = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the denominateByShortestLength property.
+         * Gets the value of the ypos property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public Boolean isDenominateByShortestLength() {
-            return denominateByShortestLength;
+        public Integer getYpos() {
+            return ypos;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the denominateByShortestLength property.
+         * Sets the value of the ypos property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Boolean }
+         *     {@link Integer }
          *     
          */
-        public void setDenominateByShortestLength(Boolean value) {
-            this.denominateByShortestLength = value;
+        public void setYpos(Integer value) {
+            this.ypos = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the width property.
+         * Gets the value of the includeGaps property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public Integer getWidth() {
-            return width;
+        public Boolean isIncludeGaps() {
+            return includeGaps;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the width property.
+         * Sets the value of the includeGaps property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public void setWidth(Integer value) {
-            this.width = value;
+        public void setIncludeGaps(Boolean value) {
+            this.includeGaps = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the height property.
+         * Gets the value of the matchGaps property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public Integer getHeight() {
-            return height;
+        public Boolean isMatchGaps() {
+            return matchGaps;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the height property.
+         * Sets the value of the matchGaps property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public void setHeight(Integer value) {
-            this.height = value;
+        public void setMatchGaps(Boolean value) {
+            this.matchGaps = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the xpos property.
+         * Gets the value of the includeGappedColumns property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public Integer getXpos() {
-            return xpos;
+        public Boolean isIncludeGappedColumns() {
+            return includeGappedColumns;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the xpos property.
+         * Sets the value of the includeGappedColumns property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public void setXpos(Integer value) {
-            this.xpos = value;
+        public void setIncludeGappedColumns(Boolean value) {
+            this.includeGappedColumns = value;
         }
 
         /**
-         * Gets the value of the ypos property.
+         * Gets the value of the denominateByShortestLength property.
          * 
          * @return
          *     possible object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public Integer getYpos() {
-            return ypos;
+        public Boolean isDenominateByShortestLength() {
+            return denominateByShortestLength;
         }
 
         /**
-         * Sets the value of the ypos property.
+         * Sets the value of the denominateByShortestLength property.
          * 
          * @param value
          *     allowed object is
-         *     {@link Integer }
+         *     {@link Boolean }
          *     
          */
-        public void setYpos(Integer value) {
-            this.ypos = value;
+        public void setDenominateByShortestLength(Boolean value) {
+            this.denominateByShortestLength = value;
         }
 
 
@@ -4826,6 +4828,8 @@ public class JalviewModel {
      *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
      *       &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
      *       &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+     *       &lt;attribute name="charWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
+     *       &lt;attribute name="charHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
      *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
      *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
      *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
@@ -4922,6 +4926,10 @@ public class JalviewModel {
         protected Integer startRes;
         @XmlAttribute(name = "startSeq")
         protected Integer startSeq;
+        @XmlAttribute(name = "charWidth")
+        protected Integer charWidth;
+        @XmlAttribute(name = "charHeight")
+        protected Integer charHeight;
         @XmlAttribute(name = "fontName")
         protected String fontName;
         @XmlAttribute(name = "fontSize")
@@ -5805,6 +5813,54 @@ public class JalviewModel {
         }
 
         /**
+         * Gets the value of the charWidth property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link Integer }
+         *     
+         */
+        public Integer getCharWidth() {
+            return charWidth;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the charWidth property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link Integer }
+         *     
+         */
+        public void setCharWidth(Integer value) {
+            this.charWidth = value;
+        }
+
+        /**
+         * Gets the value of the charHeight property.
+         * 
+         * @return
+         *     possible object is
+         *     {@link Integer }
+         *     
+         */
+        public Integer getCharHeight() {
+            return charHeight;
+        }
+
+        /**
+         * Sets the value of the charHeight property.
+         * 
+         * @param value
+         *     allowed object is
+         *     {@link Integer }
+         *     
+         */
+        public void setCharHeight(Integer value) {
+            this.charHeight = value;
+        }
+
+        /**
          * Gets the value of the fontName property.
          * 
          * @return
index a1994be..f383f52 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index e6f0b6f..752b37d 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 3b8ba23..b1dbda2 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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index 54c1d75..dd1357d 100644 (file)
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index 367ed50..ea5428a 100644 (file)
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index a98326a..a510399 100644 (file)
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index 3e686fb..8c3a499 100644 (file)
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index 59c7d39..09fdcb5 100644 (file)
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index 075d82b..f50e4cb 100644 (file)
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index bc9649b..0a360ed 100644 (file)
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index 3d8b492..f717f2e 100644 (file)
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index b12aa27..0983075 100644 (file)
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index 64b7c35..9baa3bc 100644 (file)
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 @javax.xml.bind.annotation.XmlSchema(namespace = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2", elementFormDefault = javax.xml.bind.annotation.XmlNsForm.QUALIFIED)
index c4a231a..a7381a1 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
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 //
 
 
index 0a99cff..693e586 100644 (file)
@@ -2,7 +2,7 @@
 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802 
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 //
 
 
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