src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java

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   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  32  *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  33  *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
  35  *           &lt;complexType>
  36  *             &lt;complexContent>
  37  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  38  *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  40  *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/complexContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *         &lt;element name="contactmatrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  46  *         &lt;element name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  47  *           &lt;complexType>
  48  *             &lt;complexContent>
  49  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  50  *                 &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  51  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  52  *               &lt;/restriction>
  53  *             &lt;/complexContent>
  54  *           &lt;/complexType>
  55  *         &lt;/element>
  56  *       &lt;/sequence>
  57  *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  58  *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  59  *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  60  *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  61  *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  62  *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  63  *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  64  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  65  *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  66  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  67  *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  68  *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  69  *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  70  *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  71  *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  72  *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  73  *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  74  *     &lt;/restriction>
  75  *   &lt;/complexContent>
  76  * &lt;/complexType>
  77  * </pre>
  78  *
  79  *
  80  */
  81 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  82 @XmlType(name = "", propOrder = {
  83     "annotationElement",
  84     "label",
  85     "description",
  86     "thresholdLine",
  87     "contactmatrix",
  88     "property"
  89 })
  90 @XmlRootElement(name = "Annotation")
  91 public class Annotation {
  92
  93     protected List<AnnotationElement> annotationElement;
  94     @XmlElement(required = true)
  95     protected String label;
  96     protected String description;
  97     protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
  98     protected List<MatrixType> contactmatrix;
  99     protected List<Annotation.Property> property;
 100     @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
 101     protected boolean graph;
 102     @XmlAttribute(name = "graphType")
 103     protected Integer graphType;
 104     @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
 105     protected String sequenceRef;
 106     @XmlAttribute(name = "groupRef")
 107     protected String groupRef;
 108     @XmlAttribute(name = "graphColour")
 109     protected Integer graphColour;
 110     @XmlAttribute(name = "graphGroup")
 111     protected Integer graphGroup;
 112     @XmlAttribute(name = "graphHeight")
 113     protected Integer graphHeight;
 114     @XmlAttribute(name = "id")
 115     protected String id;
 116     @XmlAttribute(name = "scoreOnly")
 117     protected Boolean scoreOnly;
 118     @XmlAttribute(name = "score")
 119     protected Double score;
 120     @XmlAttribute(name = "visible")
 121     protected Boolean visible;
 122     @XmlAttribute(name = "centreColLabels")
 123     protected Boolean centreColLabels;
 124     @XmlAttribute(name = "scaleColLabels")
 125     protected Boolean scaleColLabels;
 126     @XmlAttribute(name = "showAllColLabels")
 127     protected Boolean showAllColLabels;
 128     @XmlAttribute(name = "autoCalculated")
 129     protected Boolean autoCalculated;
 130     @XmlAttribute(name = "belowAlignment")
 131     protected Boolean belowAlignment;
 132     @XmlAttribute(name = "calcId")
 133     protected String calcId;
 134
 135     /**
 136      * Gets the value of the annotationElement property.
 137      *
 138      * <p>
 139      * This accessor method returns a reference to the live list,
 140      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 141      * returned list will be present inside the JAXB object.
 142      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotationElement property.
 143      *
 144      * <p>
 145      * For example, to add a new item, do as follows:
 146      * <pre>
 147      *    getAnnotationElement().add(newItem);
 148      * </pre>
 149      *
 150      *
 151      * <p>
 152      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 153      * {@link AnnotationElement }
 154      *
 155      *
 156      */
 157     public List<AnnotationElement> getAnnotationElement() {
 158         if (annotationElement == null) {
 159             annotationElement = new ArrayList<AnnotationElement>();
 160         }
 161         return this.annotationElement;
 162     }
 163
 164     /**
 165      * Gets the value of the label property.
 166      *
 167      * @return
 168      *     possible object is
 169      *     {@link String }
 170      *
 171      */
 172     public String getLabel() {
 173         return label;
 174     }
 175
 176     /**
 177      * Sets the value of the label property.
 178      *
 179      * @param value
 180      *     allowed object is
 181      *     {@link String }
 182      *
 183      */
 184     public void setLabel(String value) {
 185         this.label = value;
 186     }
 187
 188     /**
 189      * Gets the value of the description property.
 190      *
 191      * @return
 192      *     possible object is
 193      *     {@link String }
 194      *
 195      */
 196     public String getDescription() {
 197         return description;
 198     }
 199
 200     /**
 201      * Sets the value of the description property.
 202      *
 203      * @param value
 204      *     allowed object is
 205      *     {@link String }
 206      *
 207      */
 208     public void setDescription(String value) {
 209         this.description = value;
 210     }
 211
 212     /**
 213      * Gets the value of the thresholdLine property.
 214      *
 215      * @return
 216      *     possible object is
 217      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
 218      *
 219      */
 220     public Annotation.ThresholdLine getThresholdLine() {
 221         return thresholdLine;
 222     }
 223
 224     /**
 225      * Sets the value of the thresholdLine property.
 226      *
 227      * @param value
 228      *     allowed object is
 229      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
 230      *
 231      */
 232     public void setThresholdLine(Annotation.ThresholdLine value) {
 233         this.thresholdLine = value;
 234     }
 235
 236     /**
 237      * Gets the value of the contactmatrix property.
 238      *
 239      * <p>
 240      * This accessor method returns a reference to the live list,
 241      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 242      * returned list will be present inside the JAXB object.
 243      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the contactmatrix property.
 244      *
 245      * <p>
 246      * For example, to add a new item, do as follows:
 247      * <pre>
 248      *    getContactmatrix().add(newItem);
 249      * </pre>
 250      *
 251      *
 252      * <p>
 253      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 254      * {@link MatrixType }
 255      *
 256      *
 257      */
 258     public List<MatrixType> getContactmatrix() {
 259         if (contactmatrix == null) {
 260             contactmatrix = new ArrayList<MatrixType>();
 261         }
 262         return this.contactmatrix;
 263     }
 264
 265     /**
 266      * Gets the value of the property property.
 267      *
 268      * <p>
 269      * This accessor method returns a reference to the live list,
 270      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 271      * returned list will be present inside the JAXB object.
 272      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
 273      *
 274      * <p>
 275      * For example, to add a new item, do as follows:
 276      * <pre>
 277      *    getProperty().add(newItem);
 278      * </pre>
 279      *
 280      *
 281      * <p>
 282      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 283      * {@link Annotation.Property }
 284      *
 285      *
 286      */
 287     public List<Annotation.Property> getProperty() {
 288         if (property == null) {
 289             property = new ArrayList<Annotation.Property>();
 290         }
 291         return this.property;
 292     }
 293
 294     /**
 295      * Gets the value of the graph property.
 296      *
 297      */
 298     public boolean isGraph() {
 299         return graph;
 300     }
 301
 302     /**
 303      * Sets the value of the graph property.
 304      *
 305      */
 306     public void setGraph(boolean value) {
 307         this.graph = value;
 308     }
 309
 310     /**
 311      * Gets the value of the graphType property.
 312      *
 313      * @return
 314      *     possible object is
 315      *     {@link Integer }
 316      *
 317      */
 318     public Integer getGraphType() {
 319         return graphType;
 320     }
 321
 322     /**
 323      * Sets the value of the graphType property.
 324      *
 325      * @param value
 326      *     allowed object is
 327      *     {@link Integer }
 328      *
 329      */
 330     public void setGraphType(Integer value) {
 331         this.graphType = value;
 332     }
 333
 334     /**
 335      * Gets the value of the sequenceRef property.
 336      *
 337      * @return
 338      *     possible object is
 339      *     {@link String }
 340      *
 341      */
 342     public String getSequenceRef() {
 343         return sequenceRef;
 344     }
 345
 346     /**
 347      * Sets the value of the sequenceRef property.
 348      *
 349      * @param value
 350      *     allowed object is
 351      *     {@link String }
 352      *
 353      */
 354     public void setSequenceRef(String value) {
 355         this.sequenceRef = value;
 356     }
 357
 358     /**
 359      * Gets the value of the groupRef property.
 360      *
 361      * @return
 362      *     possible object is
 363      *     {@link String }
 364      *
 365      */
 366     public String getGroupRef() {
 367         return groupRef;
 368     }
 369
 370     /**
 371      * Sets the value of the groupRef property.
 372      *
 373      * @param value
 374      *     allowed object is
 375      *     {@link String }
 376      *
 377      */
 378     public void setGroupRef(String value) {
 379         this.groupRef = value;
 380     }
 381
 382     /**
 383      * Gets the value of the graphColour property.
 384      *
 385      * @return
 386      *     possible object is
 387      *     {@link Integer }
 388      *
 389      */
 390     public Integer getGraphColour() {
 391         return graphColour;
 392     }
 393
 394     /**
 395      * Sets the value of the graphColour property.
 396      *
 397      * @param value
 398      *     allowed object is
 399      *     {@link Integer }
 400      *
 401      */
 402     public void setGraphColour(Integer value) {
 403         this.graphColour = value;
 404     }
 405
 406     /**
 407      * Gets the value of the graphGroup property.
 408      *
 409      * @return
 410      *     possible object is
 411      *     {@link Integer }
 412      *
 413      */
 414     public Integer getGraphGroup() {
 415         return graphGroup;
 416     }
 417
 418     /**
 419      * Sets the value of the graphGroup property.
 420      *
 421      * @param value
 422      *     allowed object is
 423      *     {@link Integer }
 424      *
 425      */
 426     public void setGraphGroup(Integer value) {
 427         this.graphGroup = value;
 428     }
 429
 430     /**
 431      * Gets the value of the graphHeight property.
 432      *
 433      * @return
 434      *     possible object is
 435      *     {@link Integer }
 436      *
 437      */
 438     public Integer getGraphHeight() {
 439         return graphHeight;
 440     }
 441
 442     /**
 443      * Sets the value of the graphHeight property.
 444      *
 445      * @param value
 446      *     allowed object is
 447      *     {@link Integer }
 448      *
 449      */
 450     public void setGraphHeight(Integer value) {
 451         this.graphHeight = value;
 452     }
 453
 454     /**
 455      * Gets the value of the id property.
 456      *
 457      * @return
 458      *     possible object is
 459      *     {@link String }
 460      *
 461      */
 462     public String getId() {
 463         return id;
 464     }
 465
 466     /**
 467      * Sets the value of the id property.
 468      *
 469      * @param value
 470      *     allowed object is
 471      *     {@link String }
 472      *
 473      */
 474     public void setId(String value) {
 475         this.id = value;
 476     }
 477
 478     /**
 479      * Gets the value of the scoreOnly property.
 480      *
 481      * @return
 482      *     possible object is
 483      *     {@link Boolean }
 484      *
 485      */
 486     public boolean isScoreOnly() {
 487         if (scoreOnly == null) {
 488             return false;
 489         } else {
 490             return scoreOnly;
 491         }
 492     }
 493
 494     /**
 495      * Sets the value of the scoreOnly property.
 496      *
 497      * @param value
 498      *     allowed object is
 499      *     {@link Boolean }
 500      *
 501      */
 502     public void setScoreOnly(Boolean value) {
 503         this.scoreOnly = value;
 504     }
 505
 506     /**
 507      * Gets the value of the score property.
 508      *
 509      * @return
 510      *     possible object is
 511      *     {@link Double }
 512      *
 513      */
 514     public Double getScore() {
 515         return score;
 516     }
 517
 518     /**
 519      * Sets the value of the score property.
 520      *
 521      * @param value
 522      *     allowed object is
 523      *     {@link Double }
 524      *
 525      */
 526     public void setScore(Double value) {
 527         this.score = value;
 528     }
 529
 530     /**
 531      * Gets the value of the visible property.
 532      *
 533      * @return
 534      *     possible object is
 535      *     {@link Boolean }
 536      *
 537      */
 538     public Boolean isVisible() {
 539         return visible;
 540     }
 541
 542     /**
 543      * Sets the value of the visible property.
 544      *
 545      * @param value
 546      *     allowed object is
 547      *     {@link Boolean }
 548      *
 549      */
 550     public void setVisible(Boolean value) {
 551         this.visible = value;
 552     }
 553
 554     /**
 555      * Gets the value of the centreColLabels property.
 556      *
 557      * @return
 558      *     possible object is
 559      *     {@link Boolean }
 560      *
 561      */
 562     public Boolean isCentreColLabels() {
 563         return centreColLabels;
 564     }
 565
 566     /**
 567      * Sets the value of the centreColLabels property.
 568      *
 569      * @param value
 570      *     allowed object is
 571      *     {@link Boolean }
 572      *
 573      */
 574     public void setCentreColLabels(Boolean value) {
 575         this.centreColLabels = value;
 576     }
 577
 578     /**
 579      * Gets the value of the scaleColLabels property.
 580      *
 581      * @return
 582      *     possible object is
 583      *     {@link Boolean }
 584      *
 585      */
 586     public Boolean isScaleColLabels() {
 587         return scaleColLabels;
 588     }
 589
 590     /**
 591      * Sets the value of the scaleColLabels property.
 592      *
 593      * @param value
 594      *     allowed object is
 595      *     {@link Boolean }
 596      *
 597      */
 598     public void setScaleColLabels(Boolean value) {
 599         this.scaleColLabels = value;
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Gets the value of the showAllColLabels property.
 604      *
 605      * @return
 606      *     possible object is
 607      *     {@link Boolean }
 608      *
 609      */
 610     public Boolean isShowAllColLabels() {
 611         return showAllColLabels;
 612     }
 613
 614     /**
 615      * Sets the value of the showAllColLabels property.
 616      *
 617      * @param value
 618      *     allowed object is
 619      *     {@link Boolean }
 620      *
 621      */
 622     public void setShowAllColLabels(Boolean value) {
 623         this.showAllColLabels = value;
 624     }
 625
 626     /**
 627      * Gets the value of the autoCalculated property.
 628      *
 629      * @return
 630      *     possible object is
 631      *     {@link Boolean }
 632      *
 633      */
 634     public boolean isAutoCalculated() {
 635         if (autoCalculated == null) {
 636             return false;
 637         } else {
 638             return autoCalculated;
 639         }
 640     }
 641
 642     /**
 643      * Sets the value of the autoCalculated property.
 644      *
 645      * @param value
 646      *     allowed object is
 647      *     {@link Boolean }
 648      *
 649      */
 650     public void setAutoCalculated(Boolean value) {
 651         this.autoCalculated = value;
 652     }
 653
 654     /**
 655      * Gets the value of the belowAlignment property.
 656      *
 657      * @return
 658      *     possible object is
 659      *     {@link Boolean }
 660      *
 661      */
 662     public boolean isBelowAlignment() {
 663         if (belowAlignment == null) {
 664             return true;
 665         } else {
 666             return belowAlignment;
 667         }
 668     }
 669
 670     /**
 671      * Sets the value of the belowAlignment property.
 672      *
 673      * @param value
 674      *     allowed object is
 675      *     {@link Boolean }
 676      *
 677      */
 678     public void setBelowAlignment(Boolean value) {
 679         this.belowAlignment = value;
 680     }
 681
 682     /**
 683      * Gets the value of the calcId property.
 684      *
 685      * @return
 686      *     possible object is
 687      *     {@link String }
 688      *
 689      */
 690     public String getCalcId() {
 691         return calcId;
 692     }
 693
 694     /**
 695      * Sets the value of the calcId property.
 696      *
 697      * @param value
 698      *     allowed object is
 699      *     {@link String }
 700      *
 701      */
 702     public void setCalcId(String value) {
 703         this.calcId = value;
 704     }
 705
 706
 707     /**
 708      * <p>Java class for anonymous complex type.
 709      *
 710      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 711      *
 712      * <pre>
 713      * &lt;complexType>
 714      *   &lt;complexContent>
 715      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 716      *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 717      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 718      *     &lt;/restriction>
 719      *   &lt;/complexContent>
 720      * &lt;/complexType>
 721      * </pre>
 722      *
 723      *
 724      */
 725     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 726     @XmlType(name = "")
 727     public static class Property {
 728
 729         @XmlAttribute(name = "name")
 730         protected String name;
 731         @XmlAttribute(name = "value")
 732         protected String value;
 733
 734         /**
 735          * Gets the value of the name property.
 736          *
 737          * @return
 738          *     possible object is
 739          *     {@link String }
 740          *
 741          */
 742         public String getName() {
 743             return name;
 744         }
 745
 746         /**
 747          * Sets the value of the name property.
 748          *
 749          * @param value
 750          *     allowed object is
 751          *     {@link String }
 752          *
 753          */
 754         public void setName(String value) {
 755             this.name = value;
 756         }
 757
 758         /**
 759          * Gets the value of the value property.
 760          *
 761          * @return
 762          *     possible object is
 763          *     {@link String }
 764          *
 765          */
 766         public String getValue() {
 767             return value;
 768         }
 769
 770         /**
 771          * Sets the value of the value property.
 772          *
 773          * @param value
 774          *     allowed object is
 775          *     {@link String }
 776          *
 777          */
 778         public void setValue(String value) {
 779             this.value = value;
 780         }
 781
 782     }
 783
 784
 785     /**
 786      * <p>Java class for anonymous complex type.
 787      *
 788      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 789      *
 790      * <pre>
 791      * &lt;complexType>
 792      *   &lt;complexContent>
 793      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 794      *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 795      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 796      *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 797      *     &lt;/restriction>
 798      *   &lt;/complexContent>
 799      * &lt;/complexType>
 800      * </pre>
 801      *
 802      *
 803      */
 804     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 805     @XmlType(name = "")
 806     public static class ThresholdLine {
 807
 808         @XmlAttribute(name = "label")
 809         protected String label;
 810         @XmlAttribute(name = "value")
 811         protected Float value;
 812         @XmlAttribute(name = "colour")
 813         protected Integer colour;
 814
 815         /**
 816          * Gets the value of the label property.
 817          *
 818          * @return
 819          *     possible object is
 820          *     {@link String }
 821          *
 822          */
 823         public String getLabel() {
 824             return label;
 825         }
 826
 827         /**
 828          * Sets the value of the label property.
 829          *
 830          * @param value
 831          *     allowed object is
 832          *     {@link String }
 833          *
 834          */
 835         public void setLabel(String value) {
 836             this.label = value;
 837         }
 838
 839         /**
 840          * Gets the value of the value property.
 841          *
 842          * @return
 843          *     possible object is
 844          *     {@link Float }
 845          *
 846          */
 847         public Float getValue() {
 848             return value;
 849         }
 850
 851         /**
 852          * Sets the value of the value property.
 853          *
 854          * @param value
 855          *     allowed object is
 856          *     {@link Float }
 857          *
 858          */
 859         public void setValue(Float value) {
 860             this.value = value;
 861         }
 862
 863         /**
 864          * Gets the value of the colour property.
 865          *
 866          * @return
 867          *     possible object is
 868          *     {@link Integer }
 869          *
 870          */
 871         public Integer getColour() {
 872             return colour;
 873         }
 874
 875         /**
 876          * Sets the value of the colour property.
 877          *
 878          * @param value
 879          *     allowed object is
 880          *     {@link Integer }
 881          *
 882          */
 883         public void setColour(Integer value) {
 884             this.colour = value;
 885         }
 886
 887     }
 888
 889 }