Revert "JAL-2245 Castor mapping and code changes for change to ENA XML format"

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Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2189 release notes/whats new

JAL-2189 JAL-2152 Chimera 1.11.1 minimum version requirement

JAL-1191 revert to using SequenceOntologyLite due to downstream
dependencies

JAL-1191 configure full SO for desktop, SOLite for applet (without
breaking the build)

JAL-2245 defence against NullPointer if no EMBL data unmarshalled

JAL-1191 use full SO in desktop application

JAL-2105 update Ensembl REST version to 4.7

JAL-1191 refined warning message

JAL-1191 added mRNA isA transcript to SequenceOntologyLite (because
Ensembl now returning coding features as mRNA not transcript!)

Merge branch 'bug/JAL-2245enaXmlChange' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2210_hack_for_Release_2_10' into develop

JAL-2245 Castor mapping and code changes for change to ENA XML format

JAL-2232 some fix / partial fix of failing tests

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-2189 release notes

JAL-2232 added test that failed before last fix, passes after it

JAL-2232 JAL-2154 update dbrefs to newly created dataset sequence

JAL-2189 link to feature sorting documentation

JAL-2189 JAL-2005 mention alignment order preservation when equivalent sequences are sorted.

JAL-2189 release notes

JAL-2005 JAL-599 test alignment and features for checking feature sort behaviour

JAL-2110 javadoc formatting only

JAL-2110 JAL-1705 handle not found (400) better

JAL-2110 additional tests for setDatasetSequence, javadoc for isProtein

JAL-2189 update RELEASE file

JAL-2189 more release notes

JAL-2189 ensembl sequence fetching, locus view and variant annotation transfer docs

JAL-2189 release notes

JAL-2210 use addDBRef to ensure normalisation (just in case the uniprot record is not normalised!)

JAL-2210 need to add both transcript and product, and Ensembl needs to be marked as a primary ref on protein, otherwise the ensembl peptide ids on uniprot don’t match up with the ones retrieved from ensembl

JAL-2210 JAL-2232 remove version number from ENACDS excession

JAL-2210 hack to remove EMBL from Protein crossrefs, and ENSEMBL from CDS crossers.

JAL-2210 explicit ‘doNotAdd’ list to prevent sequences retrieved from being added whose references have already been remapped to local dataset sequences

JAL-2210 first pass at attempting to fix CrossRef tests due to removal of sequence ID matcher based fallback for discovering crossrefs.

JAL-2210 remove ENSEMBL from protein DB list:
1. prevents transcript identifiers being promoted to primary refs on uniprot sequences.
2. obviates the need to add peptide product id to the uniprot sequence.

JAL-2210 two pass attempt to import retrieved sequences. First pass relies on matching DBRefEntry pairs, but if no sequences were added, link sequences and matching xrefs via accessions in sequence names and try import again.

JAL-2210 try to merge all sequences referenced by a sequence with a matching xref with ones already in dataset (rather than just ones matching the source sequence) before adding the xrefed sequence to the returned sequence set.

JAL-2210 comments

JAL-2210 discover candidate dataset sequences for an xref based on primaryDBRefs first, and only fall back to sequence name match if none are found

JAL-2079 pass server name when reporting FTS ‘warning/error’ messages

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2210_ensembl_uniprot_primaryrefs_alternate

JAL-2210 factored out code for processing cross-referenced sequences retrieved via a dbref on source sequence

JAL-2210 refactor code to remove from a list of dbrefs those which match primary dbrefs for sequences in the dataset

JAL-2210 some DBRef xref/ref correspondences may add sequence but have no mapping (e.g. ENSG->Uniprot), so always check if mappings have been added even if xref’ed sequence has already been added to set to be shown to user.

JAL-2210 CrossRef.findInDataset should search for presence of SequenceI in dataset before anything more fancy or fuzzy.

JAL-2210 add uniprot+mapping between ENST and ENSP seqs

JAL-2238 release notes

JAL-2236 release notes and additional docs

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2236 code restored (and some compiler warnings addressed)

Merge branch 'develop' into features/JAL-1856dbRefFetcherMessages

JAL-2234 FER1_ARATH renamed FER2_ARATH and vice versa

JAL-2236 fixes for desktop and applet implementation of 'append seqname'

JAL-1856 better warning messages for sequence matching in DBRefFetcher

JAL-2213 code warnings addressed (typed collections, string / magic
number constants)

JAL-2213 removed PDB from db sources list; also code tidy (typed
collections,

JAL-2213 made RESNUM constant private (not used elsewhere) to reduce
confusion

JAL-2213 corrected wait for files to load in Jmol; extract method
refactoring of run()

JAL-2237 apply default filter as sort in initial search

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2089 fix broken help link

Merge branch 'patch/JAL-2236_filtercolumns_seqassoc' into develop

JAL-2236 include associated sequence id for annotation’s label in filter/select combobox

Merge branch 'patch/JAL-2238_tcoffee_subgroups' into develop

JAL-2236 fix: bail if no context available for subgroup

JAL-2047 allow title to be shrunk; spelling fix

JAL-1544 typo

JAL-1903 increase REST reply timeout from 5 to 15 seconds

JAL-2210 patch network test for additional refs

JAL-2210 JAL-2235 fix deriveSequence test for tightened up setDBRefs and addDBRef behaviour (always add to dataset sequence if present)

JAL-1270 read test props before manipulating config for this test

JAL-2235 patch tests where self-reference was used for dataset sequence ref

JAL-2235 implicit test to check that exception is raised for non-dataset reference

JAL-2235 raise exceptions if self reference or reference to non-ds sequence is passed to setDatasetSequence

JAL-2210 patch for when no DBRefs on sequence

JAL-2210 instrument setDBRefs to call ensurePrimaries
JAL-2210 defer setDBRefs to datasetSequence if available

JAL-2210 JAL-2232 check response code before attempting to get the content to avoid IO error raised for HTTP 400

JAL-2232 extract EMBLCDS refs from EMBL refs on Uniprot XML.

JAL-2233 less verbose logging for Jmol

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2210_ensembl_uniprot_primaryrefs_alternate

JAL-2210 formatting

JAL-2210 report stack trace for unexpected exceptions

JAL-2210 promote direct dbrefs from verified sources to primary for a sequence

JAL-2210 resolve todo - addDBRef adds to dataset sequence. test needed

JAL-2231 save preferred scroll height _without_ progress bar message

JAL-2230 JAL-2049 added sequence feature transfer to
testMakeCdsAlignment

JAL-2230 use correct mapping to transfer features to CDS!

JAL-2148 release notes

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1919 whats new link

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 JAL-1919 fixed failed revert commit

JAL-1957 JAL-1479 tweak SIFTS mappings documentation, add to what’s new section

JAL-1957 JAL-1479 mention SIFTS mappings in PDB Structure viewing instructions

JAL-1957 release notes

JAL-1962 release notes

JAL-2214 fix docs (consistent and correct base pair terminology) and link to ‘sequence logo’ docs for strucConsensus logo


Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch