Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 fixing test EBIAlphaFoldTest.checkImportPAEToStructure(). not fixed yet

JAL-629 added data for test

Merge branch 'features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups' into develop
major improvements: JAL-4134 column tree is only computed when requested. group colours on PAE matrix row can be hidden.
JAL-1556 new popup menu options to select/colour by annotation row.
JAL-4089 selected columns used to (re)compute superposition
JAL-4190 escape in tree panel clears active selection
JAL-4182 patch fixes copy of annotation for sub-sequence
JAL-4177 patch fixes add view/new view not being disabled when loading structures from local file via structure chooser
JAL-4123 outstanding work to make 'default' do the right thing when a model is imported manually and a PAE is also provided.

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-4134 properly resolve positions in associated aligned sequence for matrix group column-wise selection actions in tree and annotation panel

JAL-629 better reference text for --nousagestats

JAL-4134 repaint the tree or alignment view(s) when column selections change

JAL-4134 highlight selected column nodes on the linked alignment view using getMappedPositionsFor

JAL-629 JAL-4121 Added documentation to Help docs and Usage statement

JAL-4121 adjust test name

JAL-629 Better formatting of Arg.Opt options in usage statement

JAL-4121 slight refactoring of method name and added tests for headless assumptions/settings

JAL-4190 - escape clears selected nodes

JAL-4134 JAL-2349 test & fixed implementation(ish) for getMappedPositionsFor(seq,from,to)

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-4121 Added a NPE check caught in tests. Added --gui to relevant tests.

JAL-4121 Store Arg.Opts in bootstrapArgs. Change Opt.OUTPUT to Opt.OUTPUTFILE for clarity. isHeadless() method sets policy for headless mode including assumption of headless if there's an Opt.OUTPUTFILE Arg.

JAL-4125 Fixed non-closing external viewers, also added options for default behaviour for both normal quit and forced quit

JAL-4134 internationalise popup menu entries and show a ‘tree calculation in progress’ progress bar in align panel.

JAL-1556 fix bad import

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

 Conflicts:
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

JAL-1556 initial implementation - no tests as yet but ‘works’

JAL-629 dispose of non-displaying StructureChooser, removes zombie entry in Window menu

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3416_update_to_flatlaf_3.1.1_with_unpacked_native_libraries

JAL-3416 JAL-3820 FlatLaf default for everyone, including Windows. Add jalview_local.bat and .ps1 on Windows installation.

JAL-3416 better path name

JAL-4134 popup menu and annotation row property to control display of display of column group colouring on matrix

JAL-3820 JAL-3830 improvements to script launching. Icon on macOS. Fixed CLASSPATH.

JAL-2381 don’t need to set description, dbrefs etc for subsequence returned by getSubSequence(started)

JAL-2381 copy and paste sequence also copies contact matrix annotation

Merge branch 'bug/JAL-4186_space_in_sequence_name_causes_empty_modal' into develop

JAL-3820 Create and use 'Jalview app' symblinks to java executable. Fixes grouped naming in linux taskbar, possibly macOS dock, still to check.

JAL-3416 remove old flatlaf jars from j8lib

JAL-4186 fixed a test

JAL-4186 Turn JvOptionPane Callable<Void> handlers back into Runnable for jalviewjs (now working)

JAL-4186 attempts to work in jalviewjs, still not working

JAL-4186 fix dialog. broken in JalviewJS

JAL-3416 slightly improved colours for tabber pane tabs

JAL-3416 Updated flatlaf libraries.  Native libraries are extracted automatically by flatlaf apparently.

JAL-629 Updated help docs and fixed structure image subvalues

JAL-629 Added --structureimage code and formatting args/subvals.  Added tests for structure image.  Added docs for structure image.

JAL-629 --structureimage with formatting args.

JAL-4134 map between column and node selections better (but not quite right still.. tests needed!)

JAL-4134 efficiency improvement

JAL-629 javadoc on StructureSelectionManager.computeMapping

JAL-4134 only build tree when showing it in the tree viewer..

JAL-4134 catch NPE - though in principle this should never happen…

Merge branch 'JAL-1551_2_11_3_spotlett' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

Merge branch 'spotless_2' into JAL-1551_2_11_3_spotlett

JAL-1551 spotless

JAL-629 Clarify sections of arguments with --help-all (or multiple --help-...)

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 small adjustments after further testing in Windows

JAL-3416 Ensure setFrameIcon(null) is set for remaining JInternalFrames

JAL-3416 Removed another internal Frame icon from title bar

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 adjustments to Cygwin and WSL parts of bash launcher script and usage statement after testing

JAL-4160 JAL-3830 Improve jalview.bin.Launcher for launcher script launch with new ArgParser

JAL-4160 JAL-3830 Improve jalview.bin.Launcher for launcher script launch with new ArgParser

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

 Conflicts:
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java
src/jalview/datamodel/ContactMatrixI.java
src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java
src/jalview/datamodel/annotations/AnnotationRowBuilder.java
src/jalview/ext/jmol/JmolParser.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/TreeCanvas.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java
src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java
src/jalview/ws/datamodel/alphafold/PAEContactMatrix.java
src/jalview/ws/dbsources/EBIAlfaFold.java
src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java
test/jalview/analysis/AverageDistanceEngineTest.java
test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

JAL-4187 JAL-629 JAL-3830 Fix ArgParser to check for empty string argument.  Fixed jalview.bin.Jalview to not like one empty argument.  Fixed Powershell to not send a single empty argument

JAL-1551 spotlessApply

JAL-1551 spotlessApply

JAL-629 Fix missing icon for command line launch

JAL-629 Updated debian helpers for new command line

JAL-629 Updated launching scripts to 1) not insert '-open' arg and 2) tell Jalview the CONSOLEWIDTH.  NEEDS TESTING IN Cygwin, WSL, Powershell 5, Powershell 7

JAL-629 Added Arg.Types and additional --help-type args to be --help with a type.  Better formatting for console.

JAL-4134 support recovery of mapped positions for raw matrix column index in MappableContactMatrixI

JAL-4134 colour by annotation needs distinct annotation elements to hold colours

JAL-629 fixes to typed args

JAL-4134 column grouping model and methods moved to their own object held by by ContactMatrixI implementors

JAL-629 Added 'Type' to args and argvalues

JAL-629 fixes to help docs

JAL-4134 formatting

JAL-4134 properly specify BinaryNode as a typed generic container

JAL-629 Tidy up tests and replaced methods before merge to develop

JAL-629 Changed some old -arg to --arg in help docs, and some other mailing list->discussion forum changes

JAL-629 tidying the help docs

JAL-629 delete stray files

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-4184 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4184_description_stockholm' into develop

JAL-4184 export description line in stockholm

JAL-4184 failing test for description export and re-import from stockholm

JAL-629 Finished documentation for new command lines.

JAL-629 Ensure precedence of named linked ID values over wildcard linked ID set values.  Tidying up unused methods.

JAL-4089 - if no centerViewOn commands are given, don’t try to execute!

JAL-629 More help text

JAL-4182 patch - map selection group onto sequence positions - fixes failing test..

Revert "JAL-629 Add a --threads argument to allow a limited multiple number of alignframes to be processed at once."

Threaded processing is failing tests.  Have put this on a separate branch features/JAL-629_with_threads_NOT_PASSING_TESTS

This reverts commit c59abae32801dce40b900ad3129567e5ef5fac4f.

JAL-4182 failing test

JAL-629 Add a --threads argument to allow a limited multiple number of alignframes to be processed at once.

JAL-2349 fix up tests for Java 11 compatibility and require sequence associated mappable matrix instance to have a mapping to the sequence it is associated with.

JAL-4134 add tree distance engine test to functional

JAL-2349 store/restore mappable contact matrix in project and fix up interactive fill-like selection of matrices

JAL-629 add an {extension} substitution

JAL-2349 JAL-3855 PAE tests covers ContactListI.getMappedPositons

JAL-2349 JAL-3855 helper method to make it easy to transfer a single ‘reference annotation’ to an alignment sequence

JAL-629 launcher shell script uses jalview.bin.Launcher so --jvmmmempc and --jvmmemmax work for it too.

JAL-629 More docs

JAL-2349 allow PAE or other contact matrices to hold a coordinate mapping allowing them to be transferred from one sequence to another - basic working but region selects are broken