merge from develop: the fixy bit

merge from develop: the rest of the changes

merge from develop: Most of the changes

JAL-3589 (old Platform) fix for Jalvew-JS/develop only.

JAL-3210 fudge for JalviewJS to avoid IntervalStore incompatibility

JAL-3577 improvement to non-release DMG background and source SVG. Updated docs on image specification/creation.

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added DEVELOP DMG styling. Improved TEST-RELEASE and NON-RELEASE styling

JAL-3577 Fixed Jalview Programme Group in Windows menu. Added examples folder for RELEASE channel only and Examples folder in Jalview Programme Group in Windows.

JAL-3407 redact java 8 incompatible type inference

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3407 updated release date to Thursday 9th April, and release notes for JAL-3577 JAL-3581 JAL-3571

JAL-3581 no hidden sequence marker if hidden markers not shown

JAL-3577 Moved application Categories for freedesktop menus into correct place in install4j

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/SeqPanel.java
build.gradle and gradle.properties changes in develop ignored

JAL-3577 removed debugging

Merge branch 'task/JAL-3577_Jalview_Test_installers' into develop

JAL-3577 Added existing and new Application IDs for Windows. Fixed Desktop shortcut and Menu entry.

JAL-3579 no Feature Editor if features not shown

JAL-3577 Changed shortName to INTERNAL_ID

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Changed Windows internal ID to a new value which is backward compatible with the 2.11.0 installation. i.e. release versions will have internal ID 'Jalview'

JAL-3577 Added DS_Store for Test release to look like proper installer

JAL-3577 Added a jalviewt scheme ONLY to TEST-RELEASE and TEST-LOCAL channels so that a test jvl can be made to ONLY open in the Test installation

JAL-3577 cleaned up old DMG files. Added NON-RELEASE DMG files. Changed how Jalview name propogates through install4j -- now dynamically created depending on the CHANNEL

JAL-3577 First attempt at new folder names

JAL-3572 Added getdown Implementation-Version to getdown jars META-INF/MANIFEST.MF

Merge branch 'improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file' into develop

JAL-3438 Added spotless task to use the utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml to reformat all .java source files

JAL-3225 tasks to create extra desired settings for eclipse

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into Jalview-JS/develop

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3407 basic doc for releasing jalview - will be embellished as we go

JAL-3407 updated release date to 2nd April, and first draft of release notes

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-1889 better (?) wait for Conservation thread

JAL-3248 quick fix to not remove doc/building.html with a gradle clean

JAL-3210 JAL-3130 merge changes to JSON processing

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Merge branch 'documentation/Release_2_11_1_Branch' into develop

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3393 Don't need PDF file using Illustrator. Replaced with SVG using Inkscape

JAL-3407 2.11.1.0 release date bump - maybe tomorrow - maybe the next day !

JAL-3407 JAL-3130 back out java 9+ syntax that breaks java 8 builds

JAL-3210 merged from develop: build.gradle and gradle.properties

JAL-3210 debug logging commented out

JAL-3210 test updated for changed signature of SequenceI.getDBRefs()

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
.gitignore
build.gradle
gradle.properties
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/util/MessageManager.java
test/jalview/gui/AlignmentPanelTest.java
test/jalview/gui/JvSwingUtilsTest.java
test/jalview/gui/PopupMenuTest.java
utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 Also look for local.properties in file named ../${projectDir}_local.properties. This allows multiple instances of the same project in Eclipse by changing the eclipse_project_name propert (and other local properties)

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 fix comparing Eclispe IDE j2s plugin and this branch j2s plugin

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3248 Added instructions for downloading and configuring as gradle project in Eclipse only, i.e. no command line tools needed

JAL-3210 fix an undefined copyPlugin var and improved warning in Eclipse console when copying plugin

JAL-3210 Fixed Eclipse IDE usage

JAL-3210 New site-resources dir too

JAL-3210 New version of swingjs and supporting .zip libraries. Swing-JS version 3.2.9.v1e

JAL-3210 adjustment to build.gradle, gradle.properties to look for net.sf.j2s.core-j11.jar

JAL-3562 exclude testNG groups from a build via -PtestngExcludedGroups=Not-bamboo

JAL-3407 JAL-3562 release notes

JAL-3407 rejigging new features - simplify release note line for virtual features

JAL-3407 reformat releases.html

JAL-3407 JAL-3549 javadoc

JAL-3407 - release notes for JAL-3547

JAL-3549 javadoc

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3305 don't propagate an empty SelectionGroup to complement view

JAL-3541 put org.gradle.jvmargs explicitly into gradle.properties

JAL-3541 merged cleanClover with develop

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

Revert "JAL-3541 trying out previous cloverReport task"

This reverts commit dc70a1f7934471a4084c3f10e7bd630d72aa3bf3.

JAL-3541 trying out previous cloverReport task

JAL-3407 JAL-3187 help documentation for virtual features and tabbed feature settings for linked cds/protein views

JAL-3407 JAL-3549 explicitly mention the ‘no features’ dialog, and how an existing selection affects the sort alignment by feature score/density

JAL-3407 group together ‘virtual feature’ related features in release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge commit '3fe5792cc63d53a5ace952bd68d3bb673c97f588' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

JAL-3394 updated version if install4j gradle plugin

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3394_added_categories_to_unix_shell_installer_desktop_file

Merging on develop

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible

JAL-3227 slightly adapted download_jres.sh to make it easier to specify GNU tar on macos. 'TAR=gtar'

JAL-3394 Made Categories line configurable/readable in gradle.properties as will be used more generically in future

JAL-3412 update layout whenever desired id width changes

JAL-3394 Added Categories=Science;Biology;Java; to unix shell installer .desktop file

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3187 unit test for findComplementFeaturesAtResidue

JAL-3394 getdown jar files had not been re-compiled

JAL-3407 added 3468 to release notes

Merge branch 'feature/JAL-3468featureDescriptionEllipsis' into develop

JAL-3468 i18n and additional unit tests