JAL-1690 adjusted wording

JAL-1693 make exon alignment for get-xref splitframe (with CDS xref)

JAL-1681 work around ConcurrentModificationException on startup

JAL-1690 show 'scale protein' in protein _and_ dna menus; default true

JAL-1695 new property ENABLE_SPLIT_FRAME

JAL-1695 parameter controls whether SplitFrame is enabled

JAL-1684 adjusting parameters for split frame applet example

JAL-1690 scaleProteinAsCdna new applet parameter documented

JAL-1270 protection against NullPointer when run as JUnit

JAL-1691 applet SplitFrame scrolling; pull up of 5 fields to
AlignmentViewport

JAL-1270 separated standalone tests out of Jws2ParamView, interactive
test marked @Ignore

JAL-1270 test added

JAL-1691 linked scrollling in split frame (Desktop)

JAL-1691 defensive check for null

JAL-1690 'scale protein as cDNA' options in Preferences, FontChooser

JAL-845 fixed start/end range of a mapped SequenceGroup

JAL-1264 reinstate Show annotations menu item

JAL-1264 remove broken applet build dependencies

JAL-1270 fall back on compbio if no localhost:8080/jabaws

JAL-1596 refactoring to allow unit tests to start and shut down Chimera

JAL-1270 Cache.logger initialisation added

Merge branch 'merge/JAL-1667_PDBe_Search_API' into Release_2_8_3_Branch

merge commit

JAL-1667 updated parseJsonExceptionString method in PDBRestClient.java and its equivalent test case in PDBRestClientTest.java

Updated BioJsHTMLOutputTest asserts to include error messages for failed Assertions

Merge branch 'Release_2_8_3_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview into Release_2_8_3_Branch

Modified BioJsHTMLOutputTest to test specific json object values rather than comparing the raw json string values which are not usually ordered

Merge develop to Release_2_8_3_Branch

JAL-1688 compiler warnings removed

JAL-1665 getSequenceFeatures; Desktop.getAlignFrames camel-cased

JAL-1270 System.exit(0) changed to fail() so as not to abort test suite

JAL-1667 clean up commented codes in PopupMenu.java and StructureChooser.java

JAL-1668 Tab for summary config, auto refresh after config and table column sorting

JAL-1668 finally clean up

JAL-1668 house keeping

JAL-1668 added PDBDocFieldPreference for configuring rest response summary fields

JAL-1668 added validation for manual entry of pdb structures

JAL-1667 updated test and internationalization messages

Merge branch 'features/JAL-1565_jpred4' into Release_2_8_3_Branch

JAL-1565 loading a concise file causes insertions to be automatically hidden in desktop

JAL-1668 added filtering and sorting capabilites

JAL-1683 bump version for r2.8.3 branch

JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source

reassign features already created/documented for 2.9 to 2.8.3 JAL-1682

Merge commit 'ab43013b7e357b84b4abade0dba949668dfb2a0e' into develop

Merge commit '6797d65989b01c8fa5bdeaf6a66e35279b66a7f7' into develop

JAL-1667 refactoring to support JAL-1668

JAL-1678 fix replace token for launchApp in a buildwq

JAL-1678 fix replace token for launchApp in a buildwq

JAL-1213 JAL-1395 add Jmol to JalviewLite classpath - need to find a way around this in the future

JAL-1678 add version parameter to example files in publish phase

JAL-1678 add version parameter to example files in publish phase

Merge branch 'bug/JAL-1643_File-chooser-improvement' into develop

JAL-1643 add quaqua libs as OSX specific resources

JAL-1668 First version JAL-1668

house keeping

Merge branch 'bug/addcustomlaunchdesktopparams' into develop

JAL-1678 - patch to make sure we only compare positions of the last / or ?

fix for JAL-1678

JAL-1667 PDBe Search Interface implementation

JAL-1665 refactored Sequence.getSequenceFeatures

JAL-1350 added to 2.9 release notes

JAL-1350 document changed behaviour

JAL-1350 forgot to remove empty test

JAL-1350 pass the columnselection rather then selected sequence strings if column-selection exists.

JAL-1350 cloned method and tested equivalence for using column selection to subdivide groups

JAL-1115 switch to lists in SequenceGroup

JAL-1115 typecast

javadoc

JAL-1115 List rather than vector for sequence groups (minimal additional synchronized clauses added)

Merge branch 'bug/JAL-1643_File-chooser-improvement' into develop

Conflicts:
.classpath

merge commit

JAL-1643 jarred up the quaqua native libraries and added nativelib
resource tags for Mac OS X

JAL-1643 added quaqua filechooser and jni libraries to the InstallAnywhere distribution

JAL-1643 correct version of quaqua (8) plus THIRDPARTYLIB details

JAL-1643 renamed quaqua library to add version number

JAL-1643 modified jalviewFileChooser to retain default behaviour on other non-mac platforms

JAL-1643 Modified JalviewFileChooser to have a more native laf on mac

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 added null check for sequence description field

Merge commit

JAL-1644 revised Finder's implementation to use a flag to enalbe searching an alignment's sequences description field

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 improvment of finder logic to include the sequence description field

JAL-1565 automatically mark query sequence as the sequence reference and hide any insertions to it

JAL-674 patch to make Mapping.compareTransferredToRefPDBAnnot test
    pass
        otherwise addAll throws an index not found exception with
inspos==-1

JAL-674 JAL-1270 added settings to ensure temperature and secondary
structure are propagated and finer grain checks on presence of annotation

JAL-1588 new class renamed

Merge branch 'features/JAL-1588saveChimeraSession' into develop

JAL-1588 restoring saved Chimera session(s)

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1588 first working (?) restore of Chimera session incl bindings

JAL-1553 added help documentation and updated AnnotationColumnChooser to exclude MigLayout as it is not supported in applets

Merge branch 'feature_29/JAL-1372_referenceseq' into develop

JAL-1541 changed assert to JUnit assert - test now fails for current version of BioJS export method

JAL-1551 formatting

JAL-1286 don't print an exception if a non-gzip stream is attempted to be opened as gzip

JAL-1551 crlf changes

JAL-969 hasHiddenRows is now an interface method

JAL-969 drop the hiddenColumns flag in favour of checking current state of columnSelection