missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)

File caching activated explicitly in Platform

Fix for #196  EBI does not allow AJAX on Tools/dbfetch  - now they do.

command line fix

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

fixes for Jalview command-line URI code

JAL-3204 update to uniprot schema

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

j2sNative cleanup; fix for JTextArea preferred height miscalculation

JAL-3220 j2sIgnore on 3 more main methods

JAL-3220 j2sIgnore on main methods on test / utility classes

JAL-3220 unneeded main methods removed

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

replacing @j2sNative with @j2sIgnore where appropriate - requires NEW
TRANSPILER

removing early SplitPane SwingJS hack

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

j2sNative clean-up. Fixes problem with second try of sequence fetching
not retrieving (cached) data

#210 Fixes Ensembl fetch problem (really)

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

note to self: Time to write a good interface and stop doing this secret
calling of swingjs methods.

JAL-3033 generalised publish-core-template ready to enable multiple templates/core-file html endpoints to be generated

JAL-3033 always run the toJs core file build before building core files from classlist/*.txt

JAL-3032 use small example Ensembl gene for JalviewJS

updated _j2sclasslist.txt adds a few more files (see end of file)

embedded core-file demo for faster loading

Ajax enhancements

first demo of embedding components as simple divs with known ids

jsmol2.php?? must have been just for testing

JSON refactoring of a few methods; fixing JavaScript issues

jalview-pca-div added

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3033 build.xml:build-site runs build-site.xml to populate site/ with prebuilt/deps

adds TreePanel name jalview-tree

adds StructureViewer name jalview-structureviewer

adds SplitFrame name jalview-splitframe;

adds RnaStructureViewer name jalview-rnastructureviewer;

adds Desktop name jalview-desktop;

adds AlignFrame name jalview-alignment;

clean up implicit object refs

Cache JS adds search of Info for jalview_xxx properties

#210 Ensembl fix; adds embedding test

was incorrect catch parameter in close() of swingjs/json/JSON.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
.classpath

JAL-3140 InstallAnywhere updated to intervalstore-v1.0.jar

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3140 intervalstore now v1.0 (public release)

JAL-3111 Disable the pubapplet target in build.xml so cruisecontrol build can complete

#211 corrects swingjs.JSUtil.parseJSONRaw$S call

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3111 biojava dependencies

JAL-3111 fix libquagua dependency paths - needs to be checked on OSX InstallAnywhere

JAL-3111 fix jabaws dependency name in IA config

JAL-3111 intervalstore library on IA classpath

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 typo in IA config

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 patch for failing isControDown test on build server

JAL-3111 update InstallAnywhere dependencies for changed libraries

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Merge branch 'feature/JAL-3181linkOrdering' into develop

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-2620 improved error reporting on failure to load resource files

JAL-3032 small formatting and isJS() tidy

reinstating test data for JalviewJS

comment out of @j2sNative block

allows web-page embedding

consolidation of Platform isJS calls

isJS cleanup

clean-up of isJS business for (temporarily) noneditable JS JComboBox

Platform comment about isPopupTrigger

upgraded Platform.java

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-2717 adjusted code so default correctly returned if i18n fails

JAL-3127 scripts updated for method signature change

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-1889 explicit recalc of geometry for scale left/right/above on/off

JAL-1889 remove debug logging, add updateLayout()

JAL-1889 more debug logging

JAL-1889 better debug logging

JAL-1889 temporary debug in findColumn()

JAL-1889 added belt and braces deleteOnExit() to test output file

JAL-1889 correct props param, remove dasserver, output file paths

JAL-1889 more diagnostics for CommandLineOperations

JAL-1889 diagnostics for failing test on server

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java

JAL-3093 fine tuning of SeqPanel tooltip