Dont make new frame reference in Buildwebservicemenu

Finalize calculate method

Finalize formats

Regex should not be static in file loader

Is fileChooser instanceof Basic

Set size and location of frame before visible

Check for null colour

Dont resize frame if bounds have been set

Mosue wheel moved to seqpanel

Use mouse wheel press to zoom

finalize all these hashtables

Checks for null colour in groups

jalview-dev doesn't exist.

regenerated stubs from wsdl and removed old vamsas object stubs in jalview.ext

regenerated from wsdl.

Replaced by jpred.java and associated stubs.

fixed hanging on job finished bug.

tidied client and fixed non-unique msa bug (lead to Hmmer error)

fixed uniquify seq[]

regenerated Jpred stubs and tidied client thread.

comment on WORD_SEP values

Conservation colour scheme is no more

Reset browser every time

remove property user_defined if none left

If browser not set, remove property

System.out if error setting properties

made changes to DEFAULT_BROWSER in user preferences act immediatly (instead of just on restart).

changed first clicked to nearest the top of the alignment.

typo

moved to clustalw.html

typo fixes.

Add release history to whats new

Add name and mouse listener to new user colour menuitems

error checking, sanitization and properties support.

Blosum62 PID and conservation bug fixed

GUI typo

Return if UNIPROT_CACHE is null

Add idwidth.gif in applet jar

Character methods don't exist in java 1.1

typo - Muscle->JNet

Jpred to JNet

2_03 build project

Proceed with upperCase residue

various case sensitivity bugs fixed in residue comparison functions.

Use aa index for aboveThreshold as well as colour index

Client threads for discovered web services.

GUI modifications for service discovery.

Gui Modifications for Service Discovery.

<No Comment Entered>

Has version, Groups are optional, trees added to schema

Add attribute schemeName

Add buildPropertiesFile to applet jar

Read in version from build details file in applet jar

Web Services moved from Calculate

Capitalise menus

Maintain list of webservices and query any Service Discovery services.

Simple Registry Service stubs

Fixed basic name to sequence ID matching (bug dragonfly.compbio.dundee.ac.uk/mantis/view.php?id=9227)
and improved code robustness when dealing with badly formed IDs (null strings).

No basicDirectoryModel on the Mac

Set size for mac users

Error reply is kept separate from file type

Add names to schemes

New image

Check default colour is not null

Remove user colour menu item

Check default >0, not <1

Conservation group colour saved

Add SRS as default

Return white userColourScheme, not null colourscheme

Use getDefault for exampleFile

Advice on proxy servers

Rebuilt with new schema

Put basic file chooser test in try catch loop

Scheme name added

User colours have scheme name

User colours

No score colour scheme, group colours saved if conservation applied

Calculation - consensus

updateUserColourMenu

Discover user colours

Remove redundant imports

Jalview Version:

Output java version, os version on startup

Remove null check

Sparc for Solaris

Use default fileChooser for now

super.setconsensus

Percentage precalculated in aafrequency

isGap slightly more efficient

Add taylor to default colour check

Hashtable now in array, not vector

IgnoreGapsConsensus

Dont color Checking... red

Declare variables outside loops

Calculate gap and nogap ratio here

fixed leafMapping bug for Id's like SequenceX (where X=14 matches all X=1,10,11,12,13).
Fixes Mantis 0009227

Add notes on proxy settings

InstallAnywhere readme

New classes

Cache.getDefault