JAL-629 Add some shortnames to args. Add Opt.OUTPUT and allow --output=*.ext to be shorthand for --all --output {basename}.ext.

JAL-629 Move clarguments documentation to default.  Completed clarguments summary.  Most of clarguments basic

JAL-629 Fix --tempfac. Hide non-working --notempfac.  Add --scale, --width, --height to PNG output.  Tidy usage.  Add --version.  More quietness for --quiet.  More consistently formatted stdout info,

JAL-629 Added linkedId to ArgValuesMap for reference. Updated Arg descriptions. Made --quiet work better.

JAL-629 Check Arg options for obtaining boolean or negative boolean arg from subvals

JAL-629 Catch a NPE, fix a test

JAL-629 More docs. Usage statement. Adjust some logging output to respect --quiet.

JAL-629 Add --seqid for non-subval use, make arg value naming more consistent in docs

JAL-629 update a subval for structureviewer in the docs

JAL-629 more docs

JAL-629 change --renderer to --textrenderer to be more specific

JAL-629 test fixes

JAL-629 Moved additional CommandLineOperationsNG tests to testTask1

JAL-629 More NG arguments: --features, --annotations, --sortbytree, --tree, --groovy.  More consistent arg naming and processing of test output.  Actual java process tests for ng commandline.  Store BootstrapArgs in ArgParser.

JAL-629 a bit more documentation

JAL-629 added eps and imagemap.  Added --output and --format with test.  Adjusted BackupFiles to cope with filename with no directory path.

JAL-629 Changed --newframe and --allframes to --new and --all. More consistent --new and --open defaultLinkedId behaviour.

JAL-629 Add --renderer arg/subval for vector output and fixed annotation renderer code

JAL-629 fix lang label names after adjusting colour scheme short names

JAL-629 real life test for --allframes

JAL-629 Change behaviour of --open GLOB to increment defaultLinkedId to allow --allframes --output --image --close to act on each input file

JAL-629 Only log to console FAILED tests

JAL-629 Added --all arg, [*] linkedId and functionality to apply some args to all linkedIds

JAL-629 Fixed the argfile1 after subval separator change

JAL-629 Fixed the argfiletests after subval separator change

JAL-629 Fixed the argfile after subval separator change

JAL-629 Change colour scheme shortnames to something consistent and command-line friendly.  Add more subval options.  Change subval separator to ',' to be more command line friendly.

JAL-4167 Now we don't fail testTasks on No Matching Tests so that all testTasks run with --tests option given

JAL-629 Part-way to honouring --tests argument

JAL-629 start of help text

JAL-629 changed args in tests

JAL-629 Fixed appending URLs

JAL-629 Changed --increment to --newframe to make sense to user

JAL-629 allow opening URL as only argument(s)

JAL-4167 Added OVERALL summary to bash output

JAL-4167 Added colours to bash output

JAL-4167 Allow a test to run in multiple testTasks

JAL-629 shorter wait times for this test

JAL-4167 Adjustments to get clover to work with normal tests.  Adjustment made on build server (TestNG Parser: build/reports/tests/**/testng-results.xml

JAL-4167 Adjustments to get clover to work with normal tests

JAL-4167 Adjustments to get clover to work

JAL-629 JAL-4167 Added args to tests. Fixed potential --headless arg bug. Added testTaskN tasks for separated tests, and code to make summary report when running normal test task.

JAL-629 Add --nowebdiscovery. Distinguish arg=="open" as old style. Increase timeout for commandlineoptions tests (for failing web services?).

JAL-629 Put commandsTest.jvprops in the right place

JAL-629 loaded props from arg in failing build server tests

JAL-629 Dynamic sleep in test, more diagnostics

JAL-629 Dynamic sleep in test

JAL-629 Move diagnostics to the right place

JAL-629 Diagnosis output for failing test

JAL-629 Count VISIBLE annotations for tests

JAL-629 attempt to fix tests on build server (more definite properties file)

JAL-629 single threaded test for viewer window for build server

JAL-629 even longer wait for viewer window for build server

JAL-629 longer wait for viewer window for build server

JAL-629 Change --open to --append and --opennew to --open. Make --open(new) part of the same default linkedId scheme.  Add and adjust tests.

JAL-629 Test and fix --annotation --ssannotation args. Added a viewerType arg/subval. Fixed multi value getClosest...(). Added a jalview.bin.Launcher eclipse script.  Lots of tests for opening structures from CLI.

JAL-629 Now showing temp fac and secondary structure for File opened structures and command line added structure. Added linegraph annotation marks for 'singleton' data points. Added splashscreen property.  Adjusted test_fab41.result argfile.

JAL-629 Adding PAE and TFType at structure loading time.  Display PAE automatically

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 deleted test output file from repo

JAL-629 mild improvement to test

JAL-629 Fixed ~ based test for build server

JAL-629 Add substituteHomeDir to getDirname().  Tighten dirname tests

JAL-629 Put old -props back as will now use old parser

JAL-629 Fix non-multi string bootstrap arg bug.

JAL-629 setprop test disabled as feature is disabled

JAL-629 parse SubVals once with ArgValue. Ensure SubVals exists. Change to setprops in Jalview.java comment

JAL-629 allow argfiles in argfiles, but avoid looping argfiles

JAL-629 allow comments in argfiles '#'

JAL-629 DON'T use quotation marks in argfiles as they are not interpreted (or needed)

JAL-629 Tests for FileUtils. Tidying counter substitutions. Fixing PAE opening.

JAL-629 more info in usage statement

JAL-629 Start of Usage statement

JAL-629 More consistent printing of --arguments. Example nf-core argfile

JAL-629 Remove debugging comment

JAL-629 --initsubstitutions as a bootstrap arg, new tests

JAL-629 sort files from java glob for predictability. reduce maxdepth of walkfiletree

JAL-629 Removed --headless to fix CommandsTest

JAL-629 added setprop. More filename based substitutions enabled.  Test for these.

Merge branch 'features/JAL-4134_treeviewerforcolumns' into develop

JAL-629 More extensive tests with real files being opened

JAL-629 fix bug for opening single named file with no args

JAL-629 Don't use new ArgParser if there are no --args and some -args

JAL-629 fix SubVals npe

JAL-629 extensive tests for ArgParser features

JAL-629 Added --opennew --nonews --nosplash. Added java globbing for = e.g. --open=**/*.fa. General debugging of argparser features for tests

JAL-629 Opening files in new windows. not working yet

JAL-629 open initial non-Arg arguments as files in separate alignment frames

JAL-629 improvements to argparser toString. Improvements to cli paeFile structure selection. Allow label subval for paefile

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-4158 first attempt at stashing colours for contact matrix groups and allowing them to be overlayed on the contact matrix visual. NEEDS TESTS!

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 Test tidyup

Merge branch 'patch/JAL-4153_flakyJvCacheableInputBoxTest' into develop

JAL-629 don't clear appProps in tests

JAL-629 refactor ArgParser and helper classes all to jalview.bin.argparser to remove static classes.  Clear properties after tests.

JAL-629 null checks for Desktop.instance.closeAll(). Props re-loaded after CommandsTest.

JAL-4134 override default hasTree so PAE tree is saved!

JAL-4153 longer Thread.sleep() calls in the hope that the test might pass on Bamboo

JAL-4134 - missing Jalview project JAXB class - st. patricks day commit curse