JAL-3417 access to consensus,conservation,cdsprofile and rnastrucconsensus calculation objects moved from AlignViewportI to AnnotatedCollectionI. AlignViewport methods left, but profiles etc are now stored on Alignment. SequenceGroups can now have their own RNA structure consensus, etc, too.

JAL-3417 findOrCreateAnnotation is designed to make unique rows based on Label+calcId, not Label+description. Also pass in all refs to ensure they are preserved!

JAL-3187 removal of variant feature (non-virtual) transfer to protein

JAL-3187 (fudge) look in both alignments for stored mappings

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3389 add .py to restored Chimera session filename so it opens!

Merge branch 'bug/JAL-3388structureChooserSorting' into develop

JAL-3198 more efficient Sequence.getDisplayId()

JAL-3388 correct class for column 0 Ref Sequence

JAL-3386 correct wrapped width calculation for headless image export

JAL-3377 more reused of SeqCanvas.computeWrappedGeometry

JAL-3377 add seq-annotations gap to cheight not to hgap

JAL-3377 Javadoc added for getWrappedHeight()

JAL-3377 corrected wrapped widths height for IdCanvas

JAL-3377 include seq-annotation spacing in getWrappedHeight()

Merge branch 'features/JAL-3375vcfValidation' into
feature/JAL-3187linkedFeatures

Conflicts:
src/jalview/io/vcf/VCFLoader.java
test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

JAL-1793 only decode specific special characters in VCF data

JAL-3376 capture VCF POS, ID, QUAL, FILTER as feature attributes

JAL-3375 format validate VCF Integer and Float fields

JAL-3375 ignore '.' values for VCF data

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-2987 tolerate null double values when formatting JTable

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3187linkedFeatures

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel - fix

JAL-3289 bamboo properties for ‘BUILD’ getdown channel

JAL-3187 derived peptide variants tweaks and tests

JAL-3187 initial refactoring towards peptide variant in tooltip

JAL-1544 fixed a html encoding of '<' (%lt; -> &lt;) in commandline.html

JAL-1793 apply URL decoding when saving VCF attribute values (%3D -> =)

JAL-3111 correct JVL appbase for 2.10.5 via getdown

Merge branch 'task/JAL-3337-rm-lib-update-sourceDist' into develop

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 round-and-round the process source files again

JAL-3337 more includes and excludes

JAL-3337 remove the old lib directory !

JAL-3337 rejig the source distribution generation to process and replace tokens in source files

JAL-3111 replace year in header for help pages and put processed help in build/distributions

JAL-3225 try/catch for non-deprecated/deprecated property in sourceDist which is not available on older eclipses

JAL-3353 Change to build.gradle to use the file:// enabled getdown-launcher-local.jar for LOCAL and ARCHIVELOCAL builds only. Otherwise the getdown-launcher.jar (with no local file enabled) will be used

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 help pages minor corrections

JAL-3348 fixed an internal href in help to allow building

JAL-3337 adjusted building doc as sourceDist uses gradle 5.2 or above properties

Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview' into develop

JAL-3111 JAL-3348 JVL file documentation

JAL-3348 revised bsoares memory settings documentation and updated docs for launching jalview from command line

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

JAL-3348 memory.html documentation finished for 2.11.0

JAL-3348 jvmmempc in jvl file now works in linux

JAL-3348 jvmmempc multiple values shouldn't be merged

JAL-3111 tidy up lists/indentation for release notes

JAL-3111 Java 11 only and 'onwards'

JAL-3111 more whatsNew tweaks

Merge branch 'task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website' into develop

JAL-3111 more whats new

JAL-3348 start of new memory setting text

JAL-3348 jvmmempc allowed in jvl file

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

Merge branch 'documentation/JAL-2843_featureFiltersFormat' into develop

JAL-3348 prepping getdown to pass JVM command line args

JAL-3111 updated what’s new… still more to come !

JAL-3111 updated privacy statement to remove mention of JNLP version checker JAL-3280

JAL-3111 JAL-3150 revised Jalview archive documentation and noted instructions about converting Jalview project files pre Jalview 2.1.

JAL-3111 JAL-3348 removed pre 2.11 instructions on setting Jalview’s memory settings. Needs information about configuring proportion of memory allocated.

JAL-3111 JAL-3280 hide the version check preference option in ‘Connections’ tab

JAL-3111 tidied up preferences dialog documentation

JAL-3111 fix broken helpTOC link

Merge branch 'tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu' into develop

Merge branch 'develop' into tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

merging in develop

JAL-3337 Tidied up j8libs in THIRDPARTYLIBS. Replaced jersey-*-1.19.jar with jersey-*-1.19.4.jar in j8lib.  Removed lib/ folder from sourceDist.  Added instructions for running testNG with a specific group of tests to building.md

JAL-3111 release date now 4th July 2019 - codename 'bastille'

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 formatting

JAL-3111 new known defect from JAL-797

JAL-3111 release notes for JAL-2789 JAL-2744 JAL-1889 JAL-3287 JAL-3289 JAL-3288

JAL-3111 whats new and JAL-2738 JAL-2743 expanded help documentation for VCF

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

Merging in develop

JAL-3337 Excluding j11modDir from source distribution (has some older version jars converted to mods and none of these files are used in the build -- jars are all in j11libDir and used as libs not mods).

JAL-3337 Updated the j11lib jars (don't need to be converted to modules) that aren't in j8libs. Added licensing information for these jars to THIRDPARTYLIBS.

JAL-3337 gradle.properties for publish help as html pages

JAL-3337 publish help as html pages with GA tracker (ant task rescued from old build system)

JAL-3337 starting to add to THIRDPARTYLIBS

JAL-3322 increase concurrent downloads in getdown

JAL-3333 removed unused variable

JAL-3337 Added some more files to source tar.gz file

JAL-3337 added gzip compression. Archive filename now matches the ones in docroot/source/ when using -PJALVIEW_VERSION=...

JAL-3322 getdown jars with network timeouts applied

JAL-3332 Sensible default timeout values for network connections (8s connect_timeout, 15s read_timeout)

JAL-3333 using floats for smoother weighting

JAL-3337 added sourceDist task to gradle.  Creates tar file in builds/distribution/jalview-source-JALVIEW_VERSION.tar

JAL-3337 update to JAVA-11-README to state current Java 11 build

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

update merging develop into this branch

JAL-3333 Sorry couldn't resist adding a bit of weighting to the rotation

JAL-3333 Title text now appears instantly. Altering speed of rotating logo depending on queuing or running status. Rotating logo now 'parks' rather than jumps at completion.

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

Merging in simple change from transparent image to white background and removing alpha channel in image model.

JAL-3333 changed RGB model.  Tested in mojave and Windows (works)

JAL-3111 release notes for JAL-3330 JAL-3021 (tweak) and JAL-3333

JAL-3337 start of a Tar task

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop