JAL-1193 call setLoadingFromArchiveFinished(true) for any new structure views, but only after all windows have been loaded and gathered

JAL-1193 patch prevents JalviewJmolBinding from handling colourBySequence events until setLoadingFromArchiveFinished(true) called

Jalview 2.8 Source Header

Merge branch 'develop' into Release_2_8_Branch

JAL-636 switch to simple REST interface to dbfetch (//ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/dbfetch_rest)

avoid importing the mapping every time we parse a uniprot record.

JAL-636 tweak main() based test to allow DAS sources to be excluded from basic SequenceFetcher testing

JAL-1188 - set the user agent to Jalview Desktop/${VERSION}

JAL-1064 JAL-671 make sure all buttons are disabled during fetch and renabled after it completes

formatting

update release branch to v2.8

formatting

JAL-1026 - insert a sensible default for proxy so Jalview doesn't crash out immediatly on launch.

JAL-1183 JAL-343 - use dialog queue for JABA warning dialog box and use html table formatting so dialog box size is sensible.
JAL-1026 - note about checking proxy settings as well as JABAWS URLs.

JAL-1185 patch NPE - create new group for subtree on each view

JAL-1130 JAL-1137 messy hardcoding of author list to fixed height so it is visible - means we will have to increase height when more authors are added.

JAL-1130 JAL-1139 hardcode preferred height to logo image height

JAL-1130 more robust loading code and different logos for desktop icon and splashscreen icon

JAL-1183 dialog thread is only started after the splashscreen goes away

JAL-1111 dialog flickers whilst example file starts if the desktop is not given as parent

JAL-1184 apparent deadlock when launching jalview on w7 - attempt to patch

JAL-1183 showNews adds news discovery and display thread to dialog queue

JAL-1183 use dialog queue for usage statistics prompt

JAL-1183 dialog queue

JAL-1030 patch typo

JAL-1179 - regression from JAL-1030 patch implicitly treats empty selection as null

JAL-1031 allow empty selections to pass through to tree builder, which will ignore them!

JAL-1179 note and patch for exceptions raised when jalview.viewmodel.AlignmentViewport.getAlignmentView() called with non-null selection that contains no sequences. Needed for JAL-1031 and JAL-1032

JAL-1031 JAL-1032 if selection is non-null but empty, then calculate PCA or tree over whole view

JAL-1010 write validated value back to text field to ensure parameter value is always valid

JAL-970 JAL-1052 (comment about JAL-1140)

JAL-970 document interactive RNA secondary structure editing

JAL-1173 - trap redraw buffer OOM errors. needs a test case - since the dialog doesn't get raised reliably.

JAL-1173 try to catch OOMs when loading annotation onto alignment (need JAL-1176) to recover from these problems

JAL-1076 add note in documentation about Alt rather than Control enabling group editing in applet

JAL-1130 transparent big version for JNLP and file icon

JAL-958 revised applet parameter documentation to standardise on long form 'normaliseSequenceLogo', but still allow short form for legacy test pages.

formatting

JAL-958 normalise logo menu options in applet

JAL-958 enable logo display when normalise option selected

JAL-516 JAL-759 JAL-1066 group & group colourscheme always gets notified when group membership changes

only recalc group conservation after last sequence operated on in a bulk add/remove operation

JAL-516 JAL-759 JAL-1066 group & group colourscheme always gets notified when group membership changes

JAL-958 JAL-966 refactor group/alignment associated conservation, consensus and logo logic to core model

JAL-1130 remove lossy logo versions

Merge branch 'JAL-1130' into develop

JAL-849 try harder and wait for longer for JABAWS to send back job output.

JAL-1171 refactor code to allow gui update for global status before and after results are parsed

JAL-1165 visual delay whilst results are processed.

JAL-1165 allow progress indicators on the web service window

JAL-1130 jalview spinning icon for web service dialog

JAL-1130 splashscreen logo

JAL-1130 new logo in help, splash screen and web services spinner

JAL-1130 new logo spinner in webservices status window

JAL-1130 large logo

JAL-1130 small rotating logo

JAL-1130 made SplashScreen able to be a dialog that supports opening of hyperlinks embedded in text

JAL-1130 refactored standard hyperlink handler code to desktop

JAL-1130 trial view of new logo on splashscreen.

JAL-1170 column and row positions confused in implementation of scrollTo API methods

todos

JAL-1065 documentation and image

JAL-958

JAL-842 documentation

2.7.1 squashed

typo

JAL-1065 whats new entry for tcoffee scores

fix image link

JAL-958 documented logo menu items

merge new 2.7.1 and 2.8 features into one

typo

JAL-958 flag indicating if visualization settings for new group annotation should be overwritten or preserverd

JAL-958 store/recover normalised flag

JAL-958 store normalised flag in jalview project

PCA what's new and score matrix documentation page

JAL-1013 JAL-1167 JAL-1121 JAL-1125

JAL-1027 JAL-1167 documentation and patched DNA/RNA matrix

JAL-1013 - employ index parameter rather than hardcode number for gaps in DNA or Protein encoding

JAL-1167 method and simple tests for printing score matrices as tab or
html formatted tables

JAL-979 tidy up shmmr hardcoded WS definition

JAL-1136 give pre-existing custom settings a special name when job parameter settings opened

formatting

patch for NPE when no services are available to resolve against

JAL-975 null any existing preset if user has supplied custom args

JAL-1162 catch security exception and just use bare modelFileName string for applet

JAL-994 fix when sequence is too short and no jobs run

JAL-1111 allow news reader window to be moved even when modal dialogs are shown

JAL-976 fix AACon name typo in source and GUI

typo

JAL-976 documentation for disorder, AACon, ClustalO services

JAL-975 note about black colouring bug

JAL-1066 documentation for per-sequence annotation colouring

JAL-1060 new dialog box image

JAL-1060 documentation for new layout

off by one for sequence associated annotation

unused variable

JAL-974 JRonn thresholds

JAL-591 adapt option layout to width of dialog box

JAL-975 JAL-974 JAL-976 always adjust height after new annotation added

JAL-974 show thresholds for disorder predictor annotation rows