JAL-1067, JAL-1105 - refactor parser to fit Jalview's data parsing architecture

JAL-961 - annotatable datamodel objects can be queried to obtain annotation with a particular calculation ID

JAL-1102 todos and status updates when data is added

todo JAL-1104 : functions to refactor

todo: blocked by JAL-1104

JAL-958 - ensure logo is rendered even if consensus for column is at zero

update the copy constructor

JAL-1065,JAL-1066 propagated notification of colourscheme when alignment changed to refactored code (SHA:677878508a8006cbf7e94e4d4e129ddcf3e3f2c2)

JAL-1065,JAL-1066 - propagated 863467bf6c59c0bc5368c8f3a03d9d5a4f10700d to refactored renderer code.

Merge remote-tracking branch 'origin/Tcoffee_JAL-1065' into develop
conflicts due to refactoring according to JAL-972, JAL-968, JAL-968
Conflicts:
.classpath
examples/appletParameters.html
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AlignViewport.java
src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/jbgui/GAlignFrame.java

warning dialog - fixes JAL-1099

fixed JAL-1086: pass column index so colourscheme profile data is used to calculate symbol colour

JAL-958 - don't try to draw all zero profiles

JAL-958 JAL-1086 formatting and remove old code

pack before displaying splashscreen to ensure its preferred size is correctly calculated

formatting

JAL-1097 - ensure replace comma for semicolon always disabled for das sources

Merge branch 'JAL-972-jdas' into develop

JAL-1075
 - introduce flag to disable ability to select multiple sources (for v2.8 release).
 - currently selected database source information panel
 - cancel/ok reverts to last selection or accepts new selection
 - key handlers for escape (cancel) and return (ok).

JAL-1061,JAL-1075 - first pass at implementing sequence record fetching across multiple sources.

 Multiple source fetching not yet ready for production use (disabled for v2.8 release)

clean up old commented code

JAL-1095 - todo

javadoc

JAL-972 workaround for working out source URL for pre DAS 1.6 sources.
note - certain sources currently in registry have invalid URLs in their capability elements (missing '/' between URL and command)

formatting

JAL-972 migration from dasobert to jdas registry URLs

JAL-972 local do not have a coordsys element with source metadata (JAL-424 would resolve this!)

JAL-424 TODO: new method signature for local source creation

JAL-1085 - ensure sequence fetching client waits around until feature retrieval has finished before returning sequences for display.

JAL-972 JAL-1084 propagate reference to local authentication provider so it can be passed to JDAS clients when querying sources.

JAL-1083 - graceful failover to single ID query mode for fetching features

formatting

JAL-1083 graceful failover to one ID per sequences query for sources that fail for multiple ID queries

JAL-1075 better layout and info box for source browser

JAL-1075 tweak layout and test display for tree based sequence source browser

JAL-1075, JAL-1061, JAL-1064 - introduced second tier of 'fetch database' menu hierarchy for source groups like Ensembl (fetch all or submenu for individual fetch). Also shortened width of menu entries so that user can browse the hierarchy more easily.

JAL-1064 sequence database sources are stored and retrieved as lists associated with each canonical database name rather than assuming 1:1 mapping between string and source instance

JAL-972 correct das registry default URL (JDAS automatically adds the sources command to the URL)

JAL-972 - test to distinguish sources based on age - used to select one of duplicate sources in registry

JAL-1074 fix - missing tag indicating alignments are retrieved from RFAM.

JAL-972, JAL-1072  new default dasregistry.org registry URL for JDAS

JAL-1064 JAL-671 - add tree based database dialog as button in sequence fetcher

JAL-1064 - hack to create menu item label for each fetch from DB item (need to review this)

JAL-1064 - refactor to iterate over many sources associated with a database authority

JAL-972 - correct name when constructing db-source from DAS source

(JAL-1071) hacked the square matrix that stores the interacting pairs to allow 36 types of base pair rather than 25 (so self-pair interactions can be counted too)

dialog for browsing and selecting datasources hierarchically JAL-671 JAL-1064

JAL-1062 - recognise and split off the range qualifier in a DAS sequence fetch query

(JAL-972) format tweak for source information box

Merge branch 'JAL-972-dasobert-to-jdas' into JAL-972-jdas

Conflicts:
.classpath
src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java
src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

merged jdas switchover into v2.8 development branch

(JAL-972) jdas latest build

logic bug

Signed-off-by: jprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>

JAL-893 JAL-842 - updated VARNA - fix typo in InstallAnywhere build

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

JAL-1060 - prototype GUI with traffic light coding for JABAWS urls that were fine, had some problems or couldn't be contacted.

JAL-1060 - record which services are invalid, valid or did not have any services and allow status for URL to be tested

formatting

JAL-976 - tweak web services gui so empty menus don't get shown and included a 'still discovering' menu item when JABAWS discovery is still in progress.

(JAL-976) - consistent ordering of services according to server URLs and debugging race conditions and menu generation

JAL-976 - hack to provide consistent ordering of JABAWS2 service names used when building GUI

(JAL-976) refactor JABAWS1 list

(JAL-942) comment out non-functional buttons in VARNA

(JAL-942) clearer view structure menu entry

JAL-942 - sensible name on window

JAL-942 - make sure rna structures get a sensible name

(JAL-1052) todo for output of RNA consensus lines

(JAL-1052) basic consensus line parsing to rna structure lines

(JAL-1052) make RNA secondary structure string parsing code accessible to Clustal class

formatting

(JAL-942) more tweaking mapping between 2-struct and seqs

(JAL-842) debug mouseover for sequences that don't start at 1 and ensure varna only responds to highlights for its associated alignment panel

(JAL-842) todo

remove unnecessary method

efficiency, and ensure mouseover messages originating from a source are not broadcast to itself

(JAL-842) ensure deletions are accounted for when highlighting mouseover in alignment panel on RNA structure, basic selected region highlighting, and broadcast of mouse position in varna window to associated sequence.

(JAL-893) update to VARNAv3.9-dev version

Merge branch 'Release_2_7_Branch' into develop

debug local source management buttons and formatting

revised version of Jdas with simpler connectionPropertyProviderI provider interface for multiple thread clients.

update to latest build

move from dasobert to jdas multithreaded feature fetching - and use jalview das api where possible (introduces issue JAL-1051)

tidy imports and switch over to use das source registry API

tidy imports

fallout from refactoring registry datamodel to a sourceRegistry object

(JAL-972) replaced biodas with jdas sources datastructures - refactored source list model to a sourceregistry object

refactoring dassequencesource code fallout

refactored das sequence source creation code to the implementor of the das source api and das registry api

removed excess imports

updated das sequence source for jdas client and refactored to implementation package

JAL-972 - refactored local source builder to registry implementation and made Cache the holder of the registry singleton

JAL-966 todo for jalview 3 api

jalview das registry and source api and jdas specific implementations

jdas runtime dependencies

updated build of jdas

jdas doesn't need a listener for das sequence retrieval events

groovy nature not needed in project

remove dead imports

(JAL-972) relative refs for libraries and some additional eclipse 3.7.2 decorators for updated groovy projects

(JAL-972) jdas source retrieval and use of jdas structures for local sources

(JAL-972) updated jdas to latest version includign concurrent DAS request api