JAL-3449 don't assume install4j jar in classpath of getdown

JAL-3394 improvements to the file association progress bar

JAL-3394 jalviews scheme added

JAL-3394 file not needed

JAL-3447 Satisfactory file associations. cif, mcif and pdb now not opened by Jalview by default -- but are associated. In Windows and linux installer, are deselected by default. 'jalview://' as a URL scheme now associated in Windows and macOS.

JAL-3447 Change to install4j template version, JAL-3394 removed redundant compiler variable. Fixed help when run in Eclipse and removed redundant helpDir

JAL-2305 moved failing CrossRef tests to Functional_Failing group

JAL-3407 update release date for Jalview 2.11.1

JAL-3394 Simplified media output from install4j

JAL-3449 More whitespace in installer. Tidying

JAL-3449 Fixed Info.plist file insertion. Simplified install4j conf filename

JAL-3449 Now parsing install4j XML file to edit values.  Should be safer

JAL-3449 Work in progress improving XML replacements by gradle

JAL-3394 disableSigning=true when DEV

JAL-3394 Changed most of the token replacement for adding compiler variables

JAL-3449 Added more versions to getdown splashscreen and fixed Jalview's Java Console installer version reporting

JAL-3420 multiple file extensions for the same mime-type now work in unix installer

JAL-3449 install4j version, install4j template version, getdown version now all being reported in Javliew console

JAL-3477 merging in 3477

JAL-3393 Improved background image for DMG finder window, and associated files for creating it

JAL-3449 adding an installer template version. Really an md5 and a commit hash

JAL-3449 added an install4j compiler var

JAL-3449 JAL-3394 merged on install4j8 template

Merge branch 'improvement/JAL-3393_DMG_Finder_window_improvements' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

Merging in JAL-3393, better Finder window for DMG

JAL-3449 Using .gitignore from Jalview-JS/develop

JAL-3449 Using tidied build.gradle and gradle.properties from Jalview-JS/develop

JAL-3477 A bit of refactoring for the better

JAL-3210 cache getdown config, remove jvmmem options for better defaults

JAL-3210 removing overly complicated logging. Settling for System.out.println and System.err.println for MemorySetting output

JAL-3210 Added in the build*xml files for helper tasks

JAL-3210 use JSUtil methods getFileBytes, getApplet

JAL-3210 removed 'all' core due to problems

JAL-3477 New jvmmemmax config option in getdown and getdown config. Set to 32G cap.

JAL-3477 New sensible default decisions on memory, and new jvmmemmax setting for setting absolute memory level

JAL-3210 slight classpath adjustment for Eclipse

JAL-3210 Clean transfer site dirs after syncing when developing in Eclipse, to prevent unnecessary results in searches.

JAL-3210 oops. forgot to neaten out the buildProperties change in build.gradle. done now

JAL-3210 need this .gitignore addition for the new location of .build_properties

JAL-3210 .build_properties now created in /resources, which is found in Eclipse/buildship classpath. Does not affect jar build

JAL-3210 Auto copy j2s plugin to Eclipse IDE dropins dir. Off by default

JAL-3210 add more memory to javaexec running closure compiler

JAL-3210 task jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin compares installed net.sf.j2s.core with version in eclipse being run

JAL-3210 Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances, again

JAL-3210 Improved dirs in build.gradle. Fixed _all core (added exclusions). Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances

JAL-3210 merge.  j2sclasslist_jmol seems to be removed

JAL-3210 multiple core templates.

JAL-3210 multiple core templates. work in progress

JAL-3210 Test with coreall.z.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3274 resource path correction, code tidying (constants etc)

JAL-3210 working in Eclipse improvements

JAL-3210 minor fix

JAL-3210 Better ustEclipse IDE/CLI refinements

JAL-3210 Better use of ext properties, no more globals, auto detect Eclipse IDE

Revert "JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop"

This reverts commit 9499aed89323b8f53689d6428ffc9b32250eae6c, reversing
changes made to fb616bbaa70ca0f8bbae7e076f3c403a737205a9.

Still not working right in Eclipse

JAL-3210 Moved local.properties override into ext, now picked up in Eclipse IDE

JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop

JAL-3210 _jalview core published, added to jalviewjsTest.html

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 PublishCoreTemplate task

JAL-3210 Add a local.properties ECLIPSE_IDE_DEVELOPER=true to prevent headless eclipse from running

JAL-3210 BuildAllCores dependencies carefully implemented so Eclipse does not call headless task

Revert "JAL-3210 work in progress on closures"

This reverts commit 581fcc0aab400bcdd52f5c0ec64f34a8fd5e786a.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)"

This reverts commit 9fe5286cbcbbfdca0e9548e6ab1b6543871a8073.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 small tidies"

This reverts commit ed512fe4ab6c8a61bbf2e3b9d2b09ea9746af78d.

Seems to have broken development in Eclipse IDE.  Reverting.

JAL-3210 jmol, stevesoft and publish template tasks in progress

SwingJS update adds java.awt.Taskbar (untested)

JAL-3210 small tidies

JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)

JAL-3210 work in progress on closures

JAL-3274 .build_properties now copied to j2s in jalviewjs site

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

new transpiler - important!

fixes null pointer exception report for bad package declaration in a
Java file.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Revert "JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle"

This reverts commit aaa5f22a4544c3e72b5d29ef2f319e55af8e14f7.

JAL-3210 JAL-3130 skip Taskbar in JalviewJS

JAL-3210 reverted (ignore previous commit)

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 JAL-3130 can't read java.specification.version in JalviewJS

JAL-3120 JAL-3130 can't read "java.specification.version" in JalviewJS

JAL-3210 JAL-3330 use SequenceOntologyLite in JalviewJS

JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle

JAL-3210 JAL-3263 redo 'Mandarin' character for JS-develop pre-applet

JAL-3210 added a 'transfer' dir for unzip files to improve incremental site-building when using Eclipse as IDE

JAL-3474 removed all .cvsignore files stored in the repo

JAL-3468 unit tests updated for changes

JAL-3210 Automatic buildship/eclipse update to site when making changes to code

JAL-3210 Added jdt prefs from applet branch. Made IDE tasks more visible

JAL-3468 truncate feature description to 40 chars in tooltip/menu item

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 unimportant error message

JAL-3210 new transpiler fixes problem that it could have a null-pointer
exception for comparison to history, where, apparently,
IProject.getProject().getLocation() is null.

JAL-3210 catch exception for eclipse

JAL-3210 _j2sclasslist.txt moved into swingjs

JAL-3210 Fixed jalviewjs dependencies. Changed linkCheck to tee output to .out file.  Tidying jalviewjs paths.

JAL-3210 Fixed local.properties setting. Some tidying.

JAL-3210 firming up relative paths with jalviewDir. Some comments on possibility of using eclipse plugins differently

JAL-3210 Some tidying and now using swingjs/*

JAL-3210 Now add/override gradle.properties with local.properties