JAL-2805 finished up interface comments

JAL-2805 re-enabled one2many checks

JAL-2805 interface comments, progress on associating leaves

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2811 Changed to overlay on via graphics context, not separate image

JAL-2811 Missed commit

JAL-2811 Made it work for hidden columns/seqs too

JAL-2831 Attempt at cursor fix for wrapped mode

JAL-2758 update uniprot retrieval test

Merge branch 'bug/JAL-2811' into bug/JAL-2831

JAL-2831 deal with hidden cols and seqs in new cursor code

JAL-2831 Added move viewport event and set up cursor code to use it

Merge branch 'imp/JAL-2774' into bug/JAL-2831

JAL-2758 release notes

JAL-2698 formatting

JAL-2805 interface comments

JAL-2805 some more name changes

JAL-2805 more name changes for clarity

JAL-2805 more interface name changing

JAL-2805 name changed of interfaces for consistency

JAL-2805 Jalview sequence binding interface expanded

JAL-2805 TreeParser now interface based

JAL-2811 Tidy

JAL-2805 Added tree building interface

JAL-2805 name change

JAL-2805 deleted old Aptx class for loading just Newick files

JAL-2805 more interface work

JAL-2794 removed unused interface

JAL-2805 undid accidental double (buggy) binding, more interface support

Merge branch 'features/JAL-2758_shorteruniprot' into develop

JAL-2758 remove configurable behaviour - Uniprot sequences are only assigned IDs derived from Entry name

JAL-2758 typo

JAl-2811 Working for wrapped panels too

JAL-2662 tweak README, format code

JAL-2698 what's new...

JAL-2811 Add layer for cursor in SeqCanvas

JAL-2805 warning messages added if Forester detects file loading issues

JAL-2810 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2810_ftsIDtab' into develop

JAL-2805 First try at loading tree through Forester by calling Aptx main

Added file filters for Forester supported tree formats to the file
chooser window and Forester tree parser in the ActionPerformed of
loading an associated tree, also see Forester commits for more details

JAL-2698 stub for 2.10.3 new known issues entries

JAL-2702 groovy interpreter update and java 9 jnlp release notes

Merge branch 'bug/JAL-2702_groovyconsoleJava9' into develop

JAL-2702 --illegal-access=warn for JVM launch

JAL-2176 removed unused Sequence.index

JAL-2702 update to groovy 2.4.12

JAL-2810 updated help docs for auto search checkbox and retrieve IDs tab

JAL-2784 new checks for gg==null

JAL-2810 updated screenshots in documentation

JAL-2810 auto search checkbox state stored as user preference. Enabled by default.

JAL-2679 example accession changed to CAD01290

JAL-2810 mainFramTabs -> tabs

JAL-2810 simpler tooltip (assume user will work out that pressing return will update results)

JAL-2828 allow CalcId to match on String equivalence (migrated from Alignment’s implementation of findAnnotation)

JAL-2828 refactored duplicate code for searching lists of AlignmentAnnotation to static methods.

JAL-2829 fixes and unit tests

JAL-2562 updated findPosition javadoc to match behaviour

JAL-2794 reorganized node select code, added subtree selection support

JAL-2829 unit tests for failing cases

JAL-2794 comments comments comments

JAL-2794 most method parameters/class variables made final

JAL-2794 comments, selected node now doesn't have to be external per se

JAL-2827 related fixes for stem and non-canonical annotation

JAL-2827 Fix notched repaint of helix annotation when scrolling

JAL-2794 PaintRefresher support, Aptx node selection now shown on align

JAL-2794 interface comment

JAL-2794 Made HashMap with Nodes as keys and sequences as values as well

JAL-2794 Aptx instances get their parent alignment, start on binding

Binding from Alignment to Aptx is now functional (including shift and/or
ctrl presses for multiple sequences), other way around is WIP

JAL-2794 Cleaning up tree conversion, sequences are now in the tree

JAL-2794 getters and setters for finding nodes in forester made public

JAL-2795 created static class for forester conversions

JAL-2794 Interface name change (oops)

JAL-2794 made JalviewTreeViewerBinding an interface

JAL-2794 Added getter for AlignmentViewport to TreeBuilder

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

Revert "JAL-2742 release notes - pending confirmation that there was impact to user"
-- no impact so won't include development detail in release notes.

This reverts commit ba70dbddc08876d8d72bb303823f683b65bf13c7.

JAL-2225 release note

Merge branch 'bug/JAL-2225mapMultipleChains' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2225mapMultipleChains

JAL-2698 14 Nov 2017 release date for 2.10.3

JAL-2775 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2775' into develop

JAL-2810 i18n tab label

JAL-2774 Added javadoc for new event parameters

JAL-2810 ‘Close’ is now ‘Cancel’ in SequenceFetcher panel

JAL-2810 working back button shown for bulk ID retrieval tab in FTS search

JAL-2774 Fix fastpaint of wrapped alignment

JAL-2821 refactored drawPartialGroupOutline

JAL-2810 bulk fetch for PDB IDs

JAL-2804 clearer tooltip for autosearch checkbox

JAL-2794 simplified/clarified associating leaves to sequences

JAL-2756 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2756sequenceidmessage' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2818 modified README for launching jalview from source build

JAL-2794 created tree viewer binding class

JAL-2795 bunch of cleanup and comments

JAL-2795 added back test loop for Aptx tree naming & initTreePanel

JAL-2795 Reverted code changes needed to cluster from Forester

JAL-2795 Forester now NJ-clusters the DistanceMatrix from Jalview