JAL-3225 updated essential files for eclipse project if buildship fails

JAL-3225 This one file needed for project if git clean -dfx run

JAL-3225 fix comparing Eclispe IDE j2s plugin and this branch j2s plugin

JAL-3225 All of .settings now gitignored. org.eclipse...prefs made by buildship or gradle eclipse. Jalview specific prefs pulled in from utils/eclipse/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs

JAL-3210 fix an undefined copyPlugin var and improved warning in Eclipse console when copying plugin

JAL-3210 Fixed Eclipse IDE usage

JAL-3210 New site-resources dir too

JAL-3210 New version of swingjs and supporting .zip libraries. Swing-JS version 3.2.9.v1e

JAL-3210 adjustment to build.gradle, gradle.properties to look for net.sf.j2s.core-j11.jar

JAL-3210 gradle eclipse now uses/inserts utils/eclipse/JalviewCodeStyle.xml into the org.eclipse.jdt.core.prefs

JAL-3210 Ensure skip transpile errors flag is 'false' when channel is RELEASE or TEST-RELEASE

JAL-3210 Added a flag to skip transpile errors, now like in Eclipse IDE. Will want this to be false in production

JAL-3473 Checked value of def and min. Set def to min if lower than min.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3487 updates to transpiler (redone for JS/Develop branch)

JAL-3210 better diagnostics for net.sf.j2s.core.jar missing/mismatch in Eclipse IDE

JAL-3210 Added in the build*xml files for helper tasks

JAL-3210 use JSUtil methods getFileBytes, getApplet

JAL-3210 removed 'all' core due to problems

JAL-3210 slight classpath adjustment for Eclipse

JAL-3210 Clean transfer site dirs after syncing when developing in Eclipse, to prevent unnecessary results in searches.

JAL-3210 oops. forgot to neaten out the buildProperties change in build.gradle. done now

JAL-3210 need this .gitignore addition for the new location of .build_properties

JAL-3210 .build_properties now created in /resources, which is found in Eclipse/buildship classpath. Does not affect jar build

JAL-3210 Auto copy j2s plugin to Eclipse IDE dropins dir. Off by default

JAL-3210 add more memory to javaexec running closure compiler

JAL-3210 task jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin compares installed net.sf.j2s.core with version in eclipse being run

JAL-3210 Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances, again

JAL-3210 Improved dirs in build.gradle. Fixed _all core (added exclusions). Possibly fixed eclipse_workspace_location disappearances

JAL-3210 merge.  j2sclasslist_jmol seems to be removed

JAL-3210 multiple core templates.

JAL-3210 multiple core templates. work in progress

JAL-3210 Test with coreall.z.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3274 resource path correction, code tidying (constants etc)

JAL-3210 working in Eclipse improvements

JAL-3210 minor fix

JAL-3210 Better ustEclipse IDE/CLI refinements

JAL-3210 Better use of ext properties, no more globals, auto detect Eclipse IDE

Revert "JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop"

This reverts commit 9499aed89323b8f53689d6428ffc9b32250eae6c, reversing
changes made to fb616bbaa70ca0f8bbae7e076f3c403a737205a9.

Still not working right in Eclipse

JAL-3210 Moved local.properties override into ext, now picked up in Eclipse IDE

JAL-3210 merging in Jalview-JS/develop

JAL-3210 _jalview core published, added to jalviewjsTest.html

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 working on dependencies for publishcoretemplate. tidying

JAL-3210 PublishCoreTemplate task

JAL-3210 Add a local.properties ECLIPSE_IDE_DEVELOPER=true to prevent headless eclipse from running

JAL-3210 BuildAllCores dependencies carefully implemented so Eclipse does not call headless task

Revert "JAL-3210 work in progress on closures"

This reverts commit 581fcc0aab400bcdd52f5c0ec64f34a8fd5e786a.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)"

This reverts commit 9fe5286cbcbbfdca0e9548e6ab1b6543871a8073.

Seems to have broken development in Eclipse IDE. Reverting.

Revert "JAL-3210 small tidies"

This reverts commit ed512fe4ab6c8a61bbf2e3b9d2b09ea9746af78d.

Seems to have broken development in Eclipse IDE.  Reverting.

JAL-3210 jmol, stevesoft and publish template tasks in progress

SwingJS update adds java.awt.Taskbar (untested)

JAL-3210 small tidies

JAL-3210 Added jalviewjsBuildAllClosures. Improved incrementality of jalviewjsSetEclipseWorkspace and jalviewjsProjectImport and hence jalviewjsTranspile :)

JAL-3210 work in progress on closures

JAL-3274 .build_properties now copied to j2s in jalviewjs site

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

new transpiler - important!

fixes null pointer exception report for bad package declaration in a
Java file.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Revert "JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle"

This reverts commit aaa5f22a4544c3e72b5d29ef2f319e55af8e14f7.

JAL-3210 JAL-3130 skip Taskbar in JalviewJS

JAL-3210 reverted (ignore previous commit)

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 JAL-3130 can't read java.specification.version in JalviewJS

JAL-3120 JAL-3130 can't read "java.specification.version" in JalviewJS

JAL-3210 JAL-3330 use SequenceOntologyLite in JalviewJS

JAL-3210 default eclipse .project .classpath and .settings/org.eclipse.jdt.core.prefs so Eclipse as IDE can import without gradle

JAL-3210 JAL-3263 redo 'Mandarin' character for JS-develop pre-applet

JAL-3210 added a 'transfer' dir for unzip files to improve incremental site-building when using Eclipse as IDE

JAL-3210 Automatic buildship/eclipse update to site when making changes to code

JAL-3210 Added jdt prefs from applet branch. Made IDE tasks more visible

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 unimportant error message

JAL-3210 new transpiler fixes problem that it could have a null-pointer
exception for comparison to history, where, apparently,
IProject.getProject().getLocation() is null.

JAL-3210 catch exception for eclipse

JAL-3210 _j2sclasslist.txt moved into swingjs

JAL-3210 Fixed jalviewjs dependencies. Changed linkCheck to tee output to .out file.  Tidying jalviewjs paths.

JAL-3210 Fixed local.properties setting. Some tidying.

JAL-3210 firming up relative paths with jalviewDir. Some comments on possibility of using eclipse plugins differently

JAL-3210 Some tidying and now using swingjs/*

JAL-3210 Now add/override gradle.properties with local.properties

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 tidying j2s and swingjs

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3210 transpiler fix for package foo with path .../foo/.../foo

JAL-3210 Added eclipse instance info in j2s-transpile.out log.

JAL-3210 Tidied more build.gradle. Different j2s versions for different eclipse versions -- temporary. Only 2019-06 working.

JAL-3210 Using j2s plugins that work for 4.12.  net.sf.j2s.core-3.2.4.08.jar not working yet

JAL-3210 Trying out new 3.2.4.08 j2s

JAL-3120 consistent paths/property interpolation in build.gradle. Test classes. Clean task corrections.

JAL-3210 Fixed cleaning tasks.

JAL-3210 changed .classpath in eclipse_files.zip

JAL-3210 some tidying

JAL-3210 Added .j2s creation task for Eclipse IDE

Merge branch 'Jalview-JS/develop_with_gradle_build' of https://source.jalview.org/git/jalview into Jalview-JS/develop_with_gradle_build

JAL-3210 renamed jar for consistency

JAL-3120 Emergency eclipse files in case you don't have gradle CLI

JAL-3210 Better integration with Eclipse as IDE. FIXED THE TEST JAR ATTRIBUTE, HOORAH

JAL-3210 small fix for jalviewjsBuildDir