JAL-4034 showConfirmDialog works for both desktop and jalviewjs

JAL-4034 Non-blocking 3D Beacons query after warning dialog

JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level

JAL-4034 fix #3 change uniprot ref fetch dialog to a ‘warning’ shown when many ids have to be retrieved

JAL-4034 Fix #2 show an icon and a button to press to initiate search

JAL-4034 fix 1 - reword button

JAL-4012 updated release date and whats new for 2.11.2.3

JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot

Merge branch 'patch/JAL-4036_uniprot_fts_legacy_endpoint' into develop

JAL-4036 JAL-4012 note about Uniprot FTS workaround in search documentation, and update to release notes and what’s new

JAL-4036 use the legacy endpoint (and report the FTS query when debug/trace enabled)

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Don't put Quit in the File menu if there's a handler for it

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Check for setHandler capability to avoid About and Preferences menu options disappearing into a void

JAL-3027 Avoid FlatLAF Desktop class is JalviewJS

JAL-4012 release notes for JAL-1988,JAL-3416

JAL-1988 JAL-3416 avoid unnecessary static flag

JAL-3418 JAL-1988 don’t need java version check anymore

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into develop

JAL-1988 Hack to ensure Quit dialog box is moved to front

JAL-1988 Moved APQHandlers to jalview.jbgui and called from jalview.jbgui.GDesktop. Use result to not add About and Preferences to normal menus.

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

JAL-4004 Fix missing whatsNew.html when not building with RELEASE channel set

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option

Merge branch 'improvement/JAL-1988+JAL-3416_Java8_macOS_APQHandlers_and_FlatLaF_option' into improvement/JAL-1988+JAL-3416_flatlaf_osx_apqhandler

JAL-3416 remove flat as default for linux

JAL-1988 JAL-3416 Using the flatlaf-extras About, Preferences and Quit handler system to set APQhandler for both J9+ and now Java 8

JAL-3416 Added some mac specific FlatLAF settings.  Note this is not the default macOS LaF, this is only when -Dlaf=flat is set on a mac when running Jalview

JAL-3416 updated FlatLAF libraries to 2.3.  Added the flatlaf-extras library

JAL-4012 - JAL-4020 release notes and a bit of ‘troubleshooting’ documentation

Merge branch 'bug/JAL-4020_add_pymolwin_paths' into develop

JAL-4004 add the autogenerated whatsNew.html and releases.html to .gitignore

JAL-4014 release notes for JAL-4026 patches

JAL-4026 increase timeouts for command line ops

JAL-4026 ignore StructureSelectionManager events if no viewer is available to act on them

JAL-4026 always wait 50ms before checking if the calculation worker is still running so it has time to start.

JAL-4026 update the viewport’s wrapped width after calculating it

JAL-4014 release notes for JAL-4023 and JAL-4024

Merge branch 'improvement/JAL-4023_snotation_for_trees' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4024_jumpScrollHang' into develop

JAL-4012 what’s new and release notes (in the new styleee!) for JAL-4004, JAL-3989 and JAL-3553

JAL-4004 delete temporary file mistakenly checked in

Merge branch 'issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4004_merged_with_develop' into develop

JAL-4024 only render partially when new view overlaps with last rendered annotation panel view

JAL-4020 class formatting

JAL-4020 added the \Scripts\pymol.exe. to the pathList

JAL-4020 Added the +2 arg for PyMOLWin.exe allowing older versions of PyMOL

JAL-4020 updated tests

JAL-4020 class reformatting

JAL-4020 Added path search for global installation path and older version installation paths

JAL-4023 use %g for distances (scientific notation for very small or large values)

JAL-4020 Added search for PyMOLWinWithConsole.bat (and PyMOLWin.exe) in likely places starting with default install dir.  Added a new version (1.3) to ChimeraX

JAL-4023 store distances as doubles

Merge branch 'develop' into issues/JAL-3553+JAL-3978+JAL-3989+JAL-4014_merged_with_develop

Took Issues Resolved (1 issue) from releases.html 2.11.2.3 row and put
in help/markdown/releases/release-2_11_2_3.md
and regenerated releases.html with
gradle releasesTemplates

Merge branch 'patch/JAL-4008_jabaws_2_2_1_patch' into doc/release_2_11_2_3

JAL-4012 JAL-4008 release notes for Jalview 2.11.2.3

JAL-4008 update jabaws client to 2.2.1 - definitely no log4j references !

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch'

JAL-4004 cosmetic improvements for Java documentation renderer

JAL-4004 gradle task releasesTemplates now part of main build dependency tree. Improvements to releases.html.

JAL-4004 working templates and generated whatsNew.html and releases.html file for both browser and Doc viewer

JAL-4004 remove stray empty h3 headers

JAL-4004 gradle releasesTemplates builds releases.html

JAL-4004 Temporary mechanism to add JalviewJS link for selected versions to hugo website

JAL-3989 Code tidying, added JVL_HEADER for older versions of Jalview, allow time in release date header

JAL-4004 Now generating hugo files from help/markdown/...

JAL-4004 existing releases-VERSION.md files and releases.html template

JAL-4004 locations for markdown to go into whatsnew.html, releases.html and Version-VERSION/_index.md

JAL-3989 improved parsing and formatting now using flex CSS layout for columns

JAL-1544 minor errors in releases.html and one missing version (2.8.2b1)

JAL-3989 small improvements to output markdown

JAL-3989 add in issue shortcodes to the archive version page changes list

JAL-1544 version number typo, probably copy and paste

JAL-3989 Populate template files for hugo build: archive version files including changes from releases.html, and installers data file

JAL-3989 moved getdown build dirs to build/website/docroot/getdown/CHANNEL, build/website/docroot/old/VERSION and build/getdown/files, and files for hugo into build/website/hugo/...  This is better in multiple ways including collating files needed for the hugo website and website docroot.

JAL-3989 Independent creation of JSON installer sections

JAL-3978 clean up unnecessary local variables for JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES

JAL-3989 Changed to using com.google.common.hash for SHA256 sum, for gradle 7 compatibility

Merge branch 'develop' into merge/JAL-3978+JAL-3553+develop+JAL-3989

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3992 bump version and report updates in 2.11.2.2 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3997_NPE_in_wrapped_mode' into develop

Merge branch 'bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm' into develop

JAL-3997 check for tooltip being null before checking equivalence to last tooltip string

Merge branch 'task/JAL-3992_update_docs' into bug/JAL-3365_extendedDSSP_via_stockholm

JAL-3992 fix path

JAL-3365 expand range of allowed DSSP secondary structure symbols in Stockholm files

JAL-3992 shift+arrow to jump to next gap/residue in cursor/keyboard editing mode

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 release notes and what’s new

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3981 patch tests and remove errant imports

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3990 gradle spotlessApply

JAL-3990 release notes for 2.11.2.1 patch release

Merge branch 'bug/JAL-3980_JAL-3981_tooltips_sequence_details' into develop

JAL-3989 slight refactor of build.gradle, add more metadata to JSON file. Added some commented out path changes to gradle.properties for future gathering of built files into more sensible places

JAL-3989 fix a build date once in build.gradle, not each time getDate() is called.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch