JAL-1705 merge contiguous ranges when constructing a MapList (e.g. for
exons in cDNA)

JAL-1705 add exon name to features and render on peptide (to show
boundaries)

JAL-1705 use GET for single queries; set gene name as description on
transcript

JAL-1705 derive transcript sequences from gene sequence/GFF; handle CDS
phase != 0

JAL-1705 EnsemblGene added, and related refactoring

JAL-1997 database browser support tooltip if available

JAL-1355 get dialog title from message bundle

JAL-1705 copy 'show sequence features' setting in 'show products'

JAL-1705 todo comment re writing DBRefEntry/SequenceFeature to dataset

JAL-1705 compute peptide variants from dna; add "consequence" feature on
CDS

JAL-1705 transfer features to the dataset sequence if there is one

JAL-1705 reworked Ensembl clients now fetching and mapping features &
peptide

JAL-653 refactor / tidy

JAL-653 JAL-1705 set strand for GFF sequence feature

JAL-1705 removed (only) usage of otherwise unused constant

JAL-653 comments/javadoc tidy only

JAL-1796 parse ensembl genomic coordinates to set start position

JAL-1705 AlignmentUtils method renamed

JAL-1705 ENSEMBL added, unused constants removed

JAL-1705 features transferred to CDS sequence; makeExon renamed makeCds

JAL-1705 redundant comment removed

JAL-1705 suppress jvsuffix (for sequence id matching to work)

JAL-1705 unused import removed

JAL-1705 include dummy sequences in returned alignment

JAL-1705 tidy and todo comment, no functional change

JAL-1705 tests for amended toString

JAL-1705 added isSequenceVariant(), commonly used SO terms as constants

JAL-1705 isFromForwardStrand added; toString (for debug) tweaked

JAL-1705 canonicalise ENSEMBL name; code tidy

JAL-1705 get xrefs only for dna/peptide; code tidy

JAL-1705 toString() added (for debugging)

JAL-1705 isEmpty() and (debug) toString() methods added

JAL-1191 cache isA (great-)grandparents as well for fast isA testing

JAL-1705 DbSourceProxy properties converted to methods, tidy/format code

JAL-653 updating 'align as' tests to match latest tweaks to algorithm

Merge remote-tracking branch 'origin/features/JAL-1705_ensembl' into
features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-653 typed map for feature colours in method signature

JAL-1191 check for obsolete term when descriptions are duplicated

JAL-1191 unzipped OBO file removed

JAL-1191 zipped SO OBO file added to /resources, more tests added

JAL-1191 more test cases

JAL-1191 and provide the SO OBO file in /resources :-)

JAL-1191 SequenceOntology wrapping/caching SO.OBO via BioJava library

JAL-1191 stub class for a SequenceOntology wrapper

JAL-1551 don't autoformat /* comments */

JAL-1421 parameterised map constructor used

JAL-653 encapsulate Strand, Attributes, Status of SequenceFeature

JAL-653 realise virtual mappings and align when adding sequences

JAL-391 new Calculate options to Reverse, Reverse Complement nucleotide

JAL-653 AlignedCodonFrame collections changed from Set to List

JAL-653 set showSequenceFeatures=true on loading a FeaturesSourceI

JAL-653 GFF new/refactored helper classes

JAL-653 AlignedCodonFrame internal refactor, merge ranges with
MapList.addMapList

JAL-653 hold AlignedCodonFrame collections as list rather than set

JAL-653 code tidy / tests for 'realise gff mappings'

JAL-653 handle reverse strand mapping in SearchResults matches

JAL-653 mappings always reside on the dataset alignment if there is one

JAL-653 handle reverse strand mappings also

JAL-1421 generics loop syntax; 'bug?' comment added

JAL-653 test for 'resolving GFF mappings to sequences' (wip)

JAL-653 small comment change only

JAL-652 refactored to remove one method

JAL-653 (experimental) 'realise' dummy sequences in add alignment

JAL-1980 check for null alignment; JAL-1551 @Override's added

JAL-653 (experimental) methods to resolve dummy to real sequence

JAL-1270 constructor test added

JAL-653 getStrand javadoc/refactor/test

JAL-1421 use generics JAL-1551 @Override annotations added

JAL-1270 constructor tests added, compiler warnings removed

JAL-652 further refactoring / tests

JAL-652 correct case for test file name

JAL-653 MapList constructor merges any contiguous ranges

JAL-653 Gff tests moved back in to FeaturesFileTest

JAL-653 test for 'groups file' and mixed Jalview/GFF

JAL-1968 remove feature links

JAL-653 JAL-1968 FeaturesFile now handles Jalview or GFF2 or GFF3
(partially); feature links option removed

JAL-1961 update link to GFF2 spec

JAL-653 added missing pragma string to processing filter

Merge branch 'features/JAL-1705_ensembl' of source.jalview.org/git/jalview into features/JAL-1705_ensembl

JAL-1705 type enum can encapsulate the corresponding url parameter value

JAL-653 JAL-1766 merge 290b1 - fix erroneous conflicts on test asserts

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

Merge branch 'develop' into features/JAL-1705_ensembl

JAL-1791 remove blanket sign of examples/*.jar

JAL-1791 id rather than name attrib

JAL-1791 sign the applet with/out timestamps

JAL-1791 add explicit proxy for benefit of jalview's build server when timestamping signed jars

JAL-1791 fix ant target dependencies

JAL-1791 make timestamping optional using -Dtimestamp

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

Merge branch 'bug/JAL-1923_290b2_group_annots' into develop

JAL-1923 formatting

JAL-1923 add groups to codon-complement and notify annotation update for all linked views

JAL-1923 fix: don’t add group twice

JAL-1684 updated fragment alignment for example and added aligned protein and cDNA

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 add licensing

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1894 update what's new