JAL-3379 JalviewJS-API specs - preliminary

JAL-3446 embedded file for proper name matching

web app name "Jalview"

div id="Jalview-desktop-div"

So whatever name you give the applet must match the div tags.
Previously, the div name was associated with a different name,
Info.j2sAppID, or something like that. This is much more sensible.

Just don't name it "jalview", because that is a package name!

JAL-3446 UrlDownloadClient and Test

 - moving download to Platform
 - trivializing JavaScript method
 - expanding SwingJS to allow for nio methods

Note: SwingJS preserves byte[] in the File, Path, or FileOutputStream
objects as well as in J2S._javaFileCache. Because of that, one thing you
have to look out for is stale references. In this case, we have:

temp = new Path(...);
fos = new FileOutputStream(temp.toString);

now two independent pointers both refer to the tmp file.

rbc = new
   ReadableByteChannel(url.openStream());
fos.getChannel().transferFrom(rbc);

Now the bytes are in fos's channel, but they are not associated yet with
"tmp".

Files.copy(tmp, outfile);

This wasn't working in JavaScript, because Path tmp was out of date, and
so no bytes were being copied.

Working now, but still far to complicated for the simple operation of
transferring bytes from an InputStream to a File in JavaScript.

JAL-3446 Desktop JS needs       getIdentifiersOrgData();

JAL-3446 forgot to escape Java in modified Platform.getAppID

JAL-3446 new Locale("") moved to Platform for review.

JAL-3446 AlignmentSorter/Test   more documentation; bit cleaner code

JAL-3446 AlignmentSorter/Test fixed for instance

JAL-3446 removes all JalviewJSApp dependency from jalview.bin.Jalview;
cleans up logic in Jalview.doMain

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Refactoring of Jalview, JalviewAppLoader, JalviewApp, various
applet-related interfaces

- makes JalviewJSApp the JavaScript interface "app" class
- removes JS interface from Jalview
- removes JalviewAppLoader and associated duplication of classes
- adds JavaScript selection and "oninit" listeners (untested)

SwingJS upgrade for JSUtil and JSUtilI

JAL-3446 new Jmol 15.1.3 jar

- into j8lib

- removes netscape package dependence

JAL-3225 Minor change to building.md for flexmark, and html output files from the process, handy to have in repo for developers

JAL-3225 Removed dependency on command line pandoc to convert .md files to .html.  Now all files in doc/*.md will get converted to doc/*.html using flexmark within gradle process.

JAL-1191 reduce logging level for warnings

JAL-3446 post-merge unit test fixes, formatting

I see...

adds link for __j2sflags.htm to template.html

updated template.html

_jvjmol.txt

JAL-3664 support for new Locale(""), meaning "not actually a
ResourceBundle, just one file (MessageManager)

JAL-3664 support for user.home, user.dir, user

JAL-3446 adds SIFTs JAL-3625 SiftsClient

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider missing for
RestClient; others are just cosmetic

JAL-3446 AsyncSwingWorker upgrade

JAL-3446 from JAL-3253 Discoverers

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider
StructureSelectionManager and others

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider Desktop

JAL-3446 from JAL-3253 ApplicationSingletonProvider 1/many

JAL-3446 JAL-3401 from JAL-3253 HoldRepaint and SeqCanvas sizing issues.

- integrated changes from 0b573ed (gmungoc)

JAL-3446 from JAL-3253-applet Jalview2XML integration (retains
GeneLocus; switches to invokeLater)

JAL-3446 from JAL-3253-applet Desktop and Jws2Discoverer getInstance()

JAL-3446 JAL-3401 from JAL-3253-applet AlignmentPanel.holdRepaint

JAL-3446 from JAL-3253 AppletFormatAdapter not fixed

Preferences/StructureViewer fix

this was supposed to go on a separate branch. Didn't know I had to be
sure I was synchronized.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3446 JAL-3253 JAL-3445 BSML bbb XML format reader (preliminary)

JAL-3225 some fixes to build.gradle for working in Eclipse and not always changing doc/building.html

JAL-3446 JAL-3253 Preferences

- unnecessary static initialization of StructureViewer

JAL-3446 from JAL-3253-applet StockholmFile updated to 26b115b (gmungoc)

helpful hints from Ben

JAL-3446 latest jmol zip from JAL-3253-applet (commit c28e0a1)

JAL-3446 fix broken test

Bob's gitignore addition

/build-site.xml
/buildcore.xml
/j11lib/intervalstore-v1.0.jar

JAL-3626 from JAL-3253-applet Jalview.java

adds JalviewLite interface; removes deprecated AppletContext interface

JAL-3626 from JAL-3253-applet Cache applicationProperties made private

-- adds remove/setPropertyNoSave

JAL-3626 from JAL-3253-applet Cache applicationProperties made private

-- adds remove/setPropertyNoSave

JAL-3626 from JAL-3253-applet web page embedding

JAL-3626 from JAL-3253-applet JalviewLite scrollTo capability

JAL-3626 from JAL-3253-applet CalculationChooser

-- dissociated from panel for static access by JavaScript

JAL-3626 from JAL-3253-applet StructureViewer/Chooser

-- disassociates viewer launch from chooser
-- for JavaScript interface

(sorry about JAL-3262 ref previously)

JAL-3262 from JAL-3253-applet temp. Desktop instance hack

JAL-3262 from JAL-3253-applet JalviewApp integration

JAL-3262 from JAL-3253-applet JalviewApp integration

JAL-3262 from JAL-3253-applet AppletParams + Cache.setPropertyNoSave

JAL-3262 from JAL-3253-applet ArgsParser

JAL-3262 from JAL-3253-applet Platform JS interface upgrade

JAL-3262 from JAL-3253-applet Preferences final static String upgrade

JAL-3262 from JAL-3523-applet JalviewApp and JalviewJSApi

 - removes JaliewJSLite dependence
 - removes AlignFrameI reference

JAL-3262 from JAL3253-applet core_jvjmol.z.js static load

JAL-3626 Regex optimization from JAL-3253-applet; also minor
StockholmFile for loop opt.

THIRDPARTYLIBS referred to intervalstore-v1.0 still

corrects Platform.openURL

JAL-3626 adding compatible Platform.java

SwingJS update

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

swingjs/api, javajs/async

JAL-3225 small fixes for building within Eclipse

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into Jalview-JS/develop

JAL-3626 transpiler and SwingJS upgrade

Varna fix for hashtable.remove(value) [unclear]

JAL-3636 ColorUtils cleaner test for hex color

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Gitter comment 2020.05.28 Cache.log.err(msg) not appearing

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3624 use temp file for SIFT download in JS, correct unmarshalling

JAL-3624 log when SIFTS mapping fails

JAL-3541 ensure deletion of cloverReportDir

JAL-3541 small fix for clover.xml location expected by build server plugin, and comment clarity

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 disable test failing on build server

Merge branch 'bug/JAL-3541_cloverReport_gradle_task_fails' into develop

JAL-3541 added a property/variable style comment to build.gradle

JAL-3624 log when SIFTS mapping fails

Merge branch 'feature/JAL-3624siftsInJS' into develop

JAL-3541 selectively merged build.gradle and gradle.properties

JAL-3626 rescue automatic configuration of JALVIEW_VERSION from the RELEASE properties file, and exclusion of ‘examples’ from the windows installer.


JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3624 use temp file for SIFT download in JS, correct unmarshalling

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3529 test updated for revised signature of getDBRefs()

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-3541 Fixed report path for build artifacts

JAL-3541 Added mem setting and jvmArgs for cloverReporting

JAL-3541 Individual tests now instrumented and reported.  Added cloverConsoleReport.

JAL-3541 Helpers for running tests, and other commands headlessly