pfam seed and full alignment retrieval and nicer ordering of sequence db sources in combobox

added 'showbutton' applet parameter

update to feature list (more to come here for 2.4 release)

new SequenceFetcher gui and visual delay indication for initialisation and fetching

updated jalview version of dasobert 1.53e client and added Das Sequence Source discovery to the sequence fetcher

todo

interface for windows that display progress bars

use canonical DbSource name in GUI box, and ensure only one instance of DbSourceProxy is presented for each canonical name

refactored method for registering instance of a dbSource with the SequenceFetcher from the factory method for creating a dbSource instance

quick fix for the new uniprot name schema - description line for retrieved uniprot sequences gets the first recommendedName.fullName string found in the entry.

added specific retrieval arguments to SequneceFetcher's main method.

resolve 1:many mappings for sequence associated annotation to all alignment sequence(s) with same ID

resolve 1:many mappings from feature sequence ID to alignment sequence(s) with same ID

allow findSeq to begin *after* a given sequence in the alignment

Sequence label colour stored for each sequence group

comment

annotation file format updated to take idColour and specify single colour groups with rgb triplets and names

Sequence label colour stored for each sequence group

User defined colourschemes are automatically generated from colour names or RGB colour triplets

prevent exception when no default timeout is specified

ensure annotationElements in non-graphical annotation objects do not automatically get values

javadoc and constraint to ensure annotation labels are not wider than alignment frame

java 1.1 compatibility

timing of 'on load' output before any gui thread operations

safer retrieval of groovy scripts from URLs

included includeGaps flag in clustalW colour calculation - behaviour for includeGaps=false is not verified to match ClustalX as yet.

added URLEncoder.encode to properly escape CGI encoded arguments so they are safely transmitted to the launchApp servlet.

local sequence properties are preserved in SeqCigar representation of sequence using SeqHash/SeqUnhash in jalview.analysis.SeqsetUtils. Ensures input data and alignment results from webservice have same visible names as original sequences input.

Uniprot is not actually a multi-acc capable source any more. see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=32464

bugfix so MULTI_ACC capable sources value property is actually used by DBRefFetcher

minor bugfix for case when PDB sequence strings are not parsed and added new javascript API methods for getting selected sequences (https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=32977)

fixed Jalview project archive bug where alignment view is not written to Jar that was introduced through refactoring JarEntry output code.

bugfix to avoid null pointer exceptions being raised for groups with no colourscheme set.

fix for unicode char labels causing arrayOutOfBoundsException bug spotted by cameron weadicks

comments and version wget ping timeout fix for when www connection is unavailable due to proxy taking too long to respond

added SeqSearch service interface. Documented and refactored web service client (tbc - more refactors to come).

trial fix for parsing NHX style trees to extract the bootstrap values

potential fix for hang on opening of application window when run in a proxied network environment (splashscreen constructor blocks whilst jalview.jnlp is fetched)

typo on Jalview help url

documented and refactored to facilitate headless feature file generation

added centre column labels menu entry to format menu

added centre annotation labels menu entry (and commented out SeqSearch web service handler builder code)

centrecolumnlabels format menu item and parameter added to applet

castor debug option cleared

bugfix for refactoring (webservice windows wouldn't open!!)

javadoc and refactor of setWebService method to allow headless client operation

todo for refactoring webservice GUI creation mechanism

javadoc for webservice client tutorial

todos

javadoc and quiet flag

fix JPred thread so job aborts if submission fails.

quick fix for conservation calculation when residue ambiguity codes are used.

bug fix for Features/Annotations file parameter parsing in JalviewLite reported and fixed by Daron Standley and Reiko Yamashita. Also enhanced Jmol to allow  it to be used to view PDB files retrieved via Classloader in the Applet

first hack to get true DNA and Sequence highlighting from Structure mouseovers

correction to Jnet service documentation

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

sequenceId is a string, not an integer - allows generation of unlimited unique sequential sequence Ids

valid format for writing test

probably unnecessary optimisation (SequenceGroup.addSequence is probably rate limiting step here)

On 'save' menu entry check to see if fileformat is a valid output format and open save as dialog if it isn't.

CDS segment index

possible fix for stockhom ss-annotation re-creation after it is saved to Jalview project

index number for contiguous part of mapped sequence feature

javadoc

typo for AXISLOGLEVEL  constant

explicit quote of chaincode in errror message

minor change to output of main method for testing file IO

groovy from stdin

memory usage information and flag to indicate if warning dialog boxes should be raised when problems occur.

add methods to read from current position of existing fileParse object.

ensure mark is set before identification is started.

FileParse object can be re-used to read different files concatenated together

flag to indicate if errors are raised as warning dialog boxes or not.

explicitly allow access to showMemoryUsage flag in myDesktopPane

javadoc

groovy scripts can be read from stdin

reinstated proper case insensitive searching for both upper and lower case

timings and memory usage for reading in a file

more efficient parsing of large files, do not create sequence features from GR annotation positions with '.'

ensured that seqeunce feature shift takes into account start position difference w.r.t. db seqeunce

new method to get map of sequence positions corresponding to alignment columns

fix regex for annotation subtype to use non-whitespace presence rather than word boundary tokens

javadoc and main method for testing file input routines

javadoc

draft of 2.4 features in feature list

added groovy documentation to contents

jalview memory monitor instructions added

desktop tools menu updated

groovy and das fetching stuff in command line argument list

documentation  for groovy console and basic groovy scripting support

added groovy argument for launching a groovy script from the command line

memory monitor, garbage collection and changed menu item for groovy console opening

uniprotxml format comment (ebi changed service parameter)

source directory tree documentation

automatic dbref fetching and sequence validation for arbitrary databases

further bugfix and annotation transfer for dna/protein (still issues with non-codon translation mapping generation)

javadoc and bugfix

sequence db fetcher and db reference validation/annotation transfer

sequence db fetcher metadata for multiple sequence fetch capacity