Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3821 data file for failing test

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3821_reinstate_patch' into develop

JAL-3821 less ambiguous base class name for EMBL and GenBank flat file parsers

JAL-3821 ported to refactored FlatFile parser

JAL-3821 failing test

JAL-3692 JAL-3861 remove extra call to .parse() so we don’t process the file again

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'patch/JAL-3874_newJmolAndGradleDedup' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3691 automatic insertion of Locale.ROOT to toUpperCase() and toLowerCase() and added import java.util.Locale appropriately

JAL-3746 release notes and what’s new for 2.11.2 - in progress

Merge branch 'doc/JAL-3746_Release_2_11_2' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 - callback finessing - leave DBRefFetcher to do progress updates itself

JAL-3829 prefix PDBe filters with PDBe to make clear what they search

JAL-3829 alternative UX: need to select 3d-beacons from dropdown if db-refs need to be fetched

JAL-3829 ignore the fake ID generated when a PDB format file without embedded ID is imported for an existing PDBEntry

JAL-3521 'Debian-safe' version of minimal build.gradle and patch. Using existing doc/*.html and build_properties from source tarball.

JAL-3521 Created a patch file to transform build.gradle into debian_build.gradle

JAL-3829 updated response for P01308

JAL-3829 tests need to wait for dialog to be closed and background processes to finish before they can check functionality

JAL-3829 TDBeacons fetcher needs a sequence with at least one canonical uniprot accession

JAL-3829 throw the exception even if it has no message

JAL-3829 ensure nulls are not wildcards when retrieving annotation by calcId/label/description

JAL-3521 working minimal build.gradle for debian and 2.11.2. Flexmark plugin might be a problem

JAL-3521 not quite working minimal build.gradle for debian and 2.11.2

JAL-3829 do better at detecting structure type, prompt to retrieve Uniprot ids for proteins without canonical Ids and show provider in the Structure Chooser’s cache view

JAL-3829 make sure structure data type reflects actual format identified

JAL-3829 store 3db metadata on PDBEntry so it can be shown in Cache/etc

JAL-3829 allow PDBEntry with file and ID with mismatching case to override one without a file

Merge branch 'merge/develop_JAL-1260' into develop

JAL-1260 rudimentary parsing of LOCUS line to at least get accession id

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3079 JAL-3055 remember to reset font transform after rendering logo

JAL-1260 refactored multi-line qualifier separators

JAL-1260 unit test for FileFormats updated for GenBank/ENA

JAL-1260 file formats and IdentifyFile updates for GenBank and ENA

JAL-1260 refactored GenBank (and EMBL) flat file parser

JAL-1260 FileFormat entry for EMBL/GENBANK: TODO: create tests and IdentifyFile routine for this format

JAL-3874 - replace Jmol with custom build of 14.31.53 from Jmol-SwingJS GitHub repo

JAL-2226 transfer chain annotation when calcId, label and description are distinct - so annotations from multiple chains and structures are all shown.

JAL-2226 new method to search for annotation matching particular description as well as calcId and label

JAL-3829 belt and braces check to make sure there is a pdbe response available to join records from

JAL-3779 Added to documentation

JAL-3779 apply properties to all groups with given name, not just first

JAL-3774 combined changes from bug/JAL-3774_splitFrameFinder: i) fixed focus Finder from split frame. ii) missing i18n added, overlong translation shortened. iii) better translation.

Merge branch 'develop' into doc/JAL-3746_Release_2_11_2

JAL-3739 (combined) commits from feature/JAL-3739_useFormFieldText

JAL-3794 X and N are counted as DNA characters, but we also check how many Ns - if there were no real nucleotide characters we always return protein for poly-asparagine

JAL-3794 new test for recognition of protein or DNA with ambiguity characters, including the ‘all N’ case (that should be protein..).

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 more consistent parameter naming

JAL-3761 helper method reinstated to avoid code duplication

JAL-3761 locateInFrom/To revised with tests; unused methods removed

JAL-3761 extra check that VCF feature is fully mappable to sequence

JAL-3761 debugged and working (but not tidied) locateInFrom2/To2

JAL-3761 listToArray became rangeListToArray

JAL-3761 locateInFrom2 work in progress commit

JAL-3761 unit test for MapList.countPos()

JAL-3761 failing test, formatting, method renamed

JAL-3761 failing tests for locateInFrom/To with overlapping ranges

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3788 synchronize concurrent findColour() and alignmentChanged()

JAL-3818 formatting

JAL-3818 process Jmol callbacks in AWT thread

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3829 Fixed Jmol jar -- duplicates of other classes were causing problem with shadow jar

Merge branch 'Jalview-JS/bug/JAL-3762_URLparamsOverrideInfoArg' into develop

JAL-3746 fix bad merge from 2.11.1.4/5 branch cherrypick

JAL-3842 fix automatic what's new link for custom version builds

JAL-3842 2.11.1.5 what’s new, release notes, and version bump
 Conflicts:
RELEASE

JAL-3816 bump version number and cut release notes

 Conflicts:
RELEASE
doc/building.html

JAL-3766 cut new patch release
 Conflicts:
RELEASE

JAL-3758 2.11.1.2 patch release notes and version bump
 Conflicts:
RELEASE

JAL-3741 http to https (and jar to jvp for exampleFile defaults!)
 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java
src/jalview/gui/Desktop.java

JAL-3477 added help documentation for executable jar command line arguments -jvmmempc and -jvmmemmax

JAL-3675 version update and documentation for JAL-3493 JAL-3680 JAL-3638
 Conflicts:
RELEASE

JAL-3638 JAL-3680 fix docs for Alt + Arrow LRUD in cursor mode.
help/help/html/keys.html

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3815 default /etc/jalview_properties under utils/debian

JAL-3829 parallel not welcome here

JAL-3829 test flakiness and human flakiness

JAL-3829 more info on test fail - seems to be flaky

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3521 Adjusted wrapper shell script and .desktop file to cater for opening a file with or without -open arg

JAL-3521 High quality file icons for jalview associated files, and associated mime-type icon references

JAL-3521 Change grouped Jalview windows on linux taskbar to have name Jalview

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3551 - doc tweak

JAL-3855 JAL-3829 better checks on PDB or mmCIF file based on URL path (though should really determine when processing via jmolData now we have mechanism) - ChimeraX in particular cares about file endings

JAL-3829 JAL-3855 moved routing for retrieving structures prior to opening a Jmol view to AppJmolBinding - this could be refactored further

JAL-3829 JAL-3855 ignore case when detecting alphafold ID

JAL-3855 detect an alphafold model and import its temperature factor as reliability