JAL-3842 2.11.1.5 what’s new, release notes, and version bump
authorJim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Wed, 15 Sep 2021 15:17:11 +0000 (16:17 +0100)
committerJim Procter <j.procter@dundee.ac.uk>
Wed, 15 Sep 2021 15:17:11 +0000 (16:17 +0100)
 Conflicts:
RELEASE

help/help/html/releases.html
help/help/html/whatsNew.html

index 4c72658..353dd46 100755 (executable)
@@ -1,3 +1,4 @@
+
 <html>
 <!--
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
@@ -55,35 +56,76 @@ li:before {
       <th><em>New Features</em></th>
       <th><em>Issues Resolved</em></th>
     </tr>
-    <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
-        id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
-        <em>08/02/2021</em></strong></td>
-    <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
-        Jalview's use of network services</em>
-      <ul>
-        <li>
-          <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
-          launch of the news browser (like -nonews argument)
-        </li>
-        <li>
-          <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
-          download of linkout URLs from
-          www.jalview.org/services/identifiers
-        </li>
-        <li>
-          <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
-          download of BIOJSHTML templates
-        </li>
-        <li>
-          <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to trigger
-          a one off JABAWS discovery if autodiscovery was disabled
-        </li>
-      </ul></td>
-    <td align="left" valign="top">
-      <ul>
-        <li></li>
-      </ul>
-    </td>
+    <tr>
+      <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
+          id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.5">.5</a><br />
+          <em>22/06/2021</em></strong></td>
+      <td align="left" valign="top"><em>Development</em>
+        <ul>
+          <li>Updated building instructions</li>
+        </ul></td>
+      <td>
+        <ul>
+          <li>
+            <!-- JAL-3840 -->Occupancy calculation is incorrect for
+            alignment columns with over -1+2^32 gaps (breaking filtering
+            and display)
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3833 -->Caps on Hi-DPI scaling to prevent crazy
+            scale factors being set with buggy window-managers (linux
+            only)
+          </li>
+        </ul> <em>Development</em>
+        <ul>
+          <li>Fixed non-fatal gradle errors during build</li>
+        </ul>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
+          id="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a id="Jalview.2.11.1.4">.4</a><br />
+          <em>09/03/2021</em></strong></td>
+      <td align="left" valign="top"><em>Improved control of
+          Jalview's use of network services via jalview_properties</em>
+        <ul>
+          <li>
+            <!-- JAL-3814 -->New .jalview_properties token controlling
+            launch of the news browser (like -nonews argument)
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3813 -->New .jalview_properties token controlling
+            download of linkout URLs from
+            www.jalview.org/services/identifiers
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3812 -->New .jalview_properties token controlling
+            download of BIOJSHTML templates
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3811 -->New 'Discover Web Services' option to
+            trigger a one off JABAWS discovery if autodiscovery was
+            disabled
+          </li>
+        </ul></td>
+      <td align="left" valign="top">
+        <ul>
+          <li>
+            <!-- JAL-3818 -->Intermittent deadlock opening structure in
+            Jmol
+          </li>
+        </ul> <em>New Known defects</em>
+        <ul>
+          <li>
+            <!-- JAL-3705 -->Protein Cross-Refs for Gene Sequence not
+            always restored from project (since 2.10.3)
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3806 -->Selections from tree built from CDS aren't
+            propagated to Protein alignment (since 2.11.1.3)
+          </li>
+        </ul>
+      </td>
     </tr>
     <tr>
       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
index bee8380..5928170 100755 (executable)
 </head>
 <body>
   <p>
-    <strong>Jalview 2.11.1.3</strong>
+    Welcome to Jalview Version $$Version-Rel$$ !!<br />Please take a
+    look at the <a href="releases.html#$$Version-Rel$$">release
+      notes</a> for this build.
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Jalview 2.11.1.4</strong>
+  </p>
+  <p>Jalview 2.11.1.4 is the fourth patch release in the 2.11.1
+    series. One critical bug was fixed in this release - when Jalview
+    would occasionally hang when viewing structures in Jmol. This release
+    also introduces a number of new configuration options for disabling
+    web service connections used by the Jalview Debian package.
   </p>
-  <p>Jalview 2.11.1.3 is the third patch release in the 2.11.1
-    series. Critical bugs resolved in this release include:</p>
-  <ul>
-    <li>Find doesn't highlight all motif matches for a sequence.</li>
-    <li>Mouse over highlighting, CDS reconstruction and problems
-      with virtual feature popups when working with linked CDS/Protein
-      alignments.</li>
-    <li>Result of aligning protein sequences linked to CDS results
-      in incorrect CDS alignment.</li>
-    <li>Jalview installer doesn't correctly install Jalview on
-      paths containing spaces.</li>
-  </ul>
   <p>
     For the full release notes, see <a
-      href="releases.html#Jalview.2.11.1.3">the Jalview 2.11.1.3
+      href="releases.html#Jalview.2.11.1.4">the Jalview 2.11.1.4
       release notes</a>.
   </p>
   <p>
     <strong>Known Issues</strong>
   </p>
-  <ul>
-    <li>We've had reports from a small number of windows 10 users
-      who see a warning dialog pop up when Jalview tries to save a new
-      version of an existing file. If you are affected by this bug and
-      this latest version of Jalview doesn't fix it, please let us know!</li>
-    <li>Co-located features exported and re-imported are ordered
-      differently when shown on alignment and in tooltips. (Also affects
-      v2.11.1.0)</li>
-    <li>Drag and drop of alignment file onto alignment window when
-      in a HiDPI scaled mode in Linux only works for the top left
-      quadrant of the alignment window.</li>
+  <p>New known issues in this release affect recovery of CDS/Protein
+    relationships from project files, and interactive selection of
+    protein sequences from a tree built on linked nucleotide sequences.
+    We will provide patches for these issues as soon as possible.</p>
   </ul>
 </body>
 </html>