JAL-2295 JAL-2269 JAL-2319 mockable SIFTS file, fix to mapping details

JAL-2295 improved integrity of 'isFinishedInit' flag

JAL-1270 corrected command-line args

JAL-2295 set finishedInit to false before checking files loaded

JAL-2295 test that verifies transfer of features to Chimera attributes

JAL-2295 sorted properties for readability

JAL-2295 (optionally) return Chimera command reply

JAL-2295 correct test for Float.isNaN(score) !

JAL-2295 additional tests, stronger sanitisation of attribute name

JAL-2295 set attributes commands include feature value, sent via file

JAL-2295 single constant for "RESNUM" feature name

JAL-2295 JAL-1596 method to pass a command script file to Chimera

JAL-2295 feature and colour commands refactored to use AtomSpecModel

JAL-2295 method added to return a compact mapped range in the structure

JAL-2295 extracted AtomSpecModel for reuse in Chimera commands

JAL-2295 make RangeComparator a top level class for reuse

Merge branch 'develop' into features/JAL-2295setChimeraAttributes

JAL-1270 renamed helper method so it is not run as a test

JAL-2272 another test case

JAL-1805 groups=Functional added where missing

JAL-2272 unit tests added for Platform.isControlDown

JAL-2318 updated help text

JAL-2282 show url links that need checked; remove 'www' from default

JAL-2295 handle no progress bar message properly

JAL-2295 small tidy of javadoc only

JAL-2295 (unoptimised) write Jalview features as Chimera attributes

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2315 Clear sequenceURLLinks if all sequence links are removed.

JAL-2292 squashed bug that breaks feature mapping for different cased residues

JAL-2292 added javadoc for compareChar(..) utility method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 JAL-2262 house keeping

JAL-2292 fix for wrong mapping output in sequence mapping output window where sequence residue has different case with structure residue

JAL-2292 Wrote utility method for comparing two char either case sensitively or insensitively

JAL-2292 Unit test for utility method for comparing two chars

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2282 Better check for existing url links

JAL-2272 right mouse button on Mac is not Cmd equivalent!

JAL-2282 Remove Cache dependency from applet

JAL-2282 Message box stays on top at Jalview open; checks for links
before deciding whether to display.

JAL-2282 Link menu disabled if there are no valid links

JAL-2282 Updated warn.url_must_contain

JAL-2282 If checkbox on warning dialog is unclicked, reset cache
settings for checking url links.

JAL-2281 Back out unit test update, as Mungo already added.

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2282

JAL-2308 Fixed hiddenColsTest

JAL-2312 unit test for bug fix - repeated mapping generated from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2312 Bug fix for repeated mapping generation from SIFTS when heuristic identification fails for some SIFTS entities

JAL-2281 test added to show searchRefs is now not case sensitive

JAL-2281 Minor unit test addition

JAL-2295 step 1 new menu item to transfer Jalview attributes (no action
yet)

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2281 Unit test updates

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2282' into develop

JAL-2301 table formatted, and corrected to match the diagram and code

JAL-2281 Use DBRefs.selectRefs to uppercase URL link target

JAL-2282 Refactor applet too

JAL-2282 Updated and checked messages, English and Spanish

JAL-2282 Updated help documentation

JAL-98 JAL-1854 encapsulate 'magic number' threshold 3 in Conservation

JAL-98 ProfileI interface for Profile

JAL-98 test updated for percentage rounded

JAL-98 Profile and ResidueCount moved from analysis to datamodel

JAL-98 wording "negatively conserved" now "absence conserved"

JAL-2282 Code tidy

JAL-2282 Renamed internal use of sequence id / db accession for
consistency

JAL-2282 URLLink unit tests updated

Conservation now using ResidueCount; tests added

JAL-98 use Integer constants; tests added for propHash values

JAL-98 typo in javadoc

JAL-98 simplified repeat() method

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2280 refactored and improved structure file identification code for drog'n'drop on AlignFrame to StructureFile class

JAL-2282 Refactor SequenceAnnotationReport to use refactored UrlLink
code.

JAL-2282 Merge

JAL-2282 Changed DB accession id token to $DB_ACCESSION$; updated
messages

JAL-2282 Refactored URL link creation into UrlLink

JAL-2282 Removed unexpected ; from code

JAL-2282 Force double-clicking to use sequence_id cases and not accession_id
cases

JAL-98 round when formatting dec places

Force double-clicking to use sequence_id cases and not accession_id
cases

Updated messages.

Use ACCESSION_ID for database accession id, and SEQUENCE_ID for sequence
name.

JAL-2282 test assertions for 'other' dbsource

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2280 Improvement to enable drag'n'drop association of mmCIF file structures to sequences

JAL-98 refactor bleachColour() to ColorUtils

JAL-2287 treat Escape like Cancel in dialog box

JAL-2287 Cancel option on Close Chimera? dialog

Merge branch 'bug/JAL-98consensusMemory' into develop

JAL-2286 modal residue check + commenting

JAL-98 null reference to globalColourScheme as it has ref to consensus

JAL-2286 javadoc, refactor, unit tests for threshold and conservation
colouring

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'features/JAL-2284_export-biojsmsa-via-cli' into develop

JAL-2284 basic support for exporting BioJS MSA viewer via CLI

JAL-2286 use constant for fixed colours

JAL-98 javadoc corrected

JAL-98 javadoc added