JAL-2986 additional asserts for SequenceCursor updates

JAL-2986 failing test added

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 basic test for Description from features with/out description, variation and original attributes

JAL-2920 simplified logic and added corner cases for missing attributes (probably not needed but..)

JAL-2906 update release date and release notes

JAL-2931 patch IA paths for new build box

JAL-2984 add pdb as sequence(s) if associate structure is declined

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fixed bad equivalence check and implemented belt-and-braces check for quaqua in class name string of look and feel to decide when to fallback to violetlib-Aqua.

JAL-2321 release notes

Merge branch 'patch/JAL-2321_addsecstrForDroppedPDBFile' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2321 patch test to ensure structures are actually annotated when loaded directly to desktop

JAL-2321 ensure default is ‘parseImmediately=true’

JAL-2321 use configured values for structure derived annotation

JAL-2321 add secondary structure & temp factor if not already present on mapped sequences

JAL-2321 use StructureImportSettings singleton settings when JmolParser.parse() called from constructor

JAL-2321 isParseImmediately() allows the parse() method to determine if it was called by the constructor or after construction

JAL-2321 allow JmolParser to be configured before parsing data

JAL-2808 ensure test setUp/tearDown alwaysRun

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-1767 unit test for save and restore PCA

JAL-1767 scheme DoubleMatrix type includes D and E vectors (optional)

JAL-2906 apply GPLv3 license source

JAL-2982 use configured background colour in PCA image export

JAL-1767 JAL-2647 hide 'Input Data..' for PCA loaded from project

JAL-1767 save PCA D and E vectors instead of 'details' text

JAL-2960 don’t override a swing method and create infinite recursion ;) toFront now raiseViewer !

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 small tweaks to release notes

JAL-2975 Shift-arrow keys to rotate PCA incrementally

JAL-1767 schema and Castor changes for Save PCA in project

JAL-2965 graduate brightness on z-axis from centre of display

JAL-1767 refactorings to enable faithful restore of PCA from project

JAL-2906 2.10.4 release for 8th May 2018

Merge branch 'bug/JAL-2899' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 removed mention of experimental features, updated what’s new for 2.10.4 release, and help TOC.

JAL-2976 patch NPE when trying to open Uniprot FTS

JAL-2929 JAL-2922 release notes

JAL-2976 typo in installAnywhere build for VAqua dependency

JAL-2960 release notes

JAL-2948 transfer features/annotation is now available for all users

JAL-2960 raise the structure view after adding structures to it

JAL-2976 Vaqua fallback release notes JAL-2906

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1767 getters/setters for D and E vectors

JAL-2976 fallback to Vaqua for Macs that don’t work for Quaqua

JAL-2976 Vaqua(4) as a dependency

JAL-2899 release notes

JAL-2973 JAL-2974 known defects for 2.10.4 (JAL-2906)


JAL-2925 release notes

JAL-1767 include d and e vectors in Matrix.copy()

JAL-2593 JAL-2945 JAL-2952 JAL-2954 release notes for 2.10.4 JAL-2906


JAL-2223 JAL-2781 JAL-2780 JAL-2946 JAL-2906 release notes

JAL-2906 reformat release notes

JAL-2906 typo

JAL-2944 revised docs and structure chooser screen shots

JAL-2899 colouring moved from SwingWorker to a background thread

Merge branch 'bug/JAL-2899' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 release 2.10.4 on 1st May 2018

JAL-2965 graduated sequence point colour from back to front

JAL-2964 tree@linkToAllViews attribute added to project schema

JAL-2963 correctly dim PCA points with negative z-coordinates

JAL-1767 refactoring and tidying of RotatableCanvas and related

JAL-2962 start on help updates

JAL-2962 rename run method (as not a Runnable)

JAL-2962 remove Change Parameters menu from PCA panel

JAL-2962 option to offer BLOSUM62 for nucleotide PCA

JAL-2962 code tidying/documentation (non-functional) changes

Merge branch 'features/JAL-2944_openStructuresInSelectedView' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1767 minor field tidying prior to functional changes

JAL-2959 no Print dialog shown if Page Format is Cancelled

JAL-2954 more efficient SearchResults.markColumns

JAL-2952 set negative TempFactor values as AlignmentAnnotation.graphMin

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java
test/jalview/renderer/seqfeatures/FeatureRendererTest.java

JAL-2593 render 'duplicate' features if transparency is applied

Merge branch 'features/JAL-2944_openStructuresInSelectedView' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into features/JAL-2944_openStructuresInSelectedView

JAL-2223 don't add duplicate mappings to StructureSelectionManager

JAL-1847 minor post-review updates

JAL-2944 tidies for review comments

JAL-2946 catch unexpected SIFTS mapping exceptions and failover to Needleman and Wunsch mapping

JAL-2944 ’new view’ and ‘add to view’ button rather than selecting from combo box to make it easier to successively add structures to existing view (which is the default action when return is pressed)


JAL-1847 superpose checkbox in structure chooser

JAL-1847 JAL-2944 make superposition step a configurable property when opening/adding data to a structure viewer

failing test for JAL-2223

JAL-2945 resolve model as PDB file. Need to verify behaviour with multiple model PDB/mmCIF files

JAL-2945 failing test for structure mapping

JAL-2945 formatting

JAL-2945 provide access to last highlighted results

JAL-2944 open selected structures in existing or a new view, and by default offer last opened/selected structure view as target view

JAL-2944 combo box to pick which viewer to load structures into

JAL-2944 methods to check existence and get a title for existing or to-be-created StructureViewer

JAL-2944 allow StructureViewer proxy to be created for an existing view in order to add structures to it

JAL-2944 get viewer’s title via toString()

JAL-2944 expose UI update methods in api

JAL-2944 remove modal prompt logic and expose methods for adding structure data to a view via the StructureDisplay API

JAL-2944 pull up structure viewer discovery routine to Desktop

JAL-2929 unit test, tidy unused/unneeded fields/parameters

JAL-2754 reinstate PA import from bad conflict merge