dialog for browsing and selecting datasources hierarchically JAL-671 JAL-1064

JAL-1062 - recognise and split off the range qualifier in a DAS sequence fetch query

(JAL-972) format tweak for source information box

Merge branch 'JAL-972-dasobert-to-jdas' into JAL-972-jdas

Conflicts:
.classpath
src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java
src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

merged jdas switchover into v2.8 development branch

(JAL-972) jdas latest build

logic bug

Signed-off-by: jprocter <jprocter@compbio.dundee.ac.uk>

JAL-893 JAL-842 - updated VARNA - fix typo in InstallAnywhere build

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

JAL-1060 - prototype GUI with traffic light coding for JABAWS urls that were fine, had some problems or couldn't be contacted.

JAL-1060 - record which services are invalid, valid or did not have any services and allow status for URL to be tested

formatting

JAL-976 - tweak web services gui so empty menus don't get shown and included a 'still discovering' menu item when JABAWS discovery is still in progress.

(JAL-976) - consistent ordering of services according to server URLs and debugging race conditions and menu generation

JAL-976 - hack to provide consistent ordering of JABAWS2 service names used when building GUI

(JAL-976) refactor JABAWS1 list

(JAL-942) comment out non-functional buttons in VARNA

(JAL-942) clearer view structure menu entry

JAL-942 - sensible name on window

JAL-942 - make sure rna structures get a sensible name

(JAL-1052) todo for output of RNA consensus lines

(JAL-1052) basic consensus line parsing to rna structure lines

(JAL-1052) make RNA secondary structure string parsing code accessible to Clustal class

formatting

(JAL-942) more tweaking mapping between 2-struct and seqs

(JAL-842) debug mouseover for sequences that don't start at 1 and ensure varna only responds to highlights for its associated alignment panel

(JAL-842) todo

remove unnecessary method

efficiency, and ensure mouseover messages originating from a source are not broadcast to itself

(JAL-842) ensure deletions are accounted for when highlighting mouseover in alignment panel on RNA structure, basic selected region highlighting, and broadcast of mouse position in varna window to associated sequence.

(JAL-893) update to VARNAv3.9-dev version

Merge branch 'Release_2_7_Branch' into develop

debug local source management buttons and formatting

revised version of Jdas with simpler connectionPropertyProviderI provider interface for multiple thread clients.

update to latest build

move from dasobert to jdas multithreaded feature fetching - and use jalview das api where possible (introduces issue JAL-1051)

tidy imports and switch over to use das source registry API

tidy imports

fallout from refactoring registry datamodel to a sourceRegistry object

(JAL-972) replaced biodas with jdas sources datastructures - refactored source list model to a sourceregistry object

refactoring dassequencesource code fallout

refactored das sequence source creation code to the implementor of the das source api and das registry api

removed excess imports

updated das sequence source for jdas client and refactored to implementation package

JAL-972 - refactored local source builder to registry implementation and made Cache the holder of the registry singleton

JAL-966 todo for jalview 3 api

jalview das registry and source api and jdas specific implementations

jdas runtime dependencies

updated build of jdas

jdas doesn't need a listener for das sequence retrieval events

groovy nature not needed in project

remove dead imports

(JAL-972) relative refs for libraries and some additional eclipse 3.7.2 decorators for updated groovy projects

(JAL-972) jdas source retrieval and use of jdas structures for local sources

(JAL-972) updated jdas to latest version includign concurrent DAS request api

change over source attribute datamodel

removed all dasobert code and begun to replace with Jdas calls.

(JAL-1016) noted position where race condition occurs

(JAL-1022) ensure all Jmol model filenames are normalised with File().getAbsolutePath() before binding to associated sequences in the structure manager.

(JAL-1022) reverted to original strategy of escaping filenames in Jmol scripts because File.toURI().getPath().substring(1) stripped the leading '/' in OSX/Unixen.

(JAL-1050) ensure all filenames passed in to the load command are updated and their pdb associations added to the Jmol view.

(JAL-1025 JAL-1022) File based equivalence used to match Jmol and jalview paths. Use Jmol style '/' paths for local PDB file strings

(JAL-1049) only store state reference for sequence we are creating PDBentry for

JAL-1025 JAL-1022 use File based equivalence to map between jalview
string pdb handles and Jmol filenames

JAL-715 - remove platform dependent includes

Merge branch 'JAL-1040_jar_manifest_fix' into develop

Merge branch 'JAL-1023_viewall2structsw7' into Release_2_7_Branch

removed empty lines and fields in manifest like:
Name: org/castor/xml

which don't play well with Java 1.6.0_29 javaws when caching is turned off.

(JAL-1023) ensure filename is properly escaped before embedding it in script

remove commented lines

simple escape utility class for JAL-1023 patch

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into develop

Merge branch 'JAL-368_dragabovedesktop' into Release_2_7_Branch

(JAL-368) ensure window never gets a negative Y coordinate when dragged or resised.

Merge branch 'patch_JAL-1004' into develop

Merge branch 'patch_JAL-1004' into Release_2_7_Branch

(JAL-1004) add mouse listener to internal panel

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

todo

JAL-975 - ensure sequences are padded with gaps before submission

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into JAL-976_jabaws2supp

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-986) rendering to imageMap counts as rendering offscreen

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into develop

Conflicts:
.classpath

Merge branch 'JAL-986_idwidthprefs' into Release_2_7_Branch

(JAL-985,JAL-986) documentation and tooltips

(JAL-985,JAL-986) allow different ID margin calculation for on and off screen rendering

(JAL-985,JAL-986) preference widgets for settings

(JAL-985,JAL-986) preferences documentation

(JAL-986) getter for integer user preference properties

(JAL-980) jmol classpath patch

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

fix NPE when no annotation workers present ...

(JAL-974) - remove sun-internal class and use message to determine if we should ignore exception because we're working with a JABAWS annotation client that produces no statistics

Merge branch 'JAL-976_jabaws2supp' into develop

(JAL-976,JAL-975) disorder client menu items and check type of input sequence for aacons and disorder

(JAL-974,JAL-975) refactor common code for a JABAWS sequence annotation client to base JabawsAlignCalcWorker

(JAL-975) formatting

(JAL-975) ensure AACons is only run on protein sequences. (note - should really fix JAL-536 here)