JAL-2290 no update if no change of residue JAL-2547 no features on
tooltip over gap

JAL-2480 move ContiguousI and Range to jalview.datamodel

JAL-2557 removal of Sequence.sequenceFeatures

JAL-2050 make SequenceFeature.score final, adjust constructor calls

JAL-2505 simplifying number of SequenceFeature constructors JAL-2060
constant for NO_SCORE defined in SequenceFeature

JAL-2505 removed SequenceFeature constructor JAL-1641 include
description, otherDetails in feature roundtrip verification

JAL-2490 test coverage of empty and null feature group in Jalview format
export

JAL-2505 make SequenceFeature type, begin, end, featureGroup final

JAL-2506 relocate Uniprot binding classes, bind to UniprotFeature not
SequenceFeature

JAL-2505 remove setters for SequenceFeature.begin,end,type,featureGroup

JAL-2529 add object_type=cdna to EnsemblCdna parameters

Merge branch 'bug/JAL-2541cutWithFeatures' into features/JAL-2446NCList

JAL-2505 JAL-2542 SequenceFeatures.shift() to shift all positional
features

JAL-2542 correct adjustment of sequence features for flanking sequence

JAL-2505 delete and readd modified feature after Cut or Paste

JAL-2490 find features for export as GFF, JAL-2548 respect group
visibility

JAL-2490 test coverage for printGffFormat before refactoring

JAL-2490 unit tests for getFeaturesForGroup

JAL-2490 tidy code and tests for feature export in Jalview format

JAL-2490 improved lookup of features for Export Features (Jalview
format)

JAL-2480 methods to get features for group

JAL-2505 use setter not direct access to sf.description

JAL-2505 updates after conflicting merge of JAL-2504

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

JAL-2504 update the right feature colour when creating a new feature

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java
src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java
src/jalview/appletgui/SeqPanel.java
src/jalview/gui/FeatureRenderer.java
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java
test/jalview/analysis/AlignmentSorterTest.java

JAL-2544 unit tests for sort by feature score

JAL-2544 check feature overlaps selection region

JAL-2543 identify as JSON before HTML

JAL-2546 JAL-2490 efficient lookup of features, correct handling of
non-positional features

JAL-2490 add non-positional feature case to test prior to refactoring

JAL-2480 always include all non-positional features in getAllFeatures()

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2256' into develop

JAL-2418 patch build - broken htsjdk import

JAL-2526 removed redundant call to Sequence.findPosition()

JAL-2490 refactored test for 'hasFeatures'

JAL-2544 only include features in selected columns for sort

JAL-2490 performant lookup of features for sorting

JAL-2490 only count sequences where feature overlap is confirmed

JAL-2505 unit test for sort by feature density, Javadoc

JAL-2490 initial unit tests prior to refactoring

Merge branch 'bug/JAL-2388_typeCheckAlignView.getUpdatedView' into develop

JAL-2388 return empty hidden columns for fully visible alignment view

JAL-2490 lookup sequence features for "labelClass"

JAL-2490 lookup features at each column position

JAL-2543 html-encode quote characters in feature description

JAL-2490 retrieve visible features only

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2541 initial unit tests for edit cut relocate features

JAL-2541 fix to initSeqFrom (and minor code tidy); more tests for
deleteChars

JAL-2256 Corrected AllCols/Rows iterator behaviour for single element

JAL-2418 remove explicit test suite stats

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102

Merge branch 'bug/JAL-2510amendFeatures' into develop

JAL-2447 add links to issues.jalview.org for experimental features

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2447 experimental section in ‘Whats New’

JAL-2447 JAL-2295 JAL-2296 documenting as experimental features

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102

Merge branch 'features/JAL-2447experimentalFlag' into develop

JAL-2418 release notes

JAL-2504 use (and update) defaults for new feature only if not supplied

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2510amendFeatures

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 release notes

JAL-384 documentation on custom colours groovy examples

JAL-2505 unreachable code (for many years) removed

JAL-384 - groovy scripts for conserved/unconserved colourscheme requests

JAL-2418 release notes

JAL-2505 refactored method removed

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2505 set helix number as feature group in SequenceFeature
constructor

JAL-2418 JAL-2316 added to new features

JAL-2316 tweaking docs and links in help

JAL-2418 release 2.10.2 release notes template

alternative patch for JAL-2339 readability in java-help

JAL-2403 simplify instantiation / configuration of score model for view

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2522 Missed fix to applet

JAL-2505 refactor to set type and group in SequenceFeature constructor

JAL-2525 put in missing "transcript" feature type

JAL-2388 Rationalised hashCode method in HiddenColumns

JAL-2505 additional tests/asserts prior to refactoring

Merge branch 'bug/JAL-2507_rnasecstrstockholm' into develop

JAL-2505 set SequenceFeature group in constructor

JAL-2507 fix test: knockon from capitalisation on secondary structure from stockholm file

Merge branch 'bug/JAL-2507_rnasecstrstockholm' into develop

JAL-2311 disable and relocate Jared service tests to Network (prior to their removal)

JAL-2507 capitalisation for annotation lines generated from stockholm annotation

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

JAL-2507 case insensitive recognition of annotation type

JAL-2532 new feature types and colour changes from Amend Features
retained after Cancel in Feature Settings

JAL-2507 - required callers to specify exact ignore flags for StockholmFileTest.testAlignmentEquivalent asserts

JAL-2535 quick hack to implement posterior probabilities parsing. 0-9 parsed as 0..9, ‘*’ or any other non-whitespace symbol parsed as ’10’.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2388 Add missed optimisation

Merge branch 'features/JAL-2376_add-horizontal-bar' into develop

JAL-2371 create a default ResidueShader when constructing the viewport

Merge branch 'develop' into features/JAL-2446NCList

Conflicts:
src/jalview/gui/OverviewPanel.java

JAL-2490 use findFeatures() for efficient feature overlap lookup