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JAL-2526 removed redundant call to Sequence.findPosition()
authorgmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 19 May 2017 15:59:48 +0000 (16:59 +0100)
committergmungoc <g.m.carstairs@dundee.ac.uk>
Fri, 19 May 2017 15:59:48 +0000 (16:59 +0100)
src/jalview/gui/SeqPanel.java patch | blob | history

diff --git a/src/jalview/gui/SeqPanel.java b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
index de44aa0..7dfac5e 100644 (file)
--- a/src/jalview/gui/SeqPanel.java
+++ b/src/jalview/gui/SeqPanel.java
@@ -183,7 +183,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    * @param evt
    * @return
    */
-  int findRes(MouseEvent evt)
+  int findColumn(MouseEvent evt)
   {
     int res = 0;
     int x = evt.getX();
@@ -642,7 +642,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
 
     int seq = findSeq(evt);
-    int res = findRes(evt);
+    int res = findColumn(evt);
 
     if (seq < 0 || res < 0)
     {
@@ -741,25 +741,27 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       mouseDragged(evt);
     }
 
-    int res = findRes(evt);
+    final int column = findColumn(evt);
     int seq = findSeq(evt);
-    int pos;
-    if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
+    if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
     {
       return;
     }
 
     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 
-    if (res >= sequence.getLength())
+    if (column >= sequence.getLength())
     {
       return;
     }
 
-    pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
+    /*
+     * set status bar message, returning residue position in sequence
+     */
+    final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
     if (ssm != null && pos > -1)
     {
-      mouseOverSequence(sequence, res, pos);
+      mouseOverSequence(sequence, column, pos);
     }
 
     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
@@ -769,7 +771,8 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     {
       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
       {
-        if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
+        if (groups[g].getStartRes() <= column
+                && groups[g].getEndRes() >= column)
         {
           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
@@ -785,14 +788,11 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       }
     }
 
-    // use aa to see if the mouse pointer is on a
     if (av.isShowSequenceFeatures())
     {
-      int rpos;
       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
-              .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
-                      rpos = sequence.findPosition(res));
-      seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
+              .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(), pos);
+      seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
     }
     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
@@ -859,17 +859,19 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
   // avcontroller or viewModel
 
   /**
-   * Set status message in alignment panel
+   * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
+   * (index) and id, residue and residue position for the given sequence and
+   * column position. Returns the calculated residue position in the sequence.
    * 
    * @param sequence
    *          aligned sequence object
-   * @param res
+   * @param column
    *          alignment column
    * @param seq
    *          index of sequence in alignment
    * @return position of res in sequence
    */
-  int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
+  int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seq)
   {
     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 
@@ -884,7 +886,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     /*
      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
      */
-    final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
+    final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
     if (av.getAlignment().isNucleotide())
     {
       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
@@ -905,9 +907,9 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
     }
 
     int pos = -1;
+    pos = sequence.findPosition(column);
     if (residue != null)
     {
-      pos = sequence.findPosition(res);
       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
     }
     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
@@ -1055,7 +1057,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
       return;
     }
 
-    int res = findRes(evt);
+    int res = findColumn(evt);
 
     if (res < 0)
     {
@@ -1552,7 +1554,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
-                      sequence.findPosition(findRes(evt)));
+                      sequence.findPosition(findColumn(evt)));
 
       if (!features.isEmpty())
       {
@@ -1614,7 +1616,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    */
   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
   {
-    final int res = findRes(evt);
+    final int res = findColumn(evt);
     final int seq = findSeq(evt);
     oldSeq = seq;
     needOverviewUpdate = false;
@@ -1673,7 +1675,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
 
     if (av.cursorMode)
     {
-      seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
+      seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
       seqCanvas.repaint();
       return;
@@ -1729,7 +1731,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    */
   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
   {
-    final int res = findRes(evt);
+    final int res = findColumn(evt);
     final int seq = findSeq(evt);
     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
     List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
@@ -1800,7 +1802,7 @@ public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
    */
   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
   {
-    int res = findRes(evt);
+    int res = findColumn(evt);
     int y = findSeq(evt);
 
     if (wrappedBlock != startWrapBlock)