Added clustalW 'realignment' (primitive)

added default ClustalWS or MuscleWS to remove gaps.

propagated use of jalview.util.GapChars for gap removal.

more robust parsing for DBset/DBname|id1|id2 type ids

modified history for redundancy removal.

fixed stacktrace potential for pairwise alignment action.

Modified output on stdout for similarity matrix.

images moved

fixed brain interruption bug.

ignores blank lines read in and write out

right ordering for RedundancyPanel constructor

added proper state check for failedJob flag.

Added jobFail state

better recognition of MSF files.

Added menus

edits

image moved

pref

menus

Image moved

identity changed

Cut and paste menus added

Cut and paste changes

C&P changes

Check if colos are null

Cut and paste changes

Add cut and paste menus

CutAndPaste changed

Added nicer header formatting for MSFfile output.

recovered changes from v 1.84

Check if usrCol is null

New cut and paste

Jpredfile now uses the PileUpfile io class.

Addred GapChar string for convenient regex construction

Response to bug mantis?id=8187 - some quick hacks to read and write david's MSF file with '~' as a gap character.

Remove desc for conserve graph

Old MSF Format writer now renamed.

fixed use of PID rather than 'Comparison' Alignment percentage id
calculation.

fairly pointless catch exception error information added. (attempt to
catch case when a parse() call breaks in an unexpected fashion...)

fixed redundancy Undo and allowed it to work on UNALIGNED SEQUENCES
(ho ho)

bug fix in jpred client. TreeViewer display state and gui consistency
improved (treecanvas/Treepanel state exchange functions).

partially updated help. Added separate treeviewing item in the root
menu.

check for null residues

DOnt add Conservation graph to every residue

toString modified

reset colours added

more clustalx bugs fixed

getHexString added

all can threshold

output to textbox

layout changes

capitals

format changes

remove scrollpane

Capitalise

c&p changed

use getHexString in util

usercolours changed

output text to textbox

all colours can threshold

selectiongroup could be null

saves usercolours

formatforoutput never used

output values to textbox

toString method added

XML schema changes

usercolourscheme changed

formatting changes

all colours can threshold

usercolours changed

remove comment

can output details to textbox

usercolours added

added jalview.browser property so a linux user can choose which browser they want to open swissprot entries with.

doh - compile before commit!

tidied up system.out messages and moved many to stderr.

Improved consistency between JPredWS and MsaWS

base class for web service clients.

title parameter for single sequence prediction.

Added more firePropertyChange calls - mainly for sequence paste events.

extended the UpdatePlaceholders to check for any new associations.

added PropertyChangeListeners for alignviewport.alignment.sequences
vector. TreeViewer windows now properly reflect deletions to sequence
set.

remove .

URL getresource adds %20 for spaces. Use user.dir instead

filefilter might not be JalviewFileFilter

formatting.

equalsIgnoreCase

setDefaultFileFormat

replace get with elementAt

setgraphics black

slight changes.

added sorting alignments documentation.

setgraphics black

several ordering bug fixes.

Added PadGaps and made treeSortMenu dynamic (it gets added when there is a tree ordering added). Alignment orderings are now added to the main sort menu.

added some assertions and rangechecks for insert/deleteChar methods.

added getSequencesInOrder (part of refactor from AlignPanel menu action for cut'n'paste).

editMenuPadGaps and sortByTree/sort items

fixed window title names for prediction on MSA or Sequence.

colour groups by text colour