JAL-3224 JAL-3225 To be compatible with install4j bundled JRE on windows, have changed all the java_vm folder references to jre in getdown jars too. Install4j Windows media now bundles a JRE (into this location) so it can launch install4j installer too.  Java 11 installers working on Windows, but Java 1.8 complaining about com.sun.xml.ws.policy.Policy not found.

JAL-3224 JAL-3225 Added lines to check for updates to getdown-launcher.jar into Jalview. Put getdown-core into Jalview libs instead of getdown-launcher (enables update of getdown-launcher). Adjusted Eclipse to not error on use of com.sun.management.OperatingSystemMXBean.

JAL-3224 Tidied up Network installers in install4j template. Moved getdown-launcher.jar into dist (needed by Jalview anyway)

JAL-3224 minor fix for build.gradle and gradle eclipse

Merge branch 'task/JAL-3225_Integration_Gradle_building_into_Eclipse' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 java 8 and java 11 specific getdown jre sets

JAL-1929 JAL-3224 JRE getdown URLs must be relative to host of getdown app base

JAL-3130 add JAVA_VERSION to shadowJar classifier so artifacts are distinct

JAL-3130 make sure only libDistDir/*.jar are added to the runtime classpath in shadowJar and makeDist

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 getdown artefacts staged as getdown/website/${JAVA_VERSION}/...

JAL-1929 JAL-3224 getdown channel structure is {build/release version channel}/{JVM}

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j (still!)

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j

JAL-3224 JAL-3196 specify file object in projectFile property for install4j task

JAL-3130 JAL-3224 patch URL paths to point to jalview.org/getdown/jpre/... for JREs

JAL-3130 provide absolute module path as J11 compile argument, and drop unneeded modules srcSet resource

Merge branch 'jims/JAL-3130_Java11_Gradle_publishing' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-2791 tailored message if find fails on selection region

JAL-1793 basic help text for VCF option

JAL-3111 additional release notes

JAL-3111 small simplification of table tags, valign top

JAL-3111 release notes first pass complete

JAL-3130 moved jar needed for getdown to libs (not a module)

JAL-3224 Removed JREs (these now need to be in ~/buildtools/jre/openjdk-java_vm/...). Moved install4j config to utils. Made install4j template file (gradle will edit this correctly). Fixed symbolic link in bundled MacOS JRE problem. Added getdown launcher with .tgz unbundling support [currently broken].

JAL-2620 updated help page to mention alternative genetic code tables

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

JAL-3224 Add commons-compress-1.18.jar

JAL-3224 Bundling appropriate Mac OS/Windows JRE as java_vm in install4j

JAL-3224 New version of getdown which will cope with unpacking .tgz resources, specifically for the java_vm and symbolic links within

JAL-3130 moved resources/install4j to utils/install4j

JAL-3130 tidy up system.output

JAL-3130 call Jalview via the Test JVM’s JAVA_HOME/bin/java

JAL-3130 refactored ‘clover’ to ‘use_clover’ since clover is an ambiguous property - still offer -Pclover=true as command line switch to enable clover coverage

JAL-3130 JAL-1889 reportCurrentWorkingDirectory test to report absolute path when running command line tests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3196 change default are resource properties to jalview.org/getdown/jre

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

Reinstate imports from "JAL-1889 JAL-3130 patch broken tests" commit 05efc2ac3c6427a4dabce842ebbd6f2ae17f49b9.

JAL-1189 JAL-3130 patch broken tests

JAL-3130 Somewhere in the old libs the Jws2 client is working.  Compile with Java 11 in Java 1.8 target mode, and then run in Java1.8 JRE with 'java -cp "j8lib/*:classes" jalview.bin.Jalview'.  Will need to find out which of these is actually needed

JAL-3130 Helper classes to take Class Exceptions when run in java 1.8 JRE out of main classes

JAL-3130 some clover fixes for helplinks. Use 'gradle test -Pclover=true'

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

JAL-3130 adapted getdown src. attempt 2. first attempt failed due to cp'ed .git files

JAL-3130 write clover.xml during cloverReport phase

JAL-3130 make sure testng-results.xml is generated

JAL-3130 specify module list when launching new Jalview for CLI tests

JAL-3130 instrument main and compile separately to test classes so Clover doesn’t misclassify them

JAL-3130 gradle test now runs open clover 4.3.1 and new cloverReport task

Merge branch 'develop' into task/JAL-3130_Java_11_investigations-getdown_src

JAL-3130 ensure J11 libs/modules are added when building and running test suite

JAL-3130 clean up eclipse class path for dependencies moved to j11lib

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3130 adapted getdown src

JAL-3130 This commit concentrates on the Mac OS X DMG app bundle, ensuring only one JRE needed in the .app bundle for 1) install4j, 2) getdown, 3) jalview

JAL-3130 trying to be Java 1.8 source compatible -- not sure if this is ultimately feasible in the same .java files

JAL-3130 JAL-3007 more files needed for getdown launcher

JAL-3130 JAL-3007 improvements to gradle build

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

JAL-3218 allow both Hide and Reveal in scale panel popup menu

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11. Now in root jalview dir

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11 and additional taskbar icon change in jalview.bin.Jalview

JAL-3140 InstallAnywhere updated to intervalstore-v1.0.jar

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3140 intervalstore now v1.0 (public release)

JAL-3111 Disable the pubapplet target in build.xml so cruisecontrol build can complete

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3111 biojava dependencies

JAL-3111 fix libquagua dependency paths - needs to be checked on OSX InstallAnywhere

JAL-3111 fix jabaws dependency name in IA config

JAL-3111 intervalstore library on IA classpath

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3111 typo in IA config

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 patch for failing isControDown test on build server

JAL-3111 update InstallAnywhere dependencies for changed libraries

Merge branch 'feature/JAL-3181linkOrdering' into develop

JAL-2620 improved error reporting on failure to load resource files

JAL-2717 adjusted code so default correctly returned if i18n fails

JAL-3127 scripts updated for method signature change

JAL-1889 explicit recalc of geometry for scale left/right/above on/off

JAL-1889 remove debug logging, add updateLayout()

JAL-3130 adding two more modules picked up by gradle building -- not sure why these hadn't been missed before by ant

JAL-3130 mark some deprecated methods in Regex as @Deprecated to stop warnings

JAL-1889 more debug logging

JAL-1889 better debug logging

JAL-1889 temporary debug in findColumn()

JAL-1889 added belt and braces deleteOnExit() to test output file

JAL-1889 correct props param, remove dasserver, output file paths

JAL-3130 Replaced deprecated Class.newInstance() with Class.getDeclaredConstructor().newInstance(). Some eclipse fixes have appeared too.

JAL-1889 more diagnostics for CommandLineOperations