quick fix for nullpointer in column selection when saving jalview project (David M reported)

fix from acresso for black bg in inner panel

fix for pfam files with empty annotation or sequence entries

prototype Java log window and sticky configuration

desktop window scaled to current window geometry, prototype Java log window and sticky configuration

prompt user to enable usage stats

added preferences for usage stats, questionnaire check and version check.

use Pdb database source for fetching and warn user if PDB reference did not resolve to a record.

safer OOM handling when importing from XML

enact on a boolean configuration option, prompting the user if the option has not yet been set

fix potential race condition

documented privacy settings, versioncheck controlled by property, fixed potential unhandled exception in groovy class discovery and added removeProperty method

ensure id string doesn't get set to the empty string (bug # 56271)

immediately show memory usage

allow the display character below a graph to be explicitly set to the empty string

fix null pointer exception when using blosum colourscheme

allow middle-button drag to change height of annotation rows in applet

jga browser string: java/version (arch; os version)

modified JGA module to report java+version as user agent and concatenate arch+name+version as os string

1.1 compatibility

render sequence logo over consensus histogram

single-click highlights, double click selectes th associated group or sequence for annotation row

group consensus/conservation calculated from start to end

viewport setting for displaying sequence logos

reversed order of addition of group consensus and conservation

prototype make groups from selection function and shift+ctrl+H to hide everything but selected region.

prototype make groups from selection function

new sortbyPID for specific start/end region

race condition null pointer bugfix

bugfix

todo for 2.5

null pointer exception bug fix

commented debug lines indicating calculation progress

start/stop for per-group consensus calculation

store symbol profile and extract it for display

pir format ambiguity and todo regarding 'format override' parameter

basic implementation of profile display and todos

todo

routines for creating groups over an alignment

asparagine is polar but not charged

fix feature creation for selected region beyond end of sequence bug: https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=53503

explicitly grab all permissions for application execution (need feedback on the effect of this on javaws security exceptions)

update annotation when group state is changed

show group annotation menu entries

colour by label prototype flag

catch null pointer exception in headless context

get consensus sequence and set ignore gaps flag for group consensus row

annotation update method synchronises group annotation

headless warning messages, prototype group annotation and annotation update method

refactored conservation thread, added showgroupannotation flags

conservation thread refactored from AlignViewport

feature colour by label flag/style

headless test

todo

implement new insert annotation row method and ensure group annotation rows are removed when groups are removed

insert annotation at specific position

optional sequencegroup ref for annotation row

sequence groups carry their own conservation and consensus annotation rows

complete alignment annotation row procedure

ensure annotation row height is honoured for new VAMSAS annotation

all alignment sequences associated with a dataset sequence must have start-end updated (and any mappings adjusted - see TODO)

can use whitespace, comma or semicolon to separate IDs

fix to cope with EMBL records containing a CDS fragment (proper start/end codon positioning and trimming)

take the average of the three consecutive codon sites when translating annotation row scores from cDNA to protein.

implementation error warning todo

debug and cyclefix for dbrefs with embedded sequences

javadoc and datastoreitem registry support for binding/rebinding methods

more efficient synchronized methods

bugfix mapped reference transfer and made picr ID retrieval optional

selection handler and sender bugfix

todo

selections sent when mouse is released (drags on ID panel)

progress bars (still need to be threaded properly) and URI drag'n'dropping

smoother scroll-to-position action

drag'n'drop a URL on to an alignment

parent db references and mappings added to retrieved sequences, debugging of codon_start>1 for coding region and stop codon inclusion/exclusion detection

intersect did not intersect (used in selection listener)

regex validator for uniprot

usepicr config property

debug

debug comments

new coverage comparison - no test case in main method yet

updated Iclientfactory interface, XMl viewer tests - not properly released source yet...

synching of all db references and sequence features

prevent dbref->map->to->datasetsequence->dbref-> type cycles

reinstate links on features

datastore registration and class cast exception fix

prevent and keep track of which objects handling element/jv obj synchronizations.

numerous bugfixs (tree panel synchs) and DatastoreRegistry clas.

methods for importing anonymous vamsas documents into explicitly named sessions (e.g. temp file from URL). Suppress implementation Error messages if session update fails on first update.

nullpointer bugfix (possibly not needed - was an error in closing of alignment panels)

recover pdb from jalview-xml in vamsas doc

send selection on drag over sequence ids

retrieve and init vamsas session from vdoc at URL

reinstated blind querying of datasources. Transfer references to alignment from Map.To sequences on retrieved entries (e.g. protein product from EMBLCDS record)

more ID validation

javadoc

com.boxysystems.jgogleanalytics is now an optional dependency

fix null pointer when new view is created then closed after a vamsas sync of stored views

fix null pointer when new view created on alignment with existing sequence mappings (cDNA list is null)