Sequence is char []

random notes on putting a Groovy interpreter into Jalview.

indexOf replaces contains

char array replaces string for cuts

DasRegistry moved again

sg might be null if mouse released after coloumns removed

Return true or false if file saved

Warning message if file was not saved, repaint ids on multiple views

fix bad grammar in new alignment title

version 2.2

Format changes

jpg replaces gif

replace with jpg

Close strong tag

lower case file

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

EBI web service interface update (and SequenceFetcher bugfix)

CurrentColour must not be accessed by multiple sequence renderers

Dont change ap font from treePanel

Dont change ap font from treePanel

2.2 documentation

Tree title

REmove system.out

border 1

2.2 documentation

2.2 documentation

2.2 documentation

Loads PDB files from jar file, new views can open PDB file

No need to create tmpAnnotationPanel every paint

Translation should not be adjusted outside annotation loop

off by one group consensus calculation

2.2 documentation

Cant save to a URL loaded Jar file

Cant save to a URL loaded Jar file

2.2 documentation

Allow new window from output sequences

2.2 documentation

*** keyword substitution change ***

2.2 documentation

New feature type, new colour set

Some reason final radioButtons added to ButtonGroups are reset fixed

2.2 documentation

2.2 documentation

seqColours null

Fix load 1 col hidden bug

Invert col sel with hidden cols bug fixed

new and corrected docs for 2.2 release

Dont make groups of hidden sequences

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

If alignment is closed, then undo performed in visible window

Transparency......

If alignment is closed, then undo performed in visible window

defaultConnectTimeout and NO REPONSE message

Settooltips null

Associate PCA with multiple views

REmove component when frame is closed

set icon false if raising windows

Register TreePanel with paintrefresher

TreePanel added to PaintRefresher, not TreeCanvas

Dynamically build tree sort menu when sort menu is selected

sort menuListener

menus renamed

Associate trees with views

Renaming viewNames

View name

frameListener must call close if AlignFrame

applet has multiple views

Seq may be null if hide has occurred

corrected subtree colour dialogbox title

Copy to this implemented

Get alignPanel from treeCanvas

remove unnesccessary lines

Set start seq and end seq correctly

Add more keys

Change case new implementation

fix unselectable tree leaf nodes when node mapping changes after aligmment update (and some null object exceptions from property update)

Transparency available again

Right align print and images

Undo cut from end of alignment, padding on

preferredSize for spinners

rightAlignIds

Colour may have been updated in another view

Checks on features displayed

Close associated windows

RightAlign ids from prefs

expanded views, j2xml use setinitialtabvisible, close all frames from jar file

F1 accelerator

Align boxes

Memory check on loading file

Set fsettings in constuctor

Highlight feature to edit

JOptionPanes launched in new thread

Panels replace colour buttons

Use textColourChooser

New file, as its used in popup and alignframe previuously

Colour is a panel, not button

Colour is a panel, not button

foreground changes

Cancel DAS fetching