Addred GapChar string for convenient regex construction

Response to bug mantis?id=8187 - some quick hacks to read and write david's MSF file with '~' as a gap character.

Remove desc for conserve graph

Old MSF Format writer now renamed.

fixed use of PID rather than 'Comparison' Alignment percentage id
calculation.

fairly pointless catch exception error information added. (attempt to
catch case when a parse() call breaks in an unexpected fashion...)

fixed redundancy Undo and allowed it to work on UNALIGNED SEQUENCES
(ho ho)

bug fix in jpred client. TreeViewer display state and gui consistency
improved (treecanvas/Treepanel state exchange functions).

partially updated help. Added separate treeviewing item in the root
menu.

check for null residues

DOnt add Conservation graph to every residue

toString modified

reset colours added

more clustalx bugs fixed

getHexString added

all can threshold

output to textbox

layout changes

capitals

format changes

remove scrollpane

Capitalise

c&p changed

use getHexString in util

usercolours changed

output text to textbox

all colours can threshold

selectiongroup could be null

saves usercolours

formatforoutput never used

output values to textbox

toString method added

XML schema changes

usercolourscheme changed

formatting changes

all colours can threshold

usercolours changed

remove comment

can output details to textbox

usercolours added

added jalview.browser property so a linux user can choose which browser they want to open swissprot entries with.

doh - compile before commit!

tidied up system.out messages and moved many to stderr.

Improved consistency between JPredWS and MsaWS

base class for web service clients.

title parameter for single sequence prediction.

Added more firePropertyChange calls - mainly for sequence paste events.

extended the UpdatePlaceholders to check for any new associations.

added PropertyChangeListeners for alignviewport.alignment.sequences
vector. TreeViewer windows now properly reflect deletions to sequence
set.

remove .

URL getresource adds %20 for spaces. Use user.dir instead

filefilter might not be JalviewFileFilter

formatting.

equalsIgnoreCase

setDefaultFileFormat

replace get with elementAt

setgraphics black

slight changes.

added sorting alignments documentation.

setgraphics black

several ordering bug fixes.

Added PadGaps and made treeSortMenu dynamic (it gets added when there is a tree ordering added). Alignment orderings are now added to the main sort menu.

added some assertions and rangechecks for insert/deleteChar methods.

added getSequencesInOrder (part of refactor from AlignPanel menu action for cut'n'paste).

editMenuPadGaps and sortByTree/sort items

fixed window title names for prediction on MSA or Sequence.

colour groups by text colour

make sure fonts are not null

remove separator

new savestate method

Ugly but improved recovery of sequence names, starts/ends and other SequenceI properties for an alignment returned from a webservice.

bug fix for wierdness retrieving QUERY sequence index.

boxes, colour text, show text added to groups

historyitem added

include MsaWS ordering but not perfect (undo destroys ordering efficacy).

marginal improvements - still no automated client constructor.

Added alignment ordering option to 'Sort by' and implemented generic
MsaWS client.

later version of client-side WSDL2Java generated simple Alignment
container.

Semiworking generic MSA client

added placeholder indicators and menu item

Various sort methods added and bugs fixed (coping with associated trees and alignment orders from web services)

DEFAULT_FILE_FORMAT added

sequence place holder reveal menu item.

added tree node property for sequence placeholders.

if fullid shown, resize fonts

startup file added

a flauss changes

scroller is now a panel

look for startup file

scroller is now a panel, removes border

change ActionListeners to ItemListeners

not centered

removed

apostrophes

copy order maintained

xml-apis from the same place as xercesImpl.jar
This was needed to make the axis.jar happy using my (jims)
Jbuilder2005 buid environment.

This is the xercesImpl.jar from xerces-2_6_2

deleted

Updated

Updated