merge from 2_4_Release branch

no newline after licence comment

added Release_2_4_branch

fix vamas homedir link

added keystore config properties

update and test release build system

2.4 release documentation update menus, service refs, new features and releases

update Jpred3 service referenec

allow '|' to be entered in URL text box and added regex extension form to instructions

set title of viewer frame after file has been loaded (if possible) so Desktop window list entry is correct

future bug fix todo

new thread for initting of DBRefFetcher with latest SequenceFetcher

uses shared singleton from jalview.gui.SequenceFetcher (consider revising so an instance of jalview.ws.SequenceFetcher is passed to constructor)

added singleton access method to retrieve the latest shared instance of the jalview.ws.SequenceFetcher

bugfix todo for the 'edit sequence' command

tooltip for fetch db refs and more generic regex for 'Extract scores...'

pdb xrefs added as dbrefs and as PDB file links

ensure successive matches to a regex have distinct annotation name (indice suffix increases by one each time)

Use 0f rather than NaN to specify non-valued annotation elements.

tooltip displays formatted annotation row description including sequence reference name (if any)

beginning of fix for embl/cds/highlighting IO in https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36199

fix for arrayoutofbounds bug when secondary structure element extends whole width of alignment (eg. PF00037 stockholm file)

better check for molecule type when identifying internal sequence cross-references

regex links for launching URL from single click on sequence ID

update text and version checker

dialog size on macs

check for crossreferences every time the menus are updated

catch invalid URL link exception properly

increase height of dialog

allow '|' in regex for URL links to be recovered from properties file properly

safer copy constructor

xrefs retrieved from Uniprot

added castor back onto classpath

check for null viewport on dataset recovery

ensure input data can be recovered for tree and PCA even if alignment view was closed

do not try to cancel jobs that cannot be cancelled

ascii comment

mac logo resourcelocation hack

fix artefacts (again)

corrected target name in documentation

URL help update

added nojmol parameter to disable check for jmol

simpler regex-replace for path

fixing paths

regex blah

trailing slash regexed out

path fixing

resources are relative to root of jalview install path

update to InstallAnywhere 2008 VP1

regular expression based URL link generation

Ensure 'None' translates into no colour scheme applied

Upgraded to IA Standard 2008 VP1

Upgraded to InstallAnywhere 2008 Standard ValuePack 1

migration to automated build test

fix default build path

exclude any InstallAnywhere build artefacts

installanywhere to a destination location

updating installAnywhere autobuild

headless build of InstallAnywhere installer

generation of additional URLs for DBRefs on a sequence that match the URL link name.

extra checks for datasetsequence for when getDbRefs is called

getDBRefs now always returns DBRefArray if it exists on this sequence or dataset sequence

vamsas documentation

new vamsas session does not open a dialog box

web services and sequence fetcher added to contents

added sequence fetcher and sequence features retrieval to web serviices index

updated statement of limitations for interactive annotation editing with Jalview GUI

new sequence fetcher documentation

ensure das sequence sources are refreshed when das registry is changed

showbutton default is true

stackoverflow fix

PFAM retrieval and new applet parameter

pfam seed and full alignment retrieval and nicer ordering of sequence db sources in combobox

added 'showbutton' applet parameter

update to feature list (more to come here for 2.4 release)

new SequenceFetcher gui and visual delay indication for initialisation and fetching

updated jalview version of dasobert 1.53e client and added Das Sequence Source discovery to the sequence fetcher

todo

interface for windows that display progress bars

use canonical DbSource name in GUI box, and ensure only one instance of DbSourceProxy is presented for each canonical name

refactored method for registering instance of a dbSource with the SequenceFetcher from the factory method for creating a dbSource instance

quick fix for the new uniprot name schema - description line for retrieved uniprot sequences gets the first recommendedName.fullName string found in the entry.

added specific retrieval arguments to SequneceFetcher's main method.

resolve 1:many mappings for sequence associated annotation to all alignment sequence(s) with same ID

resolve 1:many mappings from feature sequence ID to alignment sequence(s) with same ID

allow findSeq to begin *after* a given sequence in the alignment

Sequence label colour stored for each sequence group

comment

annotation file format updated to take idColour and specify single colour groups with rgb triplets and names

Sequence label colour stored for each sequence group

User defined colourschemes are automatically generated from colour names or RGB colour triplets

prevent exception when no default timeout is specified

ensure annotationElements in non-graphical annotation objects do not automatically get values

javadoc and constraint to ensure annotation labels are not wider than alignment frame

java 1.1 compatibility

timing of 'on load' output before any gui thread operations

safer retrieval of groovy scripts from URLs

included includeGaps flag in clustalW colour calculation - behaviour for includeGaps=false is not verified to match ClustalX as yet.

added URLEncoder.encode to properly escape CGI encoded arguments so they are safely transmitted to the launchApp servlet.

local sequence properties are preserved in SeqCigar representation of sequence using SeqHash/SeqUnhash in jalview.analysis.SeqsetUtils. Ensures input data and alignment results from webservice have same visible names as original sequences input.