Alignment quality with funky coloured histograms.

updated build strategy and checking for portability.

no more group editor

check annotation label widths as well as id widths

calls repaint, not just refreshpanels

for now, draw selection box bottom -1

seals selection box if at bottom of alignment

draws threshold position according to threshold, not mouse x

no longer used

Remove paintFlag ref

GRPAH_HEIGHT variable

checkfor gap characters

paintFlag removed

fastPaint flag added

reomve call to repaint

find top and bottom of group

add note about desktopManager

add fastPaint boolean

remove setdecorated line

amino acid gifs

dont draw first block if colour is null

fill in the gaps

setDesktopManager(new)

paint is now in drawComponent

showAnnotation added

annoation in print version

DONT SHOW ANNOTATIONS IF WRAPPED

next version of Jpred functionality using new client code.

New method for helping to quickly map different aligned versions of a
sequence.

New client code for JPred service includes return of msa and
Jprediction, and better job status information
(vamsas.dataTypes.Result).

mosueOver graph gives int, not float

Fast paint method implemented

Alignment Annotation added

ignore jnetconf

parses jpredfile into new alignment annotation

update conservation and consensus

anti_aliasing on

Uses conservation graph

testing Graphics2D

setMaximizable(false)

Build date determination

doh - stupid jim.

utility classes used in build.xml, and a dodgy perl script for
removing the signatures from jars.

JavaC target set to 1.4 for proper compilation of 1.5 code.

Added a flag to control if the "/<seq_start>-<seq_end>" field of
SequenceI.Name is included in fastA format files. This is used in the
Jemboss client.

added a an axis log4j appender property to the jalview.Cache.

new libraries for soap bits.

fixed the log4j messages.

cleaned up some comments and exception messages.

Updated version of axis to fix the j1.5 webstart problems.

Fixed a sensible default leaf distance (for files where only a few, or no distances are specified).

fix printing error

new seq selection -1

adjustForRemoveLeft / Right added

works even if col is 1 residue

reads MSF files even if PILEUP is missing

drawableSequence removed

no longer used

secondarycolour not used

add .fasta to save dialog

correct wrap alignment scrollbar size

resetSeqLimits altered

override showSaveDialog to prompt user if file exists

put bioinformatics into message

drag and drop files into jalview

add swing runnable to refresh panel on startup

read start end if available

altered layout

alter vgap

identifies more varied blc files

blc file reader modified

add setValue method

fix select group bug

new method for outlining groups

add outline colour

prevent idpanel being to narrow

maintain slider values when click on a group

hide idwidthadjuster if wrapped

add coloursChanging boolean

group has outline colour

use system l&f

Created by jalview

correct eps png bug missing last 2 lines

darkened image

eps and png output

remove jpg output

save eps and png

delete postscript output!!

rough JPredService client copied from WebServices project.

null point bug fixed

various loadTree bits for loading and saving trees.

merged Loadtree and EPSfile and changed crlf.

Save tree.

Load and Save trees.

Tree io modifications, including support for polytomous trees by the
generation of dummy nodes.

New constructors for turning NewickFile objects into renderable trees
mapped onto the current set of sequences by matching leafnames to
sequence names (where one string must contain the other, rather than
direct equivalence).

add all suffixes to file open

png and eps

updated with all schemes in 1 table

dont' use index at the moment