mapping file change for castor-1.1 upgrade

castor mapping unmarshalling logging

loglevel property constants and castor validation logger config

castor-1.1 classes (descriptors moved to subpackage)

castor-1.1 compatible classes from ant task

jalview 2.0 XML schema versions for backwards compatibility in future castor upgrades

New file for /homes/www-jalview

fixed jalview 2.3 bug where gapped aligned codons were always translated as inserted residues rather than aligned with eachother

1.4 version of vamsas-client

refactored document objects and bugfix on jvdataset-vamsasdataset binding

DONT SET PICKING LABEL

vamsas svn 14.55 May 21

fixed getObject(VorbaId) lookup in vamsas-client

2.3

update to and from document (and remove deprecated classes)

removed uneccessary vamsasLoad commented out.

refining - still debugging.

updated source generator properties for castor-1.1

use of proper vamsas client API by Jalview

modified castor-1.1 library and refactored uk.ac.vamsas

visible

SequenceListener highlights SearchResults, not just a single sequence

Invert mouse drag controls

apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignment profile when reading in a concise file as an alignment.

Airbrush out Uniprot

ensure that only annotation referenced in given alignment is duplicated on returned sequence selection set

documentation

bugfix on copy only referenced annotation in copy constructor

fixed array index out of bounds when not removing alignment annotation

visibility setting

Keep record of last tooltip

Visible state of annotation

Add show all hidden menu

Dont duplicate annotations in multiple views

save visible state of annotation

main method for running from command line and better binary file/archive detection

reword jmol state storage

image size

minor formatting of tooltip

new binary image

9th may

removed cdna coding region 'new feature'

embl mapping and das feature retrieval

optimise order

multiple view pdb view association

formatting and wording

grammar, clarity and typos

typo

formatting

page setup entry

dialog box menu item naming

correct menu entry names and typos

PID distance measure and finishing sentence.

sort by score

rightalign and italic ids docs

added jmol documentation

check for null annotations

set picking label

state jmol 11.0.2

More issues resolved

instant update when seq colour is pressed

must specify .CA

remove system.out

small sphere for alpha carbon

addElement

mirror image recitified

2.3 updates

2.3 updates

Can compile and obfuscate applet with Jmol

Image size must allow for scale height

dif is never used

Allow for large font sizes

dont use gold highlights

Max width for tooltip

still trying to prevent null painting

Use id hash to add pdb mappings back to alignment

tIndex prevented deletion of last annotation

Dont use gold colouring for highlight

Use PDB id for grouping mappings

PDBViewer available if necessary

Check bounds of loaded comp

remove system.out

added

Add dbrefs before zero length features

lastCommand check

Rename AppJMol to AppJmol - also AppJmol works with independant sequence sets

Renamed to AppJmol

New example file for version 2.3

New example file for version 2.3

Splash screen is not added using normal method, prevents null paint bug

Annotations do not extend when full alignment is adjusted

pdb id toUpperCase

optimize repaints

remove system.out

feature locations are retrieved by associated accession string and public debug report request in case embl parsing fails

feature locations are retrieved by associated accession string

public debug report log message to gather any cases where Das coordinate frame mapping fails

fixed getIntervals bug to ensure it returns range from start of token at fromPosition to end of token in toPosition in the direction from fromPosition to toPosition

documentation and proxy call to util.MapList.getToWord(mpos)

extractScores menu item disabled for release