JAL-2629 hmm search UI and structural improvements, inclusion thresholds

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer assigning incorrect evalues and scores

JAL-2629 fix hmsearch and jackhmmer not being able to search alignment

JAL-2629 hmmsearch # of new sequences now only displayed when specified

JAL-2629 fix incorrect hmmbuild on groups behaviour

JAL-2629 fix hmmsearch/jackhmmer being unable to search through DB file

JAL-2629 uniquify all hmmer command sequence outputs

JAL-2629 fix file format issues preventing hmmsearch, jackhmmer running

JAL-2629 fix search scores being read in incorrectly

JAL-2629 fix hmm on alignment being deleted upon running jackhmmer

JAL-2629 evalues and bit scores now conserved after hmmalign is run

JAL-2629 removed empty line produced under sequence report

JAL-2629 can now filter by sequence e-value or bit score

JAL-2629 hmm match score colour scheme now colours by length

JAL-2629 add simple jackhmmer functionality

JAL-2629 add ability to add background frequencies to a HMM

JAL-3336 add better method of determining where data table begins

JAL-3336 fix hmmsearch failing when parsing score table

JAL-2629 another file that should have been in previous commit

JAL-2629 add file that should have been in previous commit

JAL-2629 add HMM Match Score colour scheme

JAL-3297 pad gaps in alignment to ensure hmmalign runs

JAL-3291 issue fixed, passing tests added

JAL-3285 fix errors in tests introduced by merge

JAL-3285 build Jalview XML file for current version

JAL-3285 fix incorrect file paths on HMMAlign/Search results

JAL-3285 add Cygwin environment path fix for Windows

JAL-3285 code changes to HMMER colour schemes not included in merge

JAL-3285 fix FileLoader failing to load HMMER file

JAL-3285 method call change tin Information to match develop

JAL-3285 delete duplicate variables in AlignmentViewport from merge

JAL-3285 method call change to HMMBuild not included in merge

JAL-3285 method call change in SeqPanel to match develop

JAL-3285 change method declaration in AAFrequency to match develop

JAL-3285 changed method call on AnnotationRenderer to match definition

JAL-3285 code changes to Jalview2XML not included in merge

JAL-3285 add unmerged code to AlignmentAnnotation

JAL-3285 method call name change to SeqPanel not included in merge

JAL-3285 method call name change in OverviewPanel not included during
merge

JAL-3285 small method call name change to AnnotationLabels

JAL-3285 add unmerged code to SequenceGroup

JAL-3285 small method call name change missed in ConsensusThread commit

JAL-3285 small code changes to ConsensusThread not included in merge

JAL-3285 small code changes to AnnotationRenderer not included in merge

JAL-3285 code changes to AnnotationLabels not included in the merge

JAL-3285 add unmerged features to AlignViewportI

JAL-3285 add unmerged features to AlignViewport

JAL-3285 add unmerged features into AlignmentViewport

JAL-3285 add methods and small changes to StockholmFile left out by git

Merge branch 'develop' into developtomchmmer
JAL-3285 merged 2.11 develop into the features/mchmmer branch
- need to fix code for migration from Castor to JAXB
- need to check Stockholm file IO and tests
Good luck !

JAL-3287 correct local file URI for appbase and getdownDigest in Windows

JAL-3287 adjustment to HelpLinksChecker

JAL-3287 adjustment to HelpLinksChecker to run in Windows and improvement to build.gradle

JAL-3247 Adjusted Uninstall Old Jalview.app to just run the old uninstaller if it finds it, aded '(optional)' to the link name in the DMG. It will need re-signing. Edited VCFReader to allow java 1.8 compiling.

JAL-2738 error logging if no ##reference found

JAL-2738 accept .csi, default to GRCh37:homo_sapiens if no ##reference

JAL-3277 Fixed getdown splashscreen. For unknown reasons getdown thought it had both ui.background_image and ui.rotating_background and so defaulted to using ui.rotating_background even though this was not provided. Changed it to default to ui.background_image.

JAL-1988 Some TEST code accidentally left in now removed -- was affecting some saved alignment files such as stk

JAL-3247 sign the AppleScript uninstaller

JAL-3141 deleted TODO comment in Messages_es

Merge branch 'develop' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

updating merge

JAL-3141 Added HashMap types for Java 1.8 compatibility

Merge branch 'task/JAL-3141_Customise_checkbox' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

JAL-3141 Object array cast missing

Merge branch 'task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge' into task/JAL-3141_JAL-3247_merge

merge attempt

Merge branch 'develop' into task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge

Merging in develop

JAL-3247 Added AppleScript based App to run old Jalview uninstaller if present

JAL-3141 Generified the JvUtils.buildComboWithTooltips to an Object and adjusted other code in FeatureTypeSettings. Added one more tooltip.

JAL-3141 test file in test folder not examples

JAL-3141 One more error log fix

JAL-3141 Added tooltips on Schemes dropdown and Customise checkbox

JAL-3141 Fixes recommended from gmc's test

JAL-1988 Spanish typo corrección

JAL-3141 Fixed vertical size of the example filenames box\! Yay\!

JAL-3141 Fixed tests

JAL-3141 Reworked a lot of BackupFiles to allow the Customise Checkbox

Merge branch 'bug/JAL-3141_backupfiles_prefs_widget_disable_bug' into merge/develop_backupfilefix/JAL-3141_remove_saveproject_and_fix_buglet

Merging three unmerged commits

JAL-3111  help file spelling correction

JAL-3247 Launcher start improvements. RPM and DEB no longer packaged with getdown (due to difficulties)

JAL-3273 small correction to expected result calculation

Merge branch 'task/JAL-3254_improved_max_memory_stack_setting' into task/JAL-3247_JAL-3246_JAL-3254_JAL-3236_merge

Merging a number of fixes/improvements into one branch and then merge in develop

JAL-3247 Unix shell installer and tar archive corrected -- network and offline versions. RPM and DEB have had JRE dependencies added (not tested yet)

JAL-3254 Improved memory setting (allows mem for OS). Moved OperatingSystemMXBean stuff to separate class.  Class duplicated in getdown for same Memory Per Centage calculation.

Merge branch 'task/JAL-3247_Install4j_improvements' into develop

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into task/JAL-3247_Install4j_improvements

JAL-3247 nogradle option on this mac build/install helper script

JAL-3247 JAL-3254 JAL-3260 Fixed: JVL file jalview.apparg args. File association problem in Windows NETWORK installer.

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3246 JAL-3247 Reworked JVL files as getdown.txt config with limitations

Merge branch 'task/JAL-3236_install4j_linux_unix_userland_installers' into develop

JAL-3236 Added unixInstaller to install4jMediaTypes in gradle.properties

Merge branch 'task/JAL-3246_local_getdown_files' into develop

JAL-3247 JAL-3254 Ensure .jvp and .jvl appear first in File Associations list (visible in Windows installer)

JAL-3247 JAL-3254 Fixed file association launch behaviour in getdown in Windows

JAL-3246 add -Pgetdown_local=true to use local files

JAL-3247 JAL-3254 changing default location of jalview/io/FileFormat.java relative to the util/install4j dir

JAL-3247 JAL-3254 Getdown now opening any files thrown at it by a file-association double-click

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 JAL-3254 Automatically creating correct file association inserts for Info.plist and install4j installer

JAL-3247 Script to produce auto file association files for mac and windows installer, and changes in build.gradle to read in the produced, and edited, auto files