JAL-3631 spelling correction

JAL-3631 Installers with separate actions for user/administrator installation

JAL-3631 Add property to let log4j know we're not running in a servlet (or it issues a warning which breaks cli headless output)

JAL-3631 Log4j logging to .jalview.log file when requested. Clean(ish) handover of log file from getdown to jalview.

JAL-3631 JAL-3384 Install4j launch now redirects STDOUT/STDERR to ~/.jalview_develop.log and passes the file on to getdown and Jalview which will also now log to this file.  Single log file.

JAL-3631 Use the icon file passed by install4j if a newer getdown-launcher is relaunched

JAL-3631 Allow icon file name to be passed to launcher by install4j

JAL-3631 Forgot to add this file for 'Change parity of comparison for convention' commit

JAL-3631 Tests for version comparisons and Jar version comparisons and Jar version checking

JAL-3631 Change parity of comparison for convention

JAL-3631 Report getCanonicalPath for installer appdir

JAL-3631 Check Implementation-Version of getdown-launcher.jar in installation appdir and user's appdir, and only use the user one if it's newer.  Remove content digest check for getdown-launcher.jar comparison since version now being checked.

JAL-3631 updated getdown jars

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Changed label for consistency

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4409 Add two empty args to getdown call from install4j for backward compatibility, and further arguments such as JVL file.  Improve handling of a JVL file with an appbase in it.

JAL-4409 Don't merge JVL configs when changing appbase

JAL-4409 Use fixed 'latest' artifact URL

JAL-4409 Changes in BUILD channel appbase to tie in with Getdown DEVELOP Launcher build plan

JAL-3631 Now sending launcher.appdir from within getdown

JAL-3631 Rename/rationalise informational system property names. Re-order display of information on Java Console. Supply info from authoratitive sources (getdown-launcher.jar rather than gradle.properties).

JAL-3631 macos dev install script incorporated into dev_install.sh

JAL-4358 slight improvement to detecting desktop creation to close getdown splash screen

JAL-3631 gradle-build-and-re-install script, works with macOS or Linux

JAL-3631 Substantial additions to Getdown (through jalview.util.LaunchUtils) to re-launch getdown-launcher.jar when the user's version differs from the installed version.  install4j vmoptions file allows administrator to prevent any automatic updates.

JAL-3631 Allow quick deployment of gradle build on linux and macos

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Got rid of the USER_EXECUTABLE_NAME as it's no longer needed since getting rid of the old Launcher in install4j

JAL-3631 Removed old non-user launcher. Labelled USERSPACE actions.

JAL-3631 JAL-4104 More consistent system property names passing through getdown. Add nousedefaultappdir property to allow non-updating system installation of Jalview.

JAL-3631 Allow -Pinstall4j_build_ids=MACOS-AARCH64-DMG for specific installer build. Fix installer icons (PNGs and paths).

JAL-3845 Add a popup error message, with instructions, when Jalview launched from the Installer Volume

JAL-3631 New Installer icons. Getdown check that the application appdir is different from the user default appdir before copying files. Also copy gedown-launcher.jar.

JAL-3631 Name changes to system properties and a fallback App name to avoid hard-coded name in getdown

JAL-3631 Spot system property triggers in getdown to create/activate using a user-space location (dependent on OS), and copy digest-tested files from the Application's app dir to the user's new app dir.  Debugging statements left in for testing on other OSes.

JAL-3631 Add a new launcher in install4j to pass new system properties to getdown, triggering the user-space appdir creation

Merge branch 'bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4159 remove errant jalview source .zip

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4421 Update the dev_masos_installer.sh to use new Volume name

JAL-4420 Added some more filename extensions

JAL-4072 Add zip-slip check in getdown

Merge branch 'bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers' into develop

JAL-4358 Add the JALVIEW: CREATED DESKTOP line to java app and look out for it in Getdown to close the splash screen

JAL-4420 Allow associated files to be dragged on separately from the alignment (but afterwards).

JAL-4409 Small refactoring of ArgParserUtils to allow processFiles to work on drag-and-dropped files list.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers

JAL-4421 Downgrading ds_store to 1.3.0 for build server limitations

JAL-4421 Configuration for positioning icons in DMG

JAL-4421 Add --appname --appxpos --appypos to position variable application name icons, or read from config[app]

JAL-4421 Remove the disk_image_alias from the backgroundImageAlias altogether as it isn't needed and doesn't even make sense for a downloaded DMG

JAL-4421 Allow JSON config file to be options (no icon positioning for default or develop-SUFFIX). Allow .VolumeIcons.icns to be optional -- must remove <file> node from install4j template

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into develop

JAL-4409 don't ignore gitignore !

JAL-4418 first development release for 2.11.4.0 - release notes for
JAL-4159,JAL-4257,JAL-4386,JAL-4392,JAL-789

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into develop

 Conflicts:
help/markdown/releases/release-2_11_3_0.md

Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch' into develop

JAL-4421 Put correct VolumeIcon.icns file onto DMG volume as /.VolumeIcon.icns

JAL-4421 Icns to use as .VolumeIcon.icns in DMG volumes.  See comment with SetFile

JAL-4421 Also add DMG filename to python script. Necessitates DS_Store for x64 and aarch64 versions, with changes in build.gradle and install4j10_template.install4j. Ensure all x64 references are x64 and not the (more correct) x86 -- java uses x64.

JAL-4421 Add DS_Store customisation to gradle. Add backgroundImage alias dump to --dump

JAL-4421 Python script for customising DS_Store.  Separate out more names for DMG volumes in install4j and gradle.  Channel specific icon positioning for channel specific DMG background images.

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to be opened in Jalview

JAL-4409 Allow more URI schemes (e.g. file) to filter through to Jalview

JAL-4414 Add SocketTimeoutException to exceptions that trigger File Not Found rather than Format Not Recognised

JAL-3196 Need more memory for the install4j process run by gradle

JAL-4409 JAL-4160 Don't let getdown turn jalviewX:// URIs into absolute local file paths. Allow getdown CLI memory setting with double-dash --jvmmemX

JAL-4417 Use a specified props file for consistent output

JAL-4409 TEMPORARY don't clean up image files from jalview.bin.CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest failing on build server

JAL-4409 Ensure the specific scheme jalviewx is only for the release version

JAL-4409 Don't insist on HttpURLConnection, allows for file:/ protocol connection

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4159 fix up test for applicable filters for pasimap

JAL-4159 fix PairwiseAlignmentPanelTest - reinstate correct recording of the endRes for each sequence aligned

JAL-4159 peek in a Jalview project's PCA viewer's title to decide if it is a "pasimap" viewer or some other Pcaviewer...

JAL-4257 JAL-4159 JAL-789 tidy up passing of score model to pairwise alignment directly/via pasimap and threading off the direct pairwise alignment calculation

JAL-789 pairwise alignment via calculations dialog, allowing score model to be changed
merged in with feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4366 compute coverage on each side of the pairwise alignment

Merge branch 'jims/feature/JAL-4159_pasimap' into feature/JAL-4159_pasimap

Merge branch 'features/JAL-4257_adjustablegapparams_nw' into jims/feature/JAL-4159_pasimap

JAL-4159 fix sense of console/alignment output suppression flags and make sure all output is suppressed when computing pairwise alignments

JAL-4159 disable the score model combo box when pasimap is selected

mend

Fix PaSiMap taking scoreModels input and allow AlignSeq/PairwiseAlignPanel to take a ScoreMatrix

Fix PaSiMap not having the eigenvalues saved

revert build.gradle changes

Save PaSiMap with Jalview Session

Rectanuglar selection changed to Mouse Button 3 drag

JAL-4259 set title using original alignment window's title

JAL-4159 implement bounds for PASIMAP calculation - from 9 to 20000 sequences.

JAL-4159 connectivity should be computed for the sequences analysed with PAsiMap, not the alignment

JAL-4159 PASiMap currently doesn't support different score models

JAL-4159 sometimes the progress bar may not be available - null check

JAL-1054 Change one more (unused) url.openStream to use the HttpUtils wrapper for completeness

JAL-1054 Change the rest of the url.openConnection() calls to use the HttpUtils.openConnection(url) wrapper

JAL-4409 Adjust usage of HttpUtils.equivalentJalviewURLString() and pass jalviewX:// URL files to Jalview without changing them as Jalview now deals with them

JAL-4409 Make HttpUtils.equivalentJalviewUrlString 'non-destructive'

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into spike/JAL-4159_pasimap_2113_series
loop in new progress bar and resolve formatting conflicts in PairwiseAlignPanel