Merge branch 'test/progressBar' into feature/JAL-4159_pasimap

Implemented ProgressBar for PaSiMap

inlcude progress

Fix output of all dimensions

Alogirthm working, but still giving slightly off results

Inlcude 8 dimensions

Fix PaSiMap on selected sequences

Test version to switch branches

Fix output points column labels

Fixed PaSiMap output columns

Cleanup, note: rectangular selection works by holding mouse wheel and s (see line 633 in RotatableCanvas)

Adapts PCA points to support rectangular selection

Enable rectangular selection for PaSiMap

New independent jbgui Panel for PaSiMap. Revert the changes to GPCAPanel from the last commit

New GPCAPanel button : output pairwise alignments (pasimap only)

Applying adjustablenw_params.patch (JAL-4159)

Commit before pushing to Jalview remote

Fix Reset Button for PaSiMap and issue with indelfreeAstr in AlignSeq

Fix buttons on the PaSiMap plot window

Correctly working implementation of the PaSiMap pipeline

Almost working

Properly integrated endGaps option for AlignSeq.traceAlignment()

Merge branch 'hardcode'

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_11_3_Branch'

Implemented least-squares optimisation in ccAnalysis

Fix alignment and score calculation for cc_analysis

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

Implement MSA, scoring and counting the connections

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-3855 tree title for PAE matrix tree is PAE Matrix (method) for (structure) (sequence)

JAL-3855 auto select clusters and fix up colouring/propagation on calculation & tree display

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Merge branch 'patch/JAL-3855_fixup_pae' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3855_fixup_pae

JAL-4153 comments re patch incorrectly committed under JAL-4513

JAL-4513 move comments

JAL-4513 now re-add the SwingUtilities.invokeAndWait() with minimal sleep

JAL-3855 PAE matrices are transposed on import from JSON so returned contact vectors correspond to errors predicted when superposing at a given column position

JAL-3855 JAL-4124 test checks asymmetric matrices are stored and restored correctly

JAL-3858 fix off-by-one in matrix visualisation and interactive tooltip

JAL-3858 flip diagonal so matrix visualisation is top left to bottom right

JAL-3858 annotation .height is bigger than graphHeight so adjacent PAE matrices are clearly separated

JAL-4513 reduce wait to invoke fail

JAL-4513 add a SwingUtilities.invokeAndWait() to see what happens

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

JAL-3599 Updated default eclipse to 'latest' and made jalviewjsLaunchTest timeouts a bit more flexible

JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more informative message when ‘Sifts Mapping Failed’ is reported as an exception - since this message can be reported when some chains in the PDB file do not match sequences being associated (but others do!!).

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4223 add testdata for test

JAL-4090 mark JAL-4178 and JAL-4142 as known issues

JAL-4217 move Commands.structureImageTest to testTask1

JAL-4223 - test and patch to ensure numbering matches sequence data from RNAML file

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Copied PCA files to PaSiMap analogues and changed all names

Includes the PaSiMap button in the CalculationChooser

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4217 JAL-629 built in 25s time out waiting for structure viewer to load data before attempting to grab an image.

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes (with in-progress bits too) and what's new

Merge branch 'patch/JAL-4119_sifts_ftp_split' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe

JAL-4195 add exception handling for all other CommandsTest tests and remove errant class-level @Test tag

JAL-4221 update description when transferring annotation and no description already set

JAL-629 even more console debug for --structureviewer opening arguments

JAL-629 liberal defensive coding, comments about refactoring and DEBUG output for --structureimage

JAL-629 make —structure image work again after threading it off

JAL-4217 catch case when the structure viewer doesn't get added to the desktop window (possible knock on for flatlaf JAL-3416)

JAL-4217 interruptedExceptions should also break any wait loops

JAL-2292 verify mixed case alignment actually aligns

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in a separate thread and hang around until it completes…

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in an invokeAndWait

Merge branch 'patch/JAL-2292_caseSensitivePAE' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4213_addref_with_selection' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_3_Branch

Merge branch 'merge/from_2_11_2_7_to_2_11_3_0' into develop

JAL-4117 JAL-1551 source licensing

JAL-4117 Fri June 30th release of 2.11.2.7 with Jalview Plausible analytics

Fixed build.gradle, provide diff

JAL-4217 try really hard to shut down and dispose of Desktop resources and any lurking threads

JAL-4216 release notes

JAL-4216 compute size of annotation using start/end of sequence and given length. This might not work...

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4001 Added a random id to User-Agent to ensure separate visits recorded in Plausible.  Changed default URL to self-hosted site

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4117 JAL-4001 plausible analytics release notes and privacy docs

JAL-4090 update from 2.11.2.7 JAL-4117 - version bump and release notes for JAL-4116

JAL-4001 analytics url provided by https://jalview.org/services/config/analytics/url

JAL-4001 change Plausible discovery URL

JAL-4001 remove headless code from analytics

JAL-4001 Remove analytics for --headless mode

JAL-4001 Added useful props information

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_Plausible_API

JAL-4001 Fix default API url

JAL-4213 don’t pass active selection when actioning the addReferenceAnnotation

JAL-4213 - document the addReferenceAnnotations method’s behaviour when given a selection

JAL-4001 Added 'installation' property.

JAL-2292 - ensure mapping is built for equal symbols with mismatched case

JAL-4001 Added lookup to https://jalview.org/config/analytics/url to check API base url.  Changed terminology to match Plausible API

JAL-4019 corrected to '>' to '>=' for percentage comparisons