Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3675 2.11.1.1 release notes

JAL-3493 clear search highlights when escape/deselect all

JAL-3493 failing test - creates a highlight and column selection and then called the deselect all alignfjame action and checks if highlight and selection are still present.
 Conflicts:
test/jalview/gui/SeqCanvasTest.java

JAL-3674 more finessed asynchronous structure commands

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3518 corrected pulled up focusView() command

JAL-3518 corrected action on pulled up closeViewer()

JAL-3551 PyMOL command constants tidied

JAL-3551 fit to window (zoom) command for PyMOL

JAL-3673 make sure font metrics are updated if dealing with reference sequence font !

JAL-3518 fix highlighting in Jalview for selections in ChimeraX
- needed to thread off the subsequent POST back to ChimeraX so ChimeraX can first hangup its GET to Jalview’s Rest API

JAL-3672 debug=false means no debug output

JAL-3672 more efficient when debug not enabled

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3518 tidy up asynchronous structure command execution

JAL-2010 unused prototype method removed

JAL-3518 pull up [get|list]ResidueAttributes to StructureCommandsI

JAL-3518 separation of ChimeraXManager, pull up of closeViewer etc

JAL-3518 pull up closeViewer() and external viewer process monitor

JAL-3446 new Jmol 15.1.3 jar added to j11lib, old j11lib Jmol-14.29.17-no_netscape.jar removed

JAL-3225 Minor change to building.md for flexmark, and html output files from the process, handy to have in repo for developers

JAL-3225 Removed dependency on command line pandoc to convert .md files to .html.  Now all files in doc/*.md will get converted to doc/*.html using flexmark within gradle process.

JAL-3225 Using Gradle Git-Version plugin to set gitHash and gitBranch

Using Gradle Git-Version instead of exec to run git directly allows
buildship to successfully import the project into eclipse without a
command line git installed.  Essential for development within Eclipse in
Windows without having to install either gradle or git as command line
tools.

JAL-3225 small fixes for building within Eclipse

JAL-3225 some fixes to build.gradle for working in Eclipse and not always changing doc/building.html

JAL-3518 test result corrected

JAL-3518 add alwaysRun = true [sigh]

JAL-3518 more test coverage for structure commands

JAL-2422 test updated

Merge branch 'feature/JAL-3551Pymol' into develop

JAL-3551 null pointer defence while structure files loading; comments

JAL-3551 corrected Pymol open session command

JAL-2422 correct ChimeraX save/open session commands; check for null

JAL-3541 ensure deletion of cloverReportDir

JAL-3541 small fix for clover.xml location expected by build server plugin, and comment clarity

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1889 disable test failing on build server

Merge branch 'bug/JAL-3541_cloverReport_gradle_task_fails' into develop

JAL-3541 added a property/variable style comment to build.gradle

JAL-3624 log when SIFTS mapping fails

Merge branch 'feature/JAL-3624siftsInJS' into develop

JAL-1761 pattern for structure viewer construction from project file

JAL-3541 selectively merged build.gradle and gradle.properties

JAL-3626 rescue automatic configuration of JALVIEW_VERSION from the RELEASE properties file, and exclusion of ‘examples’ from the windows installer.


JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

JAL-3551 copy Jalview features to Pymol 'p' (with pull refactoring)

JAL-2422 highlight ChimeraX selection (ChimeraX-1.0-rc-2020.05.21 +)

JAL-3626 use Viewer.scriptWait() to send Jmol commands (Bob Hanson)

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

JAL-3621 corrected sequence feature sort and test

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3551Pymol

Conflicts:
src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
src/jalview/ext/jmol/JmolCommands.java
src/jalview/gui/AppJmol.java
src/jalview/gui/AppJmolBinding.java
src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
src/jalview/gui/StructureViewerBase.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java
src/jalview/jbgui/GStructureViewer.java
src/jalview/project/Jalview2XML.java

JAL-3624 use temp file for SIFT download in JS, correct unmarshalling

JAL-3463 avoid Thread.sleep() as not supported in SwingJS

JAL-3621 update to intervalstore v1.1

JAL-3529 test updated for revised signature of getDBRefs()

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into develop

Conflicts:
build.gradle
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/SequenceAnnotationReport.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/util/DBRefUtils.java
src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

JAL-3613 remove debug code committed in error

JAL-2422 JAL-3551 unit tests updated for code changes

JAL-3619 default silently to Jmol if viewerType absent (Jalview < 2.9)

JAL-3551 pull up Close Viewer dialog to base class

Merge branch 'feature/JAL-3551Pymol' into feature/JAL-2422ChimeraX

JAL-3551 raise label on ('highlight') structure residue (wip)

JAL-3541 Fixed report path for build artifacts

JAL-3541 Added mem setting and jvmArgs for cloverReporting

JAL-3541 Individual tests now instrumented and reported.  Added cloverConsoleReport.

JAL-3541 Helpers for running tests, and other commands headlessly

JAL-3541 JavaExec tasks for cloverInstr and cloverReport. Rationalised compileClasspaths for main, clover and test.

JAL-3518 tidy method, remove obsolete comment

JAL-3518 failsafe check for null Jmol filename while loading files

JAL-3551 concatenate colour by sequence commands for all except PyMOL

JAL-2422 JAL-3551 viewer text/variables generalised, Pymol paths added

JAL-2422 ChimeraX paths (versions up to 1.0) added for Windows

JAL-1333 additional Chimera versions for Windows installation paths

JAL-2422 restore saved ChimeraX session from project

JAL-3613 check sequence overlap when matching search results

JAL-3551 save structure viewer session refactorings, PyMol added

JAL-3551 tidied error handling for HTTP request

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3551Pymol

JAL-3225 save auto formatting settings in org.eclipse.jdt.ui.prefs.  Not yet put into place, but these settings should be used

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add GPL license to Jalview source files

JAL-3407 release notes - JAL-247 - for auto-set-ID, and revise wording for transferring virtual features in chimera

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 fix JAL-3574 - remove from known issues for 2.11.1.0

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3574 JAL-3407 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3574filterByPOS' into documentation/JAL-3407_2.11.1_release

Merge branch 'documentation/JAL-3407_2.11.1_release' into develop

JAL-3407 add and document ComputePeptideVariants.groovy

JAL-3577 changed default RELEASE dir in build.gradle to use absolute path to help buildship when importing project for first time

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided for virtual features. Also bumped release date to 22st April

JAL-3210 try adding setup method to unit test failing on server...

JAL-1889 corrected wait for consensus to be calculated

JAL-3577 Added newer install dirs to the deletion list in the uninstaller and tidied the list

Merge branch 'bug/JAL-3567virtualFeatureCoordinates' into develop

JAL-367 code tidy

JAL-3567 translated rather than imputed peptide

JAL-3603 load annotation file from RELATIVE_URL in JS, small code tidies