disabled simple blast parser for 2.4.1 release

simple query anchored blast report parser (shh!)
main method tester: also tries to output imported alignment as FASTA

simple query anchored blast report parser (shh!)

1.1 compatibility

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

documented new ROWPROPERTIES keyword.

warning for unresolvable database source strings (or ones which apparently have no cross references)

feature settings type popup menu

group links menu documentation

finer column label format control and new 'scale label to column' format for annotation rows.

new ROWPROPERTIES statement for setting an individual row's label format

pass any warning messages to StdErr - also todo to allow caller to check for any output warnings.

raise a warning if column annotation gets truncated.

individual label format settings for each annotation row. Removed excess term in conditional.

todos re adding groupUrl menu item code

das feature fetch followed by png output fixed (bug #0059977). Trial of utf8 decoding of command line arguments to fix applet-application parameter transfer problems.

only need to remove progress bar if fetch wasn't cancelled (bug #0059977)

commented out enfin/envision2 sequence submission URL - mechanism is not yet efficient

allow das fetch to be blocking or non-blocking (bug #0059977)

progress bar hashtable entry was not being removed (bug #0059977)

groupURL link prototype

groupURL link preference variables

todo

token replacement engine for generation of urls for a group of sequences

qsort objects on integers

quick fix for very broken checkin - see Mantis bug #55537

todo for bug #0058199

more rigorous annotation row content check to limit fields output in annotation file. Needs testing further. See Mantis bug #55537

initialise current and defaultAlignFrame and debug when applet is reinited after a page refresh with safari (Bug # 57663 in mantis)

make fileparse errors easier to debug by dumping file parameter contents in debug mode.

additional instructions and use of -jar for launching

more spin on GA prompt

no Vector(Vector) copy constructor in 1.2

user friendly GA and privacy statement

only append score if it is not NaN

properly import column selection from message

potential null pointer fix

setting and merging selected columns from another selection object

better formed generic select residue X expression

empty row removed

removed duplicate descriptions, documented nodisplay further.

updated dependencies and versions for example jnlp

pasted file contents should never be added to the recent URL or recent file list.

gracefully cope with non-standard nucleotide or amino acid symbols in pairwise alignment.

gracefully cope with non-standard nucleotide or amino acid symbols in pairwise alignment.

na pdb: highlight any part of a residue, not just the CA atom

na pdb: recognise NA residue names

na pdb: detect P backbone

add JGoogleAnalytics webstart resource

todo

typo

finish privacy statement

synchronized documentation between development and 2.4.0b2

fix null pointer exception in redraw for short sequence associated annotation rows

quick fix for nullpointer in column selection when saving jalview project (David M reported)

fix from acresso for black bg in inner panel

fix for pfam files with empty annotation or sequence entries

prototype Java log window and sticky configuration

desktop window scaled to current window geometry, prototype Java log window and sticky configuration

prompt user to enable usage stats

added preferences for usage stats, questionnaire check and version check.

use Pdb database source for fetching and warn user if PDB reference did not resolve to a record.

safer OOM handling when importing from XML

enact on a boolean configuration option, prompting the user if the option has not yet been set

fix potential race condition

documented privacy settings, versioncheck controlled by property, fixed potential unhandled exception in groovy class discovery and added removeProperty method

ensure id string doesn't get set to the empty string (bug # 56271)

immediately show memory usage

allow the display character below a graph to be explicitly set to the empty string

fix null pointer exception when using blosum colourscheme

allow middle-button drag to change height of annotation rows in applet

jga browser string: java/version (arch; os version)

modified JGA module to report java+version as user agent and concatenate arch+name+version as os string

1.1 compatibility

render sequence logo over consensus histogram

single-click highlights, double click selectes th associated group or sequence for annotation row

group consensus/conservation calculated from start to end

viewport setting for displaying sequence logos

reversed order of addition of group consensus and conservation

prototype make groups from selection function and shift+ctrl+H to hide everything but selected region.

prototype make groups from selection function

new sortbyPID for specific start/end region

race condition null pointer bugfix

bugfix

todo for 2.5

null pointer exception bug fix

commented debug lines indicating calculation progress

start/stop for per-group consensus calculation

store symbol profile and extract it for display

pir format ambiguity and todo regarding 'format override' parameter

basic implementation of profile display and todos

todo

routines for creating groups over an alignment

asparagine is polar but not charged

fix feature creation for selected region beyond end of sequence bug: https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=53503

explicitly grab all permissions for application execution (need feedback on the effect of this on javaws security exceptions)

update annotation when group state is changed

show group annotation menu entries

colour by label prototype flag

catch null pointer exception in headless context