JAL-3026 workarounds and TODOs for JSplitPane setDividerLocation in SwingJS for CDS/Protein split view

JAL-2347 first pass at JAL-2347 - doesn’t quite work in Java or Javascript yet !

JAL-3048 openLinkedAlignment refactor to use dialogRunner plus a conditional callback (the default response) to process alignment data added to alignment if split frame not shown

JAL-3048 first pass at JvOptionDialog as property listener for dialog runner rather than Desktop.dialogdata based method

JAL-3048 allow a default response handler to be set

JAL-3026  varna README_SWINGJS

JAL-3032 revised colour picker, now with ActionListener

JAL-3026 VARNA files

JAL-3026 new SwingJS-site.zip

just preliminary for editable combobox

JAL-3026 libjs and build-site.xml for updating site directory

when SwingJS-site.zip or VARNA-site.zip

JAL-3026 srcjar files for VARNA and log4j

Merge remote-tracking branch 'origin/Jalview-BH/JAL-3048_dialogs' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 "final" removed in Desktop ; fixing #48. 80, 91, 94

new SwingJS-site.zip  requires clean build

JAL-3026 SwingJS-site.zip PDF recognizes Printable.NO_SUCH_PAGE

JAL-3026  BH 7/2/2018 10:00:49 PM fix logic for FileReader for Chrome

Just bad, untested code in j2sApplet.js

JAL-3026  File...Reload working

JAL-3026  Java+JavaScript fix for GD#95

View...Features Settings... not disabled when there are no features.

Involves an anonymous subclassing of JMenu for viewMenu that checks that
there are features just before opening.

GAlignFrame, with a call into AlignFrame for checking the viewport.

JAL-3026  Java+JavaScript fix for GD#95

View...Features Settings... not disabled when there are no features.

Involves an anonymous subclassing of JMenu for viewMenu that checks that
there are features just before opening.

GAlignFrame, with a call into AlignFrame for checking the viewport.

JAL-3048 remove TODOs

JAL-3048 File->VCF load refactored

JAL-3048 attempt to catch Object(NaN) … probably doesn’t work!

JAL-3048 don’t execute dialog runner after dialog shown in js

JAL-3026 GD#75 Stockholm file load fails

Transpiler and runtime fixes for enhanced for syntax with implicit
variable type changing, boxing, and unboxing.

JavaScript alternative to using reflection method getClass().getFields()

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into Jalview-BH/JAL-3048_dialogs

JAL-3026 Transpiler take 2

JAL-3048 todo for export SVG/PNG/EPS

JAL-3048 AlignFrame -> Save dialog refactored - patched ‘File exists - Overwrite ?’ dialog to be ignored in javascript

JAL-3048 allow a chain of responses for a particular response code (needed when intermediate dialogs are raised which determine if rest of chain executes)

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 GX#75 Stockholm

transpiler and runtime

fixes  for(char c : Character[] ca) and related conversion syntaxes

JAL-3026 reinstated deleted file

JAL-3032 JTable work; JSUtil.jQuery object; drag-drop;
reflect.Constructor; adds core:"NONE" to {project}/template.html

fixes drag-drop for first call in Firefox/win
fixes java.lang.reflect.Constructor for Integer

Remove the core:"NONE" if you do not want to see all the core files
separately.

JAL-3048 use FileParse to transfer File to NewickFile parser

JAL-1551 JAL-3048 formatting

JAL-3048 AlignFrame->File->Load Tree adapted for js

JAL-3048 refactored Desktop->File->Open to use jalview.utils.dialogrunner.DialogRunner

JAL-3048 jalview.utils.dialogrunner.DialogRunner allows sequences of runnable methods to be sequentially triggered according to response codes from a dialog.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 JvOptionPane summary of issues with boilerplate modal dialogs.

90 cases no issue; 5 works.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3048_dialogs' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 JAL-1551 formatting

JAL-3048 TODOs for refactoring JalviewFileChooser pattern
JAL-3026 disable browser select dialog for default browser in javasript

JAL-3048 TODOs for refactoring JalviewFileChooser pattern

JAL-3032 avoid use of lambda expression or BasicArrowButton

JAL-3048 todo and JAL-3026 disable VCF support

JAL-3032 SwingJS-site.zip for wrong case in filename in site/

FileAsBytes

Dialogs JAL-3032

JAL-3032 FileChooser missing correct call to JSToolkit.getFileAsBytes$

JAL-3032 GD#46 menu buttons not fully disabling

JAL-3032 fix for Array.sort

JAL-3032 GD#70 internalFrameClosed event not fired

JAL-3032 DND enabled; additional io changes for File vs. String

JAL-3032 support for JDesktop Drag and Drop

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

transpiler fix for arr[Integer]

JAL-3032  explicit Integer.intValue() conversion for safety

JAL-3026 FileParser for JFileChooser results as ByteArrayInputStream;
does not imply text.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 just the changes pulled already

JAL-3032 Dialogs Color picker -- untested commit

JAL-3032 comments only - starting work on dialogs

JAL-3032 part2 local file reading by JFileChooser

This commit adds the ALignFrame changes for handling the
JalviewFileChooser callback.

Consensus LOGO done

Consensus LOGO done

JAL-3032 fixes missing ToolTip

JAL-3033 tarball from site

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'task/JAL-3042_remove_SimpleDocument_dependency' into develop

JAL-3042 remove mention of adjustable search box history length from docs

JAL-3042 don't allow user to change default history length for an input box

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 removed jdas in libs documentation and noted spring modules as candidates for removal

JAL-3032 don't draw AlphaComposite.Clear on background

JAL-3033 JAL-3035 remove jdas.jar from  .classpath.js

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-3032 updateOverviewImage on construction

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3033 force overwrite for .classpath from .classpath.js

synchronize fixed

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 fail if the transpiler isn’t updated from swingjs/…

JAL-3033 local build server path for eclipse

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 don't place desktop at negative x or y position

JAL-3033 more copy/git debugging of task

JAL-3033 copy the right .classpath.js !

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 update the eclipse project before building, edit class path, and copy artefacts from eclipse project back to build directory

JAL-3033 custom .classpath for eclipse build

menu enable/disable for radio and checkbox items

String.concat$S missing