formatting

call annotate3d service and parse rnaml to alignment

formatting

sequence numbering from 1

formatting

store chaincode on pdbentry

formatting

simple HTTP multipart entity poster - may not be useful

tests for jalview.analysis.AlignSeq

openjdk7 returns null for default value selected format if it hasn't been touched

method to construct sequence mapping for matching positions in aligned sequences

convenience method for performing pairwise alignment

formatting and javadoc

remove java7 plugin dependency

don't set background colour for menu bar

allow .rnaml as a filename extension

comment on jalview.io.AlignFile architecture

source formatting

Merge branch 'develop' into menard

Conflicts:
src/MCview/PDBfile.java
src/jalview/analysis/Rna.java
src/jalview/analysis/StructureFrequency.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/ext/varna/VarnaCommands.java
src/jalview/gui/AppVarna.java
src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java
src/jalview/gui/PopupMenu.java
src/jalview/io/FeaturesFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java
src/jalview/schemes/ResidueColourScheme.java
src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

Merge branch 'master' into develop

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

final tweaks to help landing page

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

update footer for static page

Merge branch 'Release_2_8_Branch'

tidy help

property to configure webstart image

tweak file association comment and make sure webstart image is published

push jalview v2.8 release date to monday 12th November

ga tracking, footers and footer link styles

more tweaking of static pages and rejigging applet parameter documentation for accessibility

tweak whats new again

tweaking welcome message and what's new

constructor takes settings from any existing feature renderer on alignment panel

JAL-1193 ensure the 'loadedComplete' method gets called for all views
after the views have been opened by using the Swing stack as a queue

update installAnywhere classpath and libs for jalview 2.8

update release notes for JAL-1202

JAL-1202 included examples and also added in jdas jars and the groovy library

remember to close input file!

tidy imports

embed links to major features in main page

tweak wording

patch broken link

and more tweaks.

JAL-1201 more layout tweaks

JAL-1201 tweak layout for applet page and allow monospace <pre> tags

JAL-1201 more tweaks to page layout

Jalview 2.8 release notes and whats new! text

updated release notes for Jalview Version 2.8

JAL-1201 update pages to use new website design

JAL-957 manual update to applet authorlist - need to use authorprops (JAL-1200)

Merge branch 'Release_2_8_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview into Release_2_8_Branch

JAL-1130 fix gif palette (arggh!)

JAL-1197 tweak installer more

JAL-1197 JAL-1198 migrate to IA2012 and new build VM

JAL-1130 JAL-1197 nice installer splashscreens and fireworks readable pngs for splashscreens

Merge branch 'Release_2_8_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview into Release_2_8_Branch

JAL-1130 fireworks editable huge jalview logo in RGB

JAL-1130 JAL-1197 update install anywhere installer panel

JAL-1130 JAL-1197 update install anywhere installer panel

JAL-1130 updated installAnywhere program logos

JAL-1130 preserved old installAnywhere installer logo as logo_v2

JAL-1130 made background transparent for small logo (used for application and window icon on Windows platform)

JAL-1193 call setLoadingFromArchiveFinished(true) for any new structure views, but only after all windows have been loaded and gathered

JAL-1193 patch prevents JalviewJmolBinding from handling colourBySequence events until setLoadingFromArchiveFinished(true) called

Jalview 2.8 Source Header

Merge branch 'develop' into Release_2_8_Branch

JAL-636 switch to simple REST interface to dbfetch (//ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/dbfetch_rest)

avoid importing the mapping every time we parse a uniprot record.

JAL-636 tweak main() based test to allow DAS sources to be excluded from basic SequenceFetcher testing

JAL-1188 - set the user agent to Jalview Desktop/${VERSION}

JAL-1064 JAL-671 make sure all buttons are disabled during fetch and renabled after it completes

formatting

update release branch to v2.8

formatting

JAL-1026 - insert a sensible default for proxy so Jalview doesn't crash out immediatly on launch.

JAL-1183 JAL-343 - use dialog queue for JABA warning dialog box and use html table formatting so dialog box size is sensible.
JAL-1026 - note about checking proxy settings as well as JABAWS URLs.

JAL-1185 patch NPE - create new group for subtree on each view

JAL-1130 JAL-1137 messy hardcoding of author list to fixed height so it is visible - means we will have to increase height when more authors are added.

JAL-1130 JAL-1139 hardcode preferred height to logo image height

JAL-1130 more robust loading code and different logos for desktop icon and splashscreen icon

JAL-1183 dialog thread is only started after the splashscreen goes away

JAL-1111 dialog flickers whilst example file starts if the desktop is not given as parent

JAL-1184 apparent deadlock when launching jalview on w7 - attempt to patch

JAL-1183 showNews adds news discovery and display thread to dialog queue

JAL-1183 use dialog queue for usage statistics prompt

JAL-1183 dialog queue

JAL-1030 patch typo

JAL-1179 - regression from JAL-1030 patch implicitly treats empty selection as null

JAL-1031 allow empty selections to pass through to tree builder, which will ignore them!

JAL-1179 note and patch for exceptions raised when jalview.viewmodel.AlignmentViewport.getAlignmentView() called with non-null selection that contains no sequences. Needed for JAL-1031 and JAL-1032

JAL-1031 JAL-1032 if selection is non-null but empty, then calculate PCA or tree over whole view

JAL-1010 write validated value back to text field to ensure parameter value is always valid

JAL-970 JAL-1052 (comment about JAL-1140)

JAL-970 document interactive RNA secondary structure editing

JAL-1173 - trap redraw buffer OOM errors. needs a test case - since the dialog doesn't get raised reliably.

JAL-1173 try to catch OOMs when loading annotation onto alignment (need JAL-1176) to recover from these problems

JAL-1076 add note in documentation about Alt rather than Control enabling group editing in applet

JAL-1130 transparent big version for JNLP and file icon

JAL-958 revised applet parameter documentation to standardise on long form 'normaliseSequenceLogo', but still allow short form for legacy test pages.