added description of how PDB structures can be associated with
sequences (and so viewed in the PDB viewer).

Rearranged 'What's new' and debugged/verified the sequence fetcher and
pdbviewer/viewingpdbs entries.

fixed pdbentry creation and multiple uniprot or pdb entry retrieval.

Change order of repaint if wrapped

Applet Structure viewer has all colours available

Can be used by PDBViewer

All colours added to Structure viewer

Only load the tree file once, for first alignment

Keylistener added to frame and seqcanvas

context dependent title for when called from desktop or alignment window menu

changed WhatsNew to a folder and modified preferences and seqfetcher
entries.

If dataset seq exists for paste to existing alignment, make a ref

added some error checking and instruction dialogs

Should call deselectAll when escape pressed

Dont repaint if component has been removed

SeqColoursReady

modified jnet parsing exception report string.

exception checks for (de)uniquify

Clustal colour added to table

SeqColoursReady boolean added

UnknownSequences.remove moved out of loop

showAnnotation state loaded

null pointer in wrapped mode, click near sequence

new help

Updated help

Revert to version 1.25

After merge

EqualsignoreCase

License added to new files

View menu added to TOC

Slightly larger

Allow for DNA alignments in imgMap

Make ImageMap for features as well as groups

Add features to dataset

Add internalFrameActivated listener

After merge

Readded

hasDistances added

After merge

after merge

after merge

After merge

After branch merge

PDB structure viewer updated

Saves features

New help files

Fixed bug dragonfly.compbio.dundee.ac.uk/mantis/view.php?id=9326 for viewing trees without explicit distances. made sure trees output from treeviewer contain only as much information (distance, bootstraps, etc) as was read in from original tree file (or algorithm).

added 3 letter IUB codes for ambiguous residues/bases

comma separated rgb values

getalignment method added

Quick fix for reading sequence

Select all cutandpaste

Don't exit if file not found and not headless

Sequence start end added for the time being

Remove float width

Request focus for new frames

Return if no searchString

Keylistener added to internalFrame

Remove development code

Remove redundancy from eclipse

Remove redundancy from Eclipse

Restore file before eclipse changes

Remove redundancy in Eclipse

Take into account scroll value

use lower case home.png

Applet frame name

Set frame size each applet

Remove latestVersion if null

Remove latestVersion if null

2.06

Put clip back in

Change font

More features for PCA

Wrap alignment with annotations

New params

Show labels in wrapped view

Draw labels, anti alias

Capture output as details

Right click copy/paste popup

Now an InternalFrame with menus

SetAnnotationVisible - ignore if wrapped

Create Instance of FormatAdapter

Dont calculate conservation for nucleotides

isNucleotide

Create instance of FormatAdapter

Add nucleotide names

Display nucleotides

Break if regex not found

If Mac user hasnt selected file format, give warning

Wrap alignment with annotations

Check if filefilter is null

Jalview

Sequences must be aligned before PCA

Next active Frame losing focus bug fixed

Use gtk icons

GTK icons

Add carriage return after memory settings

Checks end of sequence before drawing text

Format label left align

Optimise copy image