implemented embl validation properly

implemented embl validation properly

links for non-positional features

comment about escaping regex properly

optional display of database refs and non-positional feature tooltips

optional display of database refs and non-positional features

beginning of implementation of new properties for hide/show groups and sequence representatives via the annotation file

bugfix for transfer of user defined colourscheme from applet to application via jnlp launch

application specific validIOformat method

added .DSA files to list of jar signatures to be removed (thanks to Mark McDowall for this!)

fixed sequence associated annotation reading bug where only first annotation is associated with sequence when more than one follow a SEQUENCE_REF

added bugfix note for 2.4

java 1.1 compatibility

fix exception raised when JNet concise files with no sequence content are parsed (c.f. TarO Jnet concise files)

links associated with non-positional features do not need a 0_0 appended to their link text

show non-positional features with same code as positonal features using SeqPanel static method

refactored feature tooltip generation code to static method for use by IdPanel

non-positional features are displayed with additional score/evidence if necessary and url links generated from embedded links

tooltip contains non-positional features and popup contains URLs from non-pos features

make URL links from description string when link is a regex and it matches on description string

view settings in view submenu and user preferences to control display of non-positional features and database cross references in sequence ID tooltip

introduced and commented out code for generating URLs from description text pending future decision on behaviour

release property includes -b or -t to indicate what gets checked out

merge from 2_4_Release branch

no newline after licence comment

added Release_2_4_branch

fix vamas homedir link

added keystore config properties

update and test release build system

2.4 release documentation update menus, service refs, new features and releases

update Jpred3 service referenec

allow '|' to be entered in URL text box and added regex extension form to instructions

set title of viewer frame after file has been loaded (if possible) so Desktop window list entry is correct

future bug fix todo

new thread for initting of DBRefFetcher with latest SequenceFetcher

uses shared singleton from jalview.gui.SequenceFetcher (consider revising so an instance of jalview.ws.SequenceFetcher is passed to constructor)

added singleton access method to retrieve the latest shared instance of the jalview.ws.SequenceFetcher

bugfix todo for the 'edit sequence' command

tooltip for fetch db refs and more generic regex for 'Extract scores...'

pdb xrefs added as dbrefs and as PDB file links

ensure successive matches to a regex have distinct annotation name (indice suffix increases by one each time)

Use 0f rather than NaN to specify non-valued annotation elements.

tooltip displays formatted annotation row description including sequence reference name (if any)

beginning of fix for embl/cds/highlighting IO in https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36199

fix for arrayoutofbounds bug when secondary structure element extends whole width of alignment (eg. PF00037 stockholm file)

better check for molecule type when identifying internal sequence cross-references

regex links for launching URL from single click on sequence ID

update text and version checker

dialog size on macs

check for crossreferences every time the menus are updated

catch invalid URL link exception properly

increase height of dialog

allow '|' in regex for URL links to be recovered from properties file properly

safer copy constructor

xrefs retrieved from Uniprot

added castor back onto classpath

check for null viewport on dataset recovery

ensure input data can be recovered for tree and PCA even if alignment view was closed

do not try to cancel jobs that cannot be cancelled

ascii comment

mac logo resourcelocation hack

fix artefacts (again)

corrected target name in documentation

URL help update

added nojmol parameter to disable check for jmol

simpler regex-replace for path

fixing paths

regex blah

trailing slash regexed out

path fixing

resources are relative to root of jalview install path

update to InstallAnywhere 2008 VP1

regular expression based URL link generation

Ensure 'None' translates into no colour scheme applied

Upgraded to IA Standard 2008 VP1

Upgraded to InstallAnywhere 2008 Standard ValuePack 1

migration to automated build test

fix default build path

exclude any InstallAnywhere build artefacts

installanywhere to a destination location

updating installAnywhere autobuild

headless build of InstallAnywhere installer

generation of additional URLs for DBRefs on a sequence that match the URL link name.

extra checks for datasetsequence for when getDbRefs is called

getDBRefs now always returns DBRefArray if it exists on this sequence or dataset sequence

vamsas documentation

new vamsas session does not open a dialog box

web services and sequence fetcher added to contents

added sequence fetcher and sequence features retrieval to web serviices index

updated statement of limitations for interactive annotation editing with Jalview GUI

new sequence fetcher documentation

ensure das sequence sources are refreshed when das registry is changed

showbutton default is true

stackoverflow fix

PFAM retrieval and new applet parameter

pfam seed and full alignment retrieval and nicer ordering of sequence db sources in combobox

added 'showbutton' applet parameter

update to feature list (more to come here for 2.4 release)

new SequenceFetcher gui and visual delay indication for initialisation and fetching

updated jalview version of dasobert 1.53e client and added Das Sequence Source discovery to the sequence fetcher